TRIM25 - TRIM25

TRIM25
Mevcut yapılar
PDB	Ortolog araması: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	4CFG, 4LTB, 5FER
Tanımlayıcılar
Takma adlar	TRIM25, EFP, RNF147, Z147, ZNF147, 25 içeren üçlü motif
Harici kimlikler	OMIM: 600453 MGI: 102749 HomoloGene: 48325 GeneCard'lar: TRIM25
EC numarası	2.3.2.27
Gen konumu (İnsan)
Chr.	Kromozom 17 (insan)
Son	56,914,080 bp
Gen konumu (Fare)
Chr.	Kromozom 11 (fare)
Son	89,020,293 bp
RNA ifadesi Desen
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
Moleküler fonksiyon	• transferaz aktivitesi; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNA bağlayıcı transkripsiyon faktörü aktivitesi; • GO: 1904264, GO: 1904822, GO: 0090622, GO: 0090302 ubiquitin protein ligaz aktivitesi; • metal iyon bağlama; • ligaz aktivitesi; • GO: 0001948 protein bağlama; • ubikitin-protein transferaz aktivitesi; • RNA bağlanması; • kaderin bağlama; • çinko iyonu bağlama;
Hücresel bileşen	• nükleoplazma; • sitoplazma; • sitozol; • nükleer cisim; • hücre içi;
Biyolojik süreç	• ERAD yolu; • konakçı hücreye viral girişin negatif düzenlenmesi; • bağışıklık sistemi süreci; • interferon-gamma-aracılı sinyal yolu; • diziye özgü DNA bağlanma transkripsiyon faktörü aktivitesinin pozitif düzenlenmesi; • protein monoubiquitination; • konak hücreden viral salımın negatif düzenlenmesi; • virüse karşı savunma tepkisi; • NF-kappaB transkripsiyon faktör aktivitesinin pozitif düzenlenmesi; • proteinin aynı anda bulunması; • I-kappaB kinaz / NF-kappaB sinyallemesinin pozitif regülasyonu; • öteleme sentezi; • tip I interferon üretiminin negatif düzenlemesi; • doğuştan bağışıklık sistemi; • GO: 0022415 viral süreç; • östrojene yanıt; • D vitaminine yanıt; • protein deubikinasyonu; • ubikitin bağımlı ERAD yolu; • lösemi inhibitör faktörüne hücresel yanıt; • ubikitin bağımlı protein katabolik süreç; • konakçı hücreye viral girişin düzenlenmesi; • konak hücreden viral salımın düzenlenmesi;
	Kaynaklar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	7706
	217069
	ENSG00000121060
	ENSMUSG00000000275
	Q14258
	Q61510
	NM_005082
	NM_009546
	NP_005073
	NP_033572
	Vikiveri
İnsanı Görüntüle / Düzenle	Fareyi Görüntüle / Düzenle

Üçlü motif içeren protein 25 bir protein insanlarda kodlanır TRIM25 gen.^[5]^[6]

Fonksiyon

Bu gen tarafından kodlanan protein, 70'den fazla TRIM'i gruplayan üçlü motif (TRIM) ailesinin bir üyesidir. TRIM proteinleri öncelikle şu şekilde işlev görür: ubikitin ligazlar enfeksiyona karşı doğuştan gelen yanıtı düzenleyen.^[7] TRIM25, sitoplazmaya yerleşir. Potansiyel DNA bağlama ve dimerizasyon-transaktivasyon alanlarının varlığı, bu proteinin, TRIM ailesinin birkaç diğer üyesine benzer şekilde bir transkripsiyon faktörü olarak hareket edebileceğini gösterir. Gen ekspresyonu, östrojene yanıt olarak yukarı regüle edilir ve bir birincil yanıt geni olarak meme kanserinde östrojen etkilerine aracılık ettiği düşünülmektedir.^[6]

