ROOL RNA motifi - ROOL RNA motif - Wikipedia
| ROOL | |
|---|---|
 Uzlaşma ikincil yapı ve dizi koruma ROOL RNA'sı | |
| Tanımlayıcılar | |
| Sembol | ROOL |
| Rfam | RF03087 |
| Diğer veri | |
| RNA tip | Gen; sRNA |
| YANİ | İşletim Sistemi: 0001263 |
| PDB yapılar | PDBe |
Rumen Kaynaklı, Süslü, Büyük (ROOL) RNA motifi başlangıçta biyoinformatik tarafından analiz edilerek keşfedildi metagenomik dizileri inek rumen.[1] ROOL RNA'lar, çeşitli bakteriyel türler ve görünüşe göre kodlama proteinler. RNA'nın bir kompleksi var RNA ikincil yapısı ve ortalama boyutu 581 nükleotid[1] bakteriyel kodlamayan RNA'lar için alışılmadık derecede büyüktür. Bakteriyel bir RNA için bu büyük boyut ve yapısal karmaşıklık, büyük ribozimler.[2]
ROOL RNA'ları, peygamberler ve saflaştırılmış fajlar ama aynı zamanda bakteriyel olarak genomik fajlarla ilişkili görünmeyen yerler.[1] ROOL RNA'lar da sık sık tRNA'lar. ROOL RNA'larının büyük boyutu ve karmaşık ikincil yapısı, tRNA'lar ve fajlarla birleştiğinde, bunlar tarafından paylaşılan özelliklerdir. GOLLD RNA motifi, başka bir bakteri kodlamayan RNA. Bu paylaşılan özellikler, ilgili bir işlevi önerebilir, ancak benzerlikler başka nedenlerle ortaya çıkabilir.[1]
ROOL RNA'lar bakteri içinde bulunur. filum Firmicutes, Fusobacteria ve Tenericutes,[1] fajlara ve inek işkembe metagenomlarına ek olarak, yukarıda belirtildiği gibi. Firmicutes içinde, birkaç türde bulunurlar Clostridia ve birçok laktik asit bakterisi özellikle cins Lactobacillus.
ROOL RNA'ları Lactobacillus salivarius son derece yüksek ifade oranlarına dayanarak bağımsız olarak keşfedildi Lactobacillus salivarius UCC118[3] Çeşitli suşlarda ROOL RNA'ları Lactobacillus salivarius daha sonra çalışıldı; Farklı suşlarda ROOL RNA'larının ekspresyon seviyelerinde çok geniş bir aralık vardır ve bazı suşların genomlarında bu RNA'lara sahip olmadığı görülmektedir.[3] ROOL RNA'ları L. salivarius UC118, bazı büyüme koşullarında o kadar bol ki, geç durağan aşamada bile 16S ribozomal RNA'lar.[3] ROOL RNA'ları için deneysel olarak belirlenen boyut L. salivarius[3] Biyoinformatiğe dayalı olarak önerilen RNA yapısının boyutuyla yakından eşleşir.[1]
Referanslar
- ^ a b c d e f Weinberg, Zasha; Lünse, Christina E .; Corbino, Keith A .; Ames, Tyler D .; Nelson, James W .; Roth, Adam; Perkins, Kevin R .; Sherlock, Madeline E .; Breaker, Ronald R. (10 Ağustos 2017). "Genler arası bölgelerin spesifik alt kümelerinin karşılaştırmalı analizi ile 224 aday yapılandırılmış RNA'nın tespiti". Nükleik Asit Araştırması. 45 (18): 10811–10823. doi:10.1093 / nar / gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401.
- ^ Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (Aralık 2009). "Bakteriyel metagenom analizi ile ortaya çıkan olağanüstü yapılandırılmış kodlamayan RNA'lar". Doğa. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC 4140389. PMID 19956260.
- ^ a b c d Kuzen, Fabien J .; Lynch, Denise B .; Chuat, Victoria; Bourin, Maxence J. B .; Casey, Pat G .; Dalmasso, Marion; Harris, Hugh M. B .; McCann, Angela; O’Toole, Paul W. (17 Temmuz 2017). "Lactobacillus salivarius'ta uzun ve bol miktarda kodlanmayan RNA". Mikrobiyal Genomik. 3 (9): e000126. doi:10.1099 / mgen.0.000126. PMC 5643018. PMID 29114404.
 | Bu moleküler veya hücre Biyolojisi makale bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek. |