UPF3B - UPF3B

UPF3B
Mevcut yapılar
PDB	İnsan UniProt araması: PDBe RCSB
PDB kimlik kodlarının listesi
	1UW4, 2XB2
Tanımlayıcılar
Takma adlar	UPF3B, HMRX62, MRXS14, RENT3B, UPF3X, Upf3p-X, UPF3BP1, UPF3BP2, UPF3BP3, saçma transkriptlerin UPF3 düzenleyicisi homolog B (maya), saçma sapan anlamsız transkriptlerin UPF3 regülatörü, homolog B, saçma medyasyonlu mRNA düzenleyicisi, saçma aracılıksız mRNA düzenleyicisi mRNA bozunması, MRX82
Harici kimlikler	OMIM: 300298 MGI: 1915384 HomoloGene: 11307 GeneCard'lar: UPF3B
Gen konumu (İnsan)
Chr.	X kromozomu (insan)
Son	119,852,998 bp
Gen konumu (Fare)
Chr.	X kromozomu (fare)
Son	37,110,322 bp
RNA ifadesi Desen
	Daha fazla referans ifade verisi
Gen ontolojisi
Moleküler fonksiyon	• GO: 0001948 protein bağlama; • mRNA bağlanması; • GO: 0005487 nükleer gözeneğin yapısal bileşeni; • nükleik asit bağlanması; • RNA bağlanması;
Hücresel bileşen	• ekson-ekson bağlantı kompleksi; • nükleoplazma; • mikrotübül düzenleme merkezi; • çekirdekçik; • hücre çekirdeği; • sitoplazma; • sitozol;
Biyolojik süreç	• spliceozom yoluyla mRNA ekleme; • RNA polimeraz II transkripsiyonunun sonlandırılması; • mRNA aktarımı; • Çekirdekten mRNA ihracatı; • çevirinin olumlu düzenlemesi; • nükleer-transkripsiyonlu mRNA katabolik süreç, anlamsız aracılı bozunma; • mRNA 3'-uç işleme; • Çekirdekten RNA ihracatı; • Ulaşım;
	Kaynaklar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	65109
	68134
	ENSG00000125351
	ENSMUSG00000036572
	Q9BZI7
	n / a
	NM_023010; NM_080632
	NM_026573
	NP_075386; NP_542199
	n / a
	Vikiveri
İnsanı Görüntüle / Düzenle	Fareyi Görüntüle / Düzenle

Saçma transkript düzenleyicisi 3B bir protein insanlarda kodlanır UPF3B gen.^[5]^[6]^[7]

Bu gen, hem mRNA nükleer ihraç hem de mRNA gözetiminde yer alan bir ekleme sonrası multiprotein kompleksinin parçası olan bir proteini kodlar. Kodlanmış protein, Upf3p mayası ile iki fonksiyonel homologdan biridir. mRNA sürveyansı, kesilmiş açık okuma çerçevelerine sahip dışa aktarılan mRNA'ları algılar ve anlamsız aracılı mRNA bozunmasını (NMD) başlatır. Translasyon, son ekson-ekson bağlantısından yukarı yönde sona erdiğinde, bu NMD'yi erken durdurma kodonları içeren mRNA'ları indirgemek için tetikler. Bu protein, mRNA'ya bağlanır ve nükleositoplazmik bir mekik proteini olarak hareket ederek nükleer ihracattan sonra bağlı kalır. Y14 ile ekson-ekson bağlantılarının özellikle 20 nt yukarı akışını bağlayan bir kompleks oluşturur. Bu gen, X kromozomunun uzun kolunda bulunur. Bu gen için farklı izoformları kodlayan iki ekleme varyantı bulunmuştur.^[7]

Etkileşimler

UPF3B'nin etkileşim ile UPF2^[6]^[8]^[9]^[10] ve UPF1.^[6]^[9]^[11]

Referanslar

^ ^a ^b ^c GRCh38: Topluluk sürümü 89: ENSG00000125351 - Topluluk, Mayıs 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000036572 - Topluluk, Mayıs 2017
^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
^ Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (Ocak 2001). "Saccharomyces cerevisiae Upf2 proteini ve Upf3 proteinine (Caenorhabditis elegans SMG-4) insan ortologlarının tanımlanması ve karakterizasyonu". Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.
^ ^a ^b ^c Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (Şubat 2001). "İnsan Upf proteinleri, bir sonlandırma kodonunun aşağı akışına bağlandıklarında anlamsız aracılı bozunma için bir mRNA'yı hedefler". Hücre. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.
^ ^a ^b "Entrez Gene: UPF3B UPF3 homolog B homologu (maya) saçma transkript düzenleyicisi".
^ Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (Temmuz 2004). "İnsan mRNA bozulması için bir protein etkileşim çerçevesi". Genom Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101 / gr.2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.
^ ^a ^b Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (Eylül 2003). "Memeli hücrelerinde anlamsız aracılı mRNA bozunması, kapak açma, ölüenile etme ve eksonükleolitik aktiviteleri içerir". Mol. Hücre. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
^ Lykke-Andersen, Jens (Aralık 2002). "Saçma sapan bozunmada hUpf proteinleriyle ilişkili bir insan dekapaj kompleksinin tanımlanması". Mol. Hücre. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. PMC 134073. PMID 12417715.
^ Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (Ağu 2003). "Saçma aracılı mRNA bozunma yolu faktörü insan upf1 (yukarı çerçeve kaydırma proteini 1) ve HeLa hücrelerinde temel anlamsız aracılı mRNA bozunma faktörleri arasındaki kompleksler". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.

daha fazla okuma

Cross SH, Charlton JA, Nan X, Bird AP (1994). "Metillenmiş DNA bağlama kolonu kullanılarak CpG adalarının saflaştırılması". Nat. