Strand Yaşam Bilimleri - Strand Life Sciences

Strand Yaşam Bilimleri Pvt. Ltd.
Özel
SanayiYazılım
Yaşam Bilimleri
Sağlık hizmeti
Kurulmuş2000
MerkezBangalore, Karnataka, Hindistan
Kilit kişiler
Vijay Chandru , CEO
Ramesh Hariharan, CTO
Kaş Subramanian, CSO
Ürün:% sStrandAdvantage
Strand NGS
Heptoks
Avadis
İnternet sitesiwww.strandls.com

Strand Yaşam Bilimleri, vakti zamanında Strand Genomics, bir Bengaluru, Hindistan tabanlı silikoda teknoloji şirketi. Strand odaklanır veri madenciliği, tahmine dayalı modelleme, hesaplamalı kimya, yazılım Mühendisliği, biyoinformatik ve yaşam bilimleri araştırmaları için yazılım ve hizmetler geliştirmek için biyoloji araştırması. Strand ayrıca fikri mülkiyetine dayalı özel çözümler sunar. Ağustos 2007'de Strand ve Agilent Technologies, Inc. Strand'ın Agilent's GeneSpring'i geliştirdiği ve desteklediği bir anlaşmaya girdi[1] Agilent'in Ağustos 2004'te Silicon Genetics satın almasıyla elde ettiği yazılım.[2] Ekim 2010'da Strand ve Agilent anlaşmayı yeniledi[3] Strand'ın Agilent'in GeneSpring kapsamını birden çok yaşam bilimleri disiplininde genişletmesi için.

Tarih

Strand Life Sciences, Profesörler tarafından Ekim 2000'de kuruldu Vijay Chandru, Ramesh Hariharan, Swami Manohar ve V. Vinay. Strand Genomics olarak tescil edildi, ancak daha sonra yaşam bilimlerinin çeşitli diğer yönleriyle ilgilendiği için Strand Yaşam Bilimleri olarak yeniden adlandırıldı. Ağustos 2007'de Strand ve Agilent Technologies, Inc. Strand'ın Agilent's GeneSpring'i geliştirdiği ve desteklediği bir anlaşmaya girdi[4] Agilent'in Ağustos 2004'te Silicon Genetics satın almasıyla elde ettiği yazılım.[5] Ekim 2010'da Strand ve Agilent anlaşmayı yeniledi[6] Strand'ın Agilent'in GeneSpring kapsamını çeşitli yaşam bilimleri disiplinlerinde genişletmesi için.

Yazılım

Strand NGS (eski adıyla Avadis NGS)

Strand NGS için bir yazılım platformudur Yeni nesil sıralama veri analizi. Aşağıdaki gibi sıralama platformlarından ham okuma dizilerini içe aktarabilir Illumina, Ion Torrent, PacBio, ABI, ve 454 Yaşam Bilimleri ve parça, tek uçlu, çift uçlu, montaj ilişkisi çiftli, yönlü tek / çift uçlu kitaplık türlerini destekler. FASTA, FASTQ, SAM, BAM, Unaligned BAM, BED, Counts data, VCF, VAL veya Eland formatlarındaki ham okumalar araca aktarılabilir. Ek olarak, uzun süre algılamak için bölünmüş okuma hizalaması yapın. InDels ve yer değiştirmeler.

Strand NGS ayrıca kullanıcıların ana analiz yapılmadan önce içe aktarılan veriler üzerinde kalite kontrol gerçekleştirmesine ve filtre okumalarına olanak tanır. Aracın 2.6 sürümü altı deneme türünü destekler: Çip Sırası, RNA Sırası, küçük RNA, Metil-Seq, MeDIP-Seq ve DNA-Seq. Gen, Transcript, SNP, homoloji, Gen ontolojisi (GO) ve analiz için gerekli diğer açıklamalar doğrudan Strand NGS içinden indirilebilir İnternet sitesi.

