UPF2 - UPF2

UPF2
Protein UPF2 PDB 1uw4.png
Mevcut yapılar
PDBOrtolog araması: PDBe RCSB
Tanımlayıcılar
Takma adlarUPF2HRENT2, smg-3, anlamsız transkript homologunun (maya) UPF2 düzenleyicisi, anlamsız aracılı mRNA bozunumunun düzenleyicisi, anlamsız aracılı mRNA bozunumunun UPF2 düzenleyicisi
Harici kimliklerOMIM: 605529 MGI: 2449307 HomoloGene: 6101 GeneCard'lar: UPF2
Gen konumu (İnsan)
Kromozom 10 (insan)
Chr.Kromozom 10 (insan)[1]
Kromozom 10 (insan)
UPF2 için genomik konum
UPF2 için genomik konum
Grup10p14Başlat11,920,022 bp[1]
Son12,043,170 bp[1]
RNA ifadesi Desen
PBB GE UPF2 203519 s fs.png'de
Daha fazla referans ifade verisi
Ortologlar
TürlerİnsanFare
Entrez

26019

326622

Topluluk

ENSG00000151461

ENSMUSG00000043241

UniProt

Q9HAU5

A2AT37

RefSeq (mRNA)

NM_015542
NM_080599

NM_001081132

RefSeq (protein)

NP_056357
NP_542166

NP_001074601

Konum (UCSC)Chr 10: 11.92 - 12.04 MbChr 2: 5,95 - 6,06 Mb
PubMed arama[3][4]
Vikiveri
İnsanı Görüntüle / DüzenleFareyi Görüntüle / Düzenle

Saçma transkript düzenleyicisi 2 bir protein insanlarda kodlanır UPF2 gen.[5][6][7]

Fonksiyon

Bu gen, ekleme sonrası bir multiprotein kompleksinin parçası olan bir proteini kodlar. ekson bağlantı kompleksi, hem mRNA nükleer ihracatı hem de mRNA gözetiminde yer alır. mRNA sürveyansı, kesilmiş açık okuma çerçevelerine sahip dışa aktarılan mRNA'ları algılar ve anlamsız aracılı mRNA bozunmasını (NMD) başlatır. Translasyon, son ekson-ekson bağlantısından yukarı yönde sona erdiğinde, bu NMD'yi erken durdurma kodonları içeren mRNA'ları indirgemek için tetikler. Bu protein, perinükleer bölgede bulunur. Dönüşüm salım faktörleri ve maya Upf1p ve Upf3p'nin fonksiyonel homologları olan proteinlerle etkileşime girer. Bu gen için iki ekleme varyantı bulunmuştur; her iki varyant da aynı proteini kodlar.[7] UPF2'nin son zamanlarda hipokampal sinaptik omurga yoğunluğundaki değişiklikler ve nöronların geç uzun vadeli potansiyasyonu yoluyla yetişkin davranışını değiştirdiği gösterilmiştir.[8]

Etkileşimler

UPF2 görülmüştür etkileşim ile UPF1,[5][9][10][11][12] UPF3A[9][12] ve UPF3B.[9][12][13][14]

Referanslar

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl sürümü 89: ENSG00000151461 - Topluluk, Mayıs 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000043241 - Topluluk, Mayıs 2017
  3. ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  4. ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  5. ^ a b Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (Aralık 2000). "Yeni Upf2p ortologları, çeviri başlatma ve anlamsız gözetim kompleksleri arasında işlevsel bir bağlantı olduğunu öne sürüyor". Moleküler ve Hücresel Biyoloji. 20 (23): 8944–57. doi:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. PMC  86549. PMID  11073994.
  6. ^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (Ocak 2001). "Saccharomyces cerevisiae Upf2 proteini ve Upf3 proteinine (Caenorhabditis elegans SMG-4) insan ortologlarının tanımlanması ve karakterizasyonu". Moleküler ve Hücresel Biyoloji. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC  88795. PMID  11113196.
  7. ^ a b "Entrez Geni: saçma transkript homologunun (maya) UPF2 UPF2 düzenleyicisi".
  8. ^ Notaras, Michael; Allen, Megan; Longo, Francesco; Volk, Nicole; Toth, Miklos; Li Jeon, Noo; Klann, Eric; Çolak, Dilek (2019-10-21). "UPF2, sinaptik plastisiteyi ve bilişsel işlevi düzenlemek için dendritik olarak hedeflenen mRNA'ların bozulmasına yol açar". Moleküler Psikiyatri: 1–20. doi:10.1038 / s41380-019-0547-5. ISSN  1476-5578. PMID  31636381. S2CID  204812259.
  9. ^ a b c Lejeune F, Li X, Maquat LE (Eylül 2003). "Memeli hücrelerinde anlamsız aracılı mRNA bozunması, kapak açma, ölüenile etme ve eksonükleolitik aktiviteleri içerir". Moleküler Hücre. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID  14527413.
  10. ^ Schell T, Köcher T, Wilm M, Seraphin B, Kulozik AE, Hentze MW (Ağu 2003). "Saçma aracılı mRNA bozunma yolu faktörü insan upf1 (yukarı çerçeve kaydırma proteini 1) ve HeLa hücrelerinde temel anlamsız aracılı mRNA bozunma faktörleri arasındaki kompleksler". Biyokimyasal Dergi. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC  1223536. PMID  12723973.
  11. ^ Yamashita A, Ohnishi T, Kashima I, Taya Y, Ohno S (Eylül 2001). "Yeni bir fosfatidilinozitol 3-kinaz ile ilgili protein kinaz olan İnsan SMG-1, mRNA gözetim kompleksinin bileşenleriyle birleşir ve anlamsız aracılı mRNA bozunumunun düzenlenmesinde rol oynar". Genler ve Gelişim. 15 (17): 2215–28. doi:10.1101 / gad.913001. PMC  312771. PMID  11544179.
  12. ^ a b c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (Aralık 2000). "İnsan Upf proteinleri, bir sonlandırma kodonunun aşağı akışına bağlandıklarında anlamsız aracılı bozunma için bir mRNA'yı hedefler". Hücre. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID  11163187. S2CID  18417600.
  13. ^ Lehner B, Sanderson CM (Temmuz 2004). "İnsan mRNA bozulması için bir protein etkileşim çerçevesi". Genom Araştırması. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101 / gr.2122004. PMC  442147. PMID  15231747.
  14. ^ Lykke-Andersen J (Aralık 2002). "Saçma sapan bozunmada hUpf proteinleriyle ilişkili bir insan dekapaj kompleksinin tanımlanması". Moleküler ve Hücresel Biyoloji. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC  134073. PMID  12417715.

daha fazla okuma