U2AF2 - U2AF2

U2AF2
Protein U2AF2 PDB 1jmt.png
Mevcut yapılar
PDBOrtolog araması: PDBe RCSB
Tanımlayıcılar
Takma adlarU2AF2, U2AF65, U2 küçük nükleer RNA yardımcı faktör 2
Harici kimliklerOMIM: 191318 MGI: 98886 HomoloGene: 110853 GeneCard'lar: U2AF2
Gen konumu (İnsan)
Kromozom 19 (insan)
Chr.Kromozom 19 (insan)[1]
Kromozom 19 (insan)
U2AF2 için genomik konum
U2AF2 için genomik konum
Grup19q13.42Başlat55,654,146 bp[1]
Son55,674,715 bp[1]
RNA ifadesi Desen
PBB GE U2AF2 218382 s fs.png'de

PBB GE U2AF2 218381 s fs.png'de
Daha fazla referans ifade verisi
Ortologlar
TürlerİnsanFare
Entrez
Topluluk
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001012478
NM_007279

NM_001205231
NM_133671

RefSeq (protein)

NP_001012496
NP_009210

NP_001192160
NP_598432

Konum (UCSC)Tarih 19: 55.65 - 55.67 MbChr 7: 5.06 - 5.08 Mb
PubMed arama[3][4]
Vikiveri
İnsanı Görüntüle / DüzenleFareyi Görüntüle / Düzenle

Ekleme faktörü U2AF 65 kDa alt birimi bir protein insanlarda kodlanır U2AF2 gen.[5]

Fonksiyon

U2 yardımcı faktör (U2AF ), bir büyük ve bir küçük alt birim, U2 snRNP'nin pre-mRNA dallanma yerine bağlanması için gerekli olan snRNP olmayan bir proteindir. Bu gen, 3 RNA tanıma motifli bir diziye özgü RNA bağlama bölgesi ve ekleme için gerekli Arg / Ser açısından zengin bir alan içeren U2AF geniş alt birimini kodlar. Büyük alt birim, polipirimidin yoluna bağlanır. intronlar erken dönemde ek yeri montaj. Çoklu alternatif olarak eklenmiş Bu gen için transkript varyantları tespit edildi, ancak bugüne kadar sadece ikisinin tam uzunlukta doğası belirlendi.[6]

İnsanlarda ve diğer tetrapodlarda, U2AF2 olmadan, ekleme işleminin engellendiği gösterilmiştir. Ancak zebra balığı ve diğeri teleostlar RNA ekleme U2AF2 yokluğunda da belirli genlerde süreç hala gerçekleşebilir. Bunun nedeni, genlerin% 10'unun, RNA'nın ikincil yapısını değiştiren ve her intron üzerindeki sırasıyla 3 'ekleme yerinde (3'ler) ve 5' ekleme yerinde (5'ler) alternatif TG ve AC baz çiftlerine sahip olması olabilir. eklemeyi etkiler.[7]

Etkileşimler

U2AF2'nin etkileşim ile:

Referanslar

  1. ^ a b c GRCh38: Topluluk sürümü 89: ENSG00000063244 - Topluluk, Mayıs 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000030435 - Topluluk, Mayıs 2017
  3. ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  4. ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  5. ^ Zamore PD, Patton JG, Green MR (Mart 1992). "Memeli ekleme faktörü U2AF'nin klonlanması ve alan yapısı". Doğa. 355 (6361): 609–14. doi:10.1038 / 355609a0. PMID  1538748. S2CID  4332390.
  6. ^ "Entrez Gene: U2AF2 U2 küçük nükleer RNA yardımcı faktör 2".
  7. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R, Huang YT, Fairbrother WG (Ocak 2016). "RNA yapısı, eklemede U2AF2 ihtiyacının yerini alıyor". Genom Araştırması. 26 (1): 12–23. doi:10.1101 / gr.181008.114. PMC  4691745. PMID  26566657.
  8. ^ a b c d Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Çevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (Ekim 2005). "İnsan protein-protein etkileşim ağının proteom ölçekli bir haritasına doğru". Doğa. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  9. ^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "İnsan protein-protein etkileşimlerinin kütle spektrometresi ile geniş ölçekli haritalanması". Mol. Syst. Biol. 3: 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC  1847948. PMID  17353931.
  10. ^ Berglund JA, Abovich N, Rosbash M (Mart 1998). "U2AF65 ve mBBP / SF1 arasındaki işbirliğine dayalı etkileşim, dallanma noktası bölge tanımayı kolaylaştırır". Genes Dev. 12 (6): 858–67. doi:10.1101 / gad.12.6.858. PMC  316625. PMID  9512519.
  11. ^ Abovich N, Rosbash M (Mayıs 1997). "Maya taahhüt kompleksindeki çapraz-intron köprüleme etkileşimleri memelilerde korunur". Hücre. 89 (3): 403–12. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80221-4. PMID  9150140. S2CID  18466775.
  12. ^ Zhang WJ, Wu JY (Ekim 1996). "Yapısal ve alternatif birleştirmede aktif yeni bir SR proteini olan p54'ün fonksiyonel özellikleri". Mol. Hücre. Biol. 16 (10): 5400–8. doi:10.1128 / MCB.16.10.5400. PMC  231539. PMID  8816452.
  13. ^ Zhang WJ, Wu JY (Şubat 1998). "Sip1, pre-mRNA splicing için gerekli olan yeni bir RS alanı içeren protein". Mol. Hücre. Biol. 18 (2): 676–84. doi:10.1128 / MCB.18.2.676. PMC  108778. PMID  9447963.
  14. ^ Wang HY, Lin W, Dyck JA, Yeakley JM, Songyang Z, Cantley LC, Fu XD (Şubat 1998). "SRPK2: memeli hücrelerinde pre-mRNA ekleme faktörlerinin etkileşimi ve lokalizasyonuna aracılık etmede yer alan farklı şekilde eksprese edilmiş SR proteinine özgü bir kinaz". J. Hücre Biol. 140 (4): 737–50. doi:10.1083 / jcb.140.4.737. PMC  2141757. PMID  9472028.
  15. ^ Zhang M, Zamore PD, Carmo-Fonseca M, Lamond AI, Green MR (Eylül 1992). "U2 küçük nükleer ribonükleoprotein yardımcı faktör küçük alt biriminin klonlanması ve hücre içi lokalizasyonu". Proc. Natl. Acad. Sci. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 89 (18): 8769–73. doi:10.1073 / pnas.89.18.8769. PMC  50002. PMID  1388271.
  16. ^ Davies RC, Calvio C, Bratt E, Larsson SH, Lamond AI, Hastie ND (Ekim 1998). "WT1, U2AF65 ekleme faktörü ile izoforma bağlı bir şekilde etkileşir ve ek yerlerine dahil edilebilir". Genes Dev. 12 (20): 3217–25. doi:10.1101 / gad.12.20.3217. PMC  317218. PMID  9784496.

daha fazla okuma