Etki Alanı Mimarisi

TRIM25'in bir N-terminal RING alanı, ardından bir B-box tip 1 alanı, bir B-box tip 2 alanı, bir kıvrımlı-bobin alanı (CCD) ve bir C-terminal SPRY alanı vardır. HALKA alanı iki çinko atomunu koordine eder ve işe alım için gereklidir ubikitin-konjüge edici enzimler. B-box alanlarının işlevi bilinmemektedir. CCD alanı, multimerizasyonda ve diğer protein-protein etkileşimlerinde yer almıştır.^[8] SPRY alanı, substrat alımı için gereklidir.^[9] TRIM25'in PRYSPRY alanının omurgası için NMR kimyasal kaymaları, homojen izotopik etiketlenmiş protein kullanan üçlü rezonans deneylerine ve NMR atamalarına göre tahmin edilen TRIM25'in PRYSPRY alanının ikincil yapısına dayalı olarak atanır.^[10]

TRIM25 fonksiyonları

TRIM25, RIG-I sinyal yolu. RIG-I bir sitosoliktir örüntü tanıma reseptörü viral RNA'yı algılayan. RNA tanımayı takiben, caspase işe alım alanı (KART) RIG-I, K (63) bağlantılı her yerde bulunma TRIM25 tarafından. TRIM25'in RING ve SPRY alanları, RIG-I ile etkileşimine aracılık eder. IFN üretimi daha sonra aşağıdakileri içeren bir hücre içi sinyalleme yolu ile takip eder IRF3.^[11]

Viral kaçış

IFN üretimini önlemek için yapısal olmayan protein (NS1 ) nın-nin grip RIG-I'in her yerde bulunmasını engellemek için TRIM25'in CCD alanı ile etkileşime girecektir. Bazı çalışmalar, TRIM25'in CCD alanının silinmesinin NS1'in bağlanmasını engellediğini göstermiştir.^[12] Bu her yerde bulunmadan, IFN üretimi olmayacak.

Referanslar

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000121060 - Topluluk, Mayıs 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000000275 - Topluluk, Mayıs 2017
^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ Inoue S, Orimo A, Matsuda Y, Inazawa J, Emi M, Nakamura Y, Hori T, Muramatsu M (Ocak 1995). "RING parmak ailesinin bir üyesi olan östrojene duyarlı parmak proteini (efp) için insan (ZNF147) ve fare genlerinin kromozom haritalaması". Genomik. 25 (2): 581–3. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80064-S. PMID 7789997.
^ ^a ^b "Entrez Gene: TRIM25 üçlü motif içeren 25".
^ D'Cruz AA, Kershaw NJ, Chiang JJ, Wang MK, Nicola NA, Babon JJ, Gack MU, Nicholson SE (2013). "TRIM25 B30.2 (PRYSPRY) alanının kristal yapısı: antiviral sinyallemenin önemli bir bileşeni". Biyokimyasal Dergi. 456 (2): 231–40. doi:10.1042 / BJ20121425. PMC 4012390. PMID 24015671.
^ Haik KG (Temmuz 1985). "Video görüntüleme terminallerinden görsel zorluklar". Güney Tıp Dergisi. 78 (7): 887–8. doi:10.1097/00007611-198507000-00031. PMID 4012390.
^ Pilka L, Trávník P, Dvorák M, Tesarík J, Ventruba P, Krejcí K, Soska J (Ağustos 1985). "[In vitro fertilizasyon ve oosit kültürü ile elde edilen intrauterin embriyo transferinden sonra doğum]". Ceskoslovenská Gynekologie. 50 (7): 452–9. PMID 4042170.
^ Kong, Chen; Penumutchu, Srinivasa R .; Hung, Kuo-wei; Huang, Huiying; Lin, Tianwei; Yu, Chin (2015-02-22). "TRIM25'in PRYSPRY alanının omurga rezonans atamaları". Biyomoleküler NMR Atamaları. 9 (2): 313–315. doi:10.1007 / s12104-015-9599-x. ISSN 1874-2718. PMID 25702035. S2CID 11475584.
^ Gack MU, Kirchhofer A, Shin YC, Inn KS, Liang C, Cui S, Myong S, Ha T, Hopfner KP, Jung JU (Ekim 2008). "TRIM25 aracılı antiviral sinyal iletiminde RIG-I N-terminal tandem CARD ve ekleme varyantının rolleri". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 105 (43): 16743–8. doi:10.1073 / pnas.0804947105. PMC 2575490. PMID 18948594.
^ Gack MU, Albrecht RA, Urano T, Inn KS, Huang IC, Carnero E, Farzan M, Inoue S, Jung JU, García-Sastre A (Mayıs 2009). "İnfluenza A virüsü NS1, konakçı viral RNA sensörü RIG-I tarafından tanınmadan kaçınmak için ubikitin ligaz TRIM25'i hedefler". Hücre Konakçı ve Mikrop. 5 (5): 439–49. doi:10.1016 / j.chom.2009.04.006. PMC 2737813. PMID 19454348.

