GOLLD RNA motifi - GOLLD RNA motif - Wikipedia

GOLLD
RF02032.svg
Uzlaşma ikincil yapı ve dizi koruma Giant, ornate, lake ve Lactobacillales türevli (GOLLD) RNA'nın 3 'yarısının
Tanımlayıcılar
SembolGOLLD
RfamRF02032
Diğer veri
RNA tipGen
YANİİşletim Sistemi: 0001263
PDB yapılarPDBe

Giant, Ornate, Lake- ve Lactobacillales-Derived (GOLLD) RNA korunmuş RNA mevcut yapı bakteri. GOLLD RNA'ları başlangıçta aşağıdakilere göre tespit edildi: metagenom dizileri DNA izole Gatun Gölü Panama'da.[1] Bununla birlikte, kültürlenmiş bakteri türlerinin en az sekiz suşunda mevcut oldukları bilinmektedir. GOLLD RNA'ları, korunmuş, kompleks bir yapıya sahip diğer RNA'lara kıyasla olağanüstü büyüktür. ikincil yapı ve ortalama kabaca 800 nükleotid. Bu kadar büyük, karmaşık RNA'lar genellikle ribozimler ancak GOLLD RNA'larının biyokimyasal işlevi bilinmemektedir. Çoğunlukla laboratuvar koşullarında yetiştirilmemiş olan bakteriler arasında GOLLD RNA'lar gibi büyük RNA'ların keşfi, henüz çalışılmamış bakterilerde alışılmadık derecede büyük diğer birçok RNA'nın bulunabileceğini göstermektedir.[1]

GOLLD RNA'sı Lactobacillus brevis ATCC 367 deneysel olarak incelendi.[1] Bu GOLLD RNA'sı görünüşte bir peygamberlik ve faj sırasında transkripsiyonu artar litik döngü. Bu nedenle, bu GOLLD RNA'sı muhtemelen bu işlem sırasında faj için faydalı bir işleve hizmet eder. GOLLD RNA'ları genellikle transfer RNA'lar (tRNA'lar) ve bazı durumlarda bir tRNA'nın GOLLD RNA yapısının içinde olduğu tahmin edilmektedir. Ancak, bu ilişkinin altında yatan biyolojik neden anlaşılamamıştır.[1]

Daha yakın zamanda keşfedilen büyük bir bakteriyel RNA ROOL RNA motifi, GOLLD RNA'ları ile özellikleri paylaşır. Bu RNA motiflerinin nispeten büyük boyutuna ve yüksek derecede yapısal karmaşıklığına ek olarak, her ikisi de sadece bazen peygamberlerde bulunur ve genellikle tRNA'ların yakınında bulunur. Bununla birlikte, GOLLD ve ROOL RNA'larının dizisi ve yapıları birbiriyle ilişkili değildir.

Rfam GOLLD RNA modeli, tam RNA'nın bu bölgesi yapısında oldukça tutarlı olduğundan GOLLD'nin yalnızca 3 'yarısını kullanır.

Referanslar

  1. ^ a b c d Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (Aralık 2009). "Bakteriyel metagenom analizi ile ortaya çıkan olağanüstü yapılandırılmış kodlamayan RNA'lar". Doğa. 462 (7273): 656–659. doi:10.1038 / nature08586. PMC  4140389. PMID  19956260.