ChIP-Seq analizi iş akışı kullanıcıların zenginleştirilmiş bölgeleri üç farklı tepe bulma algoritması kullanarak tanımlamasına olanak tanır - basit bir kayan pencere tabanlı yaklaşım, MACS ve PICS. Bağlı olarak deney tasarımı bu bölgeler olabilir transkripsiyon faktörü bağlayıcı siteler, metilasyon siteler, vb. Tanımlanmış bağlanma sitelerinde bulunan motifler, GADEM algoritmasının paralel bir uygulaması kullanılarak keşfedilebilir. Bağlanma bölgelerinin komşuluğundaki genleri içeren varlık listeleri, aşağı akışta oluşturulabilir ve kullanılabilir. Gen ontolojisi Gen Seti Zenginleştirme Analizi (GSEA) yol analizi.
RNA-Seq deney iş akışı kullanıcıların bilinen genlerin ve transkriptlerin ekspresyon seviyelerini ölçmesine olanak tanır. Ayrıca yeni eksonların, genlerin ve bağlantı birleşimlerinin keşfedilmesine de izin verir. Genom Tarayıcısı Strand NGS, kullanıcıların, sonuçların birden çok kaynaktan gelen açıklamalar bağlamında görüntülenmesine izin vererek tahminleri doğrulamasını sağlar. NCBI, UCSC Genom Tarayıcısı, ve Topluluk. Sayıma dayalı verileri işlemek için özel olarak tasarlanmış istatistiksel testler, diferansiyel gen ekspresyonu ve alternatif birleştirme analizi için kullanılabilir. Özel bir "Gene View" görselleştirmesi, bir gen hakkında konsolide bilgi sunar ve tahminlerin doğrulanmasına yardımcı olur.
DNA-Seq deney iş akışı için bağlantıları var SNP ve yapısal varyasyon algılama algoritmaları. SNP tahmin adımı şunu bulur: homozigot ve heterozigot SNP'ler ve sağlanan dbSNP ek açıklamalarıyla çakışmaları tanımlar. Genik bölgelere düşen SNP'ler ayrıca analiz edilir ve transkriptler üzerindeki etkileri açıklanır (Ensembl SNP Etkisi Tahmin web hizmetine benzer). yapısal varyasyon analiz algoritmaları homozigot ve heterozigotu tanımlar InDels, inversiyonlar ve yer değiştirme Etkinlikler. Ek olarak, Sayı Varyasyonlarını Kopyala normal tümör çiftleri kullanılarak tespit edilebilir.

Görselleştirme araçları, yani Genom Tarayıcısı, Gen Görünümü ve Varyant Destek Görünümü, yazılımın önemli bir yönüdür. Araçla kullanılabilen diğer görselleştirmeler şunlardır: dağılım grafiği, MvA arsa, profil arsa, histogram, sıcaklık haritası, kutu ve bıyık arsa, ve Venn şeması. Görselleştirmelerin yardımıyla, kullanıcılar verilerdeki istatistiksel eğilimler için resimli bir his verir.

Genom Tarayıcısı in Strand NGS, genomla ilişkili verileri, sonuçları ve açıklamaları tek bir yerde görselleştirmek için bir arayüzdür. Ek açıklama verileri, örneğin Cytobands Peak bölgeleri, SNP'ler, Gene Füzyonları vb. gibi analizlerden elde edilen sonuçların yanı sıra genler, transkriptler vb. üst üste getirilebilir. Kullanıcılar verileri tarayıcıya sürükleyip bırakabilir ve ayrıca arama işlemleri gerçekleştirebilir. Genom Tarayıcısında gezinmek için kullanıcılar kaydırabilir, kaydırabilir ve yakınlaştırabilir. Kullanıcılar ayrıca verileri ilgi çekici noktaları renklendirebilir, filtreleyebilir ve etiketleyebilir.
Gen Görünümü tek tek genleri ve bunların transkriptlerini görselleştirmek için kullanılır. Kullanıcılar, bilinen ve yeni ekson bölümleri için okuma kapsamını görebilir.

Strand NGS ayrıca proteinler, küçük moleküller, enzimler, kompleksler, biyolojik süreçler, moleküler işlevler ve gen aileleri arasındaki ilişkileri içeren organizmaya özgü etkileşim veritabanlarına erişim sağlar. Bu veritabanlarında bulunan iki milyon etkileşim, yolları GPML formatında içe aktararak da artırılabilir (WikiPathways ), XML biçimi (BioCyc ), BioPAX Reactome, Kanser Hücresi Haritası, vb. formatı. Analiz adımları tarafından oluşturulan gen listeleri, birçok yol analizi işlemi için başlangıç ​​noktası olarak kullanılabilir.

