PsaA RNA motifi - psaA RNA motif - Wikipedia

psaA RNA
PsaA-RNA.svg
Konsensüs ikincil yapısı psaA RNA'lar
Tanımlayıcılar
SembolpsaA RNA
RfamRF01752
Diğer veri
RNA tipCisdüzenleyici unsur
Alan (lar)siyanobakteriler
PDB yapılarPDBe

psaA RNA motifi bir sınıfını tanımlar RNA'lar ortak ikincil yapı.[1] psaA RNA'lar, yalnızca, büyük olasılıkla karşılık gelen yerlerde bulunur. 5 'çevrilmemiş bölgeler nın-nin operonlar Oluşan psaA ve psaB genler. Bu nedenle hipotezi öne sürüldü. psaA RNA'lar şu şekilde çalışır: cis-düzenleyici unsurlar bu genlerin. psaAB kodlayan genler proteinler alt birimleri oluşturan fotosistem I için kullanılan yapı fotosentez. psaA RNA'lar yalnızca siyanobakteriler, fotosentezle olan ilişkileri ile tutarlıdır.

psaAB kullanmayan siyanobakteri türlerinde genlerin düzenlendiği bilinmektedir. psaA RNA'lar ve bu düzenleme sistemi şunları içerir: transkripsiyon faktörü proteinler.[2] Bu sistemde ifadesi psaAB Hücreler sınırlı miktarda ışıkla büyüdüğünde, muhtemelen sınırlı kaynaktan enerjilerini en üst düzeye çıkarmak için genler artar.[3] Öte yandan, ışık seviyeleri yüksek olduğunda genlerin ekspresyonu azalır; bu, serbest bırakmanın neden olabileceği hasarı azalttığı tahmin edilebilir. radikaller fotosentezin bir yan ürünüdür.[3] Bir bölge psaA RNA motifi, nitrojen regülasyonunda yer alan NtcA proteininin bağlanma sahasının beklenen sekansına karşılık gelir.[4]

Yapısal olarak psaA RNA motifi, baz eşleşmesinden kaynaklanan oldukça karmaşık bir gövde düzenlemesinden oluşur ve birçok gövde döngüleri kararlı UNCG tarafından feshedildi tetraloop. Motifteki korunmuş nükleotitlerin çoğu, standart Watson-Crick baz çiftlerine katılır. Ancak, kesin işlevi psaA RNA'lar bilinmemektedir, bu özelliklerin hangi biyokimyasal rolü oynadığı da bilinmemektedir.

Referanslar

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, vd. (Mart 2010). "Karşılaştırmalı genomik, bakteriler, arkeler ve bunların metagenomlarından 104 aday yapılandırılmış RNA ortaya koyuyor". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Muramatsu M, Hihara Y (Nisan 2007). "Fotosistem I'in alt birimlerini kodlayan genlerin koordineli yüksek ışık tepkisi, siyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 suşu içindeki AT açısından zengin yukarı akış dizileri ile elde edilir". J. Bakteriyol. 189 (7): 2750–2758. doi:10.1128 / JB.01903-06. PMC  1855792. PMID  17277074.
  3. ^ a b Muramatsu M, Hihara Y (Temmuz 2006). "Synechocystis sp. PCC 6803'te psaAB genlerinin yüksek ışığa duyarlı promoterlerinin karakterizasyonu". Bitki Hücresi Physiol. 47 (7): 878–890. doi:10.1093 / pcp / pcj060. PMID  16705009.
  4. ^ Su Z, Mao F, Dam P, vd. (2006). "Cyanobacterium Synechococcus sp. WH 8102'deki nitrojen asimilasyon düzenleyici ağının hesaplamalı çıkarımı ve deneysel doğrulaması". Nükleik Asitler Res. 34 (3): 1050–1065. doi:10.1093 / nar / gkj496. PMC  1363776. PMID  16473855.

Dış bağlantılar