daha fazla okuma

Horie K, Urano T, Ikeda K, Inoue S (Haziran 2003). "Östrojene duyarlı RING parmak proteini, göğüs kanseri büyümesini kontrol eder". Steroid Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Dergisi. 85 (2–5): 101–4. doi:10.1016 / S0960-0760 (03) 00209-7. PMID 12943693. S2CID 22487508.
Inoue S, Orimo A, Hosoi T, Kondo S, Toyoshima H, Kondo T, Ikegami A, Ouchi Y, Orimo H, Muramatsu M (Aralık 1993). "Genomik bağlanma bölgesi klonlaması, bir RING parmak proteinini kodlayan östrojene duyarlı bir geni ortaya çıkarır". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 90 (23): 11117–21. doi:10.1073 / pnas.90.23.11117. PMC 47933. PMID 8248217.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (Eylül 1996). "Normalleştirme ve çıkarma: gen keşfini kolaylaştırmak için iki yaklaşım". Genom Araştırması. 6 (9): 791–806. doi:10.1101 / gr.6.9.791. PMID 8889548.
Ikeda K, Inoue S, Orimo A, Sano M, Watanabe T, Tsutsumi K, Muramatsu M (Temmuz 1997). "İnsan östrojene duyarlı parmak proteini (efp) geninin 5'-yan bölgesinin çoklu düzenleyici elemanları ve bağlayıcı proteinleri". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Araştırma İletişimi. 236 (3): 765–71. doi:10.1006 / bbrc.1997.7046. PMID 9245730.
Ikeda K, Orimo A, Higashi Y, Muramatsu M, Inoue S (Nisan 2000). "İnsan göğüs kanserinde birincil östrojene duyarlı gen olarak Efp". FEBS Mektupları. 472 (1): 9–13. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01421-6. PMID 10781795. S2CID 10570937.
Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L, Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci S, Pelicci PG, Ballabio A (Mayıs 2001). "Üçlü motif ailesi hücre bölmelerini tanımlar". EMBO Dergisi. 20 (9): 2140–51. doi:10.1093 / emboj / 20.9.2140. PMC 125245. PMID 11331580.
Urano T, Saito T, Tsukui T, Fujita M, Hosoi T, Muramatsu M, Ouchi Y, Inoue S (Haziran 2002). "Efp, proteoliz için 14-3-3 sigmayı hedefler ve göğüs tümörü büyümesini destekler". Doğa. 417 (6891): 871–5. doi:10.1038 / nature00826. PMID 12075357. S2CID 4348545.
Shimada N, Suzuki T, Inoue S, Kato K, Imatani A, Sekine H, Ohara S, Shimosegawa T, Sasano H (Nis 2004). "İnsan dokularında östrojene duyarlı parmak proteininin (Efp) sistemik dağılımı". Moleküler ve Hücresel Endokrinoloji. 218 (1–2): 147–53. doi:10.1016 / j.mce.2003.12.008. PMID 15130519. S2CID 44761828.
Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, Zhang H, Zha XM, Polakiewicz RD, Comb MJ (Ocak 2005). "Kanser hücrelerinde tirozin fosforilasyonunun immünoafinite profili". Doğa Biyoteknolojisi. 23 (1): 94–101. doi:10.1038 / nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
Suzuki T, Urano T, Tsukui T, Horie-Inoue K, Moriya T, Ishida T, Muramatsu M, Ouchi Y, Sasano H, Inoue S (Eylül 2005). "Göğüs kanseri için yeni bir potansiyel biyolojik belirteç olarak östrojene duyarlı parmak proteini". Klinik Kanser Araştırmaları. 11 (17): 6148–54. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-05-0040. PMID 16144914.
Nakayama H, Sano T, Motegi A, Oyama T, Nakajima T (Kasım 2005). "Azalan östrojen reseptörü alfa ve östrojene duyarlı parmak proteini ekspresyonu ile artan 14-3-3 sigma ekspresyonu, endometriyal karsinomun habis ilerlemesini tanımlar". Patoloji Uluslararası. 55 (11): 707–15. doi:10.1111 / j.1440-1827.2005.01900.x. PMID 16271083.
Nakasato N, Ikeda K, Urano T, Horie-Inoue K, Takeda S, Inoue S (Aralık 2006). "Bir ubikuitin E3 ligaz Efp, interferonlar tarafından yukarı regüle edilir ve ISG15 ile konjuge edilir". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Araştırma İletişimi. 351 (2): 540–6. doi:10.1016 / j.bbrc.2006.10.061. PMID 17069755.
Nakajima A, Maruyama S, Bohgaki M, Miyajima N, Tsukiyama T, Sakuragi N, Hatakeyama S (Mayıs 2007). "Östrojen reseptörü alfanın liganda bağlı transkripsiyonuna ubikitin ligaz EFP aracılık eder". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Araştırma İletişimi. 357 (1): 245–51. doi:10.1016 / j.bbrc.2007.03.134. hdl:2115/24261. PMID 17418098.