GeneSpring

GeneSpring GX (sürüm 9.0.0'dan itibaren), GeneSpring Workgroup (sürüm 7.0.0'dan itibaren) ve Mass Profiler Pro, Strand'ın Bangalore'daki Ar-Ge bölümü tarafından geliştirilmiştir.

Avadis

Avadis, kapsamlı bir veri madenciliği ve görselleştirme platformudur. Ölçeklenebilir algoritmaların gücünü ve dinamik etkileşimli görselleştirmeyi birleştirir. Platform, aşağıdaki gibi çeşitli bilimsel alanlar için özelleştirildi gen ifadesi, Yeni nesil sıralama, klinik öncesi araştırma, kimya ve sağlık hizmetleri.

Sarchitect

Sarchitect, moleküllerin ilaçla ilgili özelliklerini modellemek ve tahmin etmek için bir platformdur silikoda.

ArrayAssist

ArrayAssist, Avadis platformu temel alınarak Stratagene, Inc. için geliştirilmiştir. Stratagene tarafından satın alındıktan sonra üretim durduruldu. Agilent Technologies, Inc. 2007 yılında.

Övgüler

  • Strand bir kırmızı ringa 2005 yılı için "Asia 100 Private Company"[7] ve 2010.[8]
  • Deloitte Fast 50 India ve Fast 500 Asia, 2009 ve 2010'da.
  • Strand Life Sciences tarafından "NASSCOM IT Innovator 2006" olarak adlandırıldı. NASSCOM.[9] 2007 yılında NASSCOM tarafından BT Yenilikçileri olarak tanınan yedi Hintli şirketten biridir.
  • Strand Yaşam Bilimleri tarafından "Teknoloji Öncü 2007" olarak adlandırılmıştır. Dünya Ekonomik Forumu.[10]
  • Strand aldı Frost ve Sullivan "Teknolojide Mükemmellik Ödülü 2005"[11] teknoloji platformu Avadis için.
  • 2003 Strand, teknoloji öncüsü olarak aday gösterildi. Dünya Ekonomik Forumu 2002 yılı için.
  • Genome Technology Magazine, Strand'ı "2002 Yılının Şirketi" kategorisinde en önemli beş şirket olarak gösterdi.

Referanslar

  1. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2007/20aug-ca07049.html
  2. ^ http://www.biodevicesbiz.com/newsArticle.asp?nId=84896&cId=275
  3. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2010/04oct-ca10065.html
  4. ^ "Agilent - Agilent Technologies ve Strand Life Sciences, GeneSpring Geliştirme Anlaşmasını Duyurdu". agilent.com. 5 Ocak 2017. Alındı 22 Şubat 2017.
  5. ^ "Silikon Genetiği Edinecek Agilent Teknolojileri, Yaşam Bilimleri Bilişiminin Öncü Sağlayıcısı". biodevicesbiz.com. Alındı 22 Şubat 2017.
  6. ^ "Agilent - Agilent Technologies and Strand Team Up to Advance Integrated Biology Software Systems". agilent.com. 4 Ekim 2010. Alındı 22 Şubat 2017.
  7. ^ "Indecomm Küresel Hizmetler - iş ortaklıkları @" (PDF). indecommglobal.com. Alındı 22 Şubat 2017.
  8. ^ "www.herring100.com". herring100.com. Alındı 22 Şubat 2017.
  9. ^ http://www.nasscom.in/Nasscom/templates/NormalPage.aspx?id=50719
  10. ^ "Arşivlenmiş kopya". Arşivlenen orijinal 23 Ekim 2008'de. Alındı 23 Aralık 2008.CS1 Maint: başlık olarak arşivlenmiş kopya (bağlantı)
  11. ^ "Strand Genomics, avadis Platformu için Frost & Sullivan Teknolojide Mükemmellik Ödülü ile ayrılıyor". frost.com. Alındı 22 Şubat 2017.

Dış bağlantılar