Pxr sRNA - Pxr sRNA
| Pxr sRNA | |
|---|---|
 Pxr sRNA'nın ikincil yapısı. | |
| Tanımlayıcılar | |
| Sembol | Pxr |
| Rfam | RF01812 |
| Diğer veri | |
| RNA tip | sRNA |
| Alan (lar) | Myxococcus xanthus, Stigmatella aurantiaca |
| PDB yapılar | PDBe |
Pxr sRNA bir düzenleyici RNA meyve veren cisimlerin oluşumundan sorumlu genleri aşağı düzenleyen Myxococcus xanthus.[1] Meyveli cisimler kümeleridir miksobakteriler ne zaman oluştu besinler kıt[2] meyve veren organlar, kümelenmiş az sayıda koloni strese dayanıklı hale getirmek sporlar.[3]
Pxr iki şekilde bulunur: Pxr-L (uzun bir form) ve daha kısa olan Pxr-S. Kısa formun büyüme sırasında hücrelerde ifade edildiği bulundu, ancak hızla bastırılmış sırasında açlık. Bu bulgu, Pxr-S'nin özellikle meyve veren vücut gelişimini inhibe etmekten sorumlu olduğunu göstermektedir. hücre büyümesi besinler bol olduğunda.[1]
Pxr homologlar sadece başka bir taksonda bulunmuştur, yani Stigmatella aurantiaca. Diğer miksobakterilerde homologlar bulunmadı (örneğin Sorangium selüloz[4] veya Anaeromyxobacter dehalogenans[5]) bu da Pxr RNA geninin yakın zamanda evrimsel köken alt sınıfta Myxococcales.[1]
PxR sRNA, 3 buhar döngüsüne katlanır. SL1 ve SL 2, mikobakterilerde yüksek oranda korunur ve düzenleyici işlev için SL1 gereklidir. Ancak, PxR birikimi ve çok hücreli gelişim için değişken SL3'ün korunmuş bir sekiz baz çift segmenti gereklidir.[6]
M. xanthus zorunlu hile ve phoenix fenotipleri
Birkaç mutasyonlar Pxr sRNA geninde gözlemlenmiştir.[7] İlk mutasyon zorunlu bir hile (OC) neden olur fenotip ortaya çıkmak için bu bakteriler, Vahşi tip M. xanthus daha verimli spor yapmak için. Bu fenotipin, Pxr-S'nin baskılanmasını önleyen ve böylece meyve veren cisimlerin oluşumunu süresiz olarak inhibe eden bir mutasyondan kaynaklandığı düşünülmektedir. Pxr-S, Pxr-L'den türetilmişse, şu olabilir: RNAi benzeri işleme öğeleri nakavt.[1]
Bir laboratuvar deneyinde, OC fenotipi rekabet dışı ve vahşi türü dışlayarak, sömürülecek yeterli vahşi tip bakteri olmadığında sonunda bir nüfus çökmesine neden oldu.[7] Bu olaydan sonra, yeni bir fenotip ortaya çıktı. kendiliğinden mutasyon phoenix (PX) olarak adlandırılır.[1] PX fenotipi gelişimsel olarak hem OC hem de ağırlıkspor yapabildi özerk olarak - meyve veren gövdeler oluşturmadan ve yüksek verimlilikle.[7] İki bileşenli sistem operonu (histidin kinaz geni ve bir σ54 yanıt düzenleyici), Pxr sRNA'nın üretimi ve işlenmesi ile ilişkilidir.[8]
Referanslar
- ^ a b c d e Yu YT, Yuan X, Velicer GJ (Mayıs 2010). "Myxococcus gelişimini kontrol eden bir sRNA'nın adaptif evrimi". Bilim. 328 (5981): 993. doi:10.1126 / science.1187200. PMC 3027070. PMID 20489016.
- ^ Kuner JM, Kaiser D (Temmuz 1982). "Myxococcus xanthus'un batık kültürlerinde meyve veren vücut morfogenezi". J. Bakteriyol. 151 (1): 458–461. PMC 220259. PMID 6806248. Alındı 2010-07-22.
- ^ Wireman JW, Dworkin M (Şubat 1977). "Myxococcus xanthus tarafından meyve veren vücut oluşumu sırasında gelişimsel olarak indüklenen otoliz". J. Bakteriyol. 129 (2): 798–802. PMC 235013. PMID 402359. Alındı 2010-07-22.
- ^ Schneiker S, Perlova O, Kaiser O, vd. (Kasım 2007). "Myxobacterium Sorangium cellulosum'un tam genom dizisi". Nat. Biyoteknol. 25 (11): 1281–1289. doi:10.1038 / nbt1354. PMID 17965706.
- ^ Thomas SH, Wagner RD, Arakaki AK, vd. (2008). "Anaeromyxobacter dehalogenans suşu 2CP-C'nin mozaik genomu, delta-proteobacteria için aerobik bir ortak ata önermektedir". PLoS ONE. 3 (5): e2103. doi:10.1371 / journal.pone.0002103. PMC 2330069. PMID 18461135.
- ^ Yu, Yuen-Tsu N .; Cooper, Elizabeth; Velicer, Gregory J. (2017-11-13). "Myxococcus xanthus sRNA Pxr'ın korunmuş bir sapı, sRNA birikimini ve çok hücreli gelişimi kontrol eder". Bilimsel Raporlar. 7 (1): 15411. doi:10.1038 / s41598-017-15439-w. ISSN 2045-2322. PMC 5684412. PMID 29133885.
- ^ a b c Fiegna F, Yu YT, Kadam SV, Velicer GJ (Mayıs 2006). "Zorunlu bir sosyal dolandırıcının üstün bir işbirlikçiye evrimi". Doğa. 441 (7091): 310–314. doi:10.1038 / nature04677. PMID 16710413.
- ^ Yu, Yuen-Tsu N .; Kleiner, Manuel; Velicer, Gregory J. (1 Aralık 2016). "Bir Evrimsel Özellik Kaybının Kendiliğinden Tersine Çevirilmesi Miksobakterilerde Çok Hücreli Gelişmeyi Kontrol Eden Küçük Bir RNA'nın Düzenleyicilerini Ortaya Çıkarıyor". Bakteriyoloji Dergisi. 198 (23): 3142–3151. doi:10.1128 / JB.00389-16. ISSN 1098-5530. PMC 5105895. PMID 27621281.
daha fazla okuma
- Stefani G, Slack FJ (Mart 2008). "Hayvan gelişiminde küçük kodlamayan RNA'lar". Nat. Rev. Mol. Hücre Biol. 9 (3): 219–230. doi:10.1038 / nrm2347. PMID 18270516.
- Gottesman S (Temmuz 2005). "Mikroplar için mikrolar: bakterilerde kodlamayan düzenleyici RNA'lar". Trendler Genet. 21 (7): 399–404. CiteSeerX 10.1.1.391.8944. doi:10.1016 / j.tig.2005.05.008. PMID 15913835.
- Chen, IC; Griesenauer, B; Yu, YT; Velicer, GJ (10 Ocak 2014). "Çok hücreli meyve veren vücut gelişimini kontrol eden bir bakteriyel küçük RNA'nın yeni bir evrimsel kaynağı". Moleküler Filogenetik ve Evrim. 73: 1–9. doi:10.1016 / j.ympev.2014.01.001. PMID 24418530.