Bu makale bir gen açık insan kromozomu 17 bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000121060 - Topluluk, Mayıs 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000000275 - Topluluk, Mayıs 2017

[3] "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[4] "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[pmid7789997-5] Inoue S, Orimo A, Matsuda Y, Inazawa J, Emi M, Nakamura Y, Hori T, Muramatsu M (Ocak 1995). "RING parmak ailesinin bir üyesi olan östrojene duyarlı parmak proteini (efp) için insan (ZNF147) ve fare genlerinin kromozom haritalaması". Genomik. 25 (2): 581–3. doi:10.1016 / 0888-7543 (95) 80064-S. PMID 7789997.

[entrez-6] "Entrez Gene: TRIM25 üçlü motif içeren 25".

[pmid24015671-7] D'Cruz AA, Kershaw NJ, Chiang JJ, Wang MK, Nicola NA, Babon JJ, Gack MU, Nicholson SE (2013). "TRIM25 B30.2 (PRYSPRY) alanının kristal yapısı: antiviral sinyallemenin önemli bir bileşeni". Biyokimyasal Dergi. 456 (2): 231–40. doi:10.1042 / BJ20121425. PMC 4012390. PMID 24015671.

[8] Haik KG (Temmuz 1985). "Video görüntüleme terminallerinden görsel zorluklar". Güney Tıp Dergisi. 78 (7): 887–8. doi:10.1097/00007611-198507000-00031. PMID 4012390.

[9] Pilka L, Trávník P, Dvorák M, Tesarík J, Ventruba P, Krejcí K, Soska J (Ağustos 1985). "[In vitro fertilizasyon ve oosit kültürü ile elde edilen intrauterin embriyo transferinden sonra doğum]". Ceskoslovenská Gynekologie. 50 (7): 452–9. PMID 4042170.

[10] Kong, Chen; Penumutchu, Srinivasa R .; Hung, Kuo-wei; Huang, Huiying; Lin, Tianwei; Yu, Chin (2015-02-22). "TRIM25'in PRYSPRY alanının omurga rezonans atamaları". Biyomoleküler NMR Atamaları. 9 (2): 313–315. doi:10.1007 / s12104-015-9599-x. ISSN 1874-2718. PMID 25702035. S2CID 11475584.

[11] Gack MU, Kirchhofer A, Shin YC, Inn KS, Liang C, Cui S, Myong S, Ha T, Hopfner KP, Jung JU (Ekim 2008). "TRIM25 aracılı antiviral sinyal iletiminde RIG-I N-terminal tandem CARD ve ekleme varyantının rolleri". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 105 (43): 16743–8. doi:10.1073 / pnas.0804947105. PMC 2575490. PMID 18948594.

[12] Gack MU, Albrecht RA, Urano T, Inn KS, Huang IC, Carnero E, Farzan M, Inoue S, Jung JU, García-Sastre A (Mayıs 2009). "İnfluenza A virüsü NS1, konakçı viral RNA sensörü RIG-I tarafından tanınmadan kaçınmak için ubikitin ligaz TRIM25'i hedefler". Hücre Konakçı ve Mikrop. 5 (5): 439–49. doi:10.1016 / j.chom.2009.04.006. PMC 2737813. PMID 19454348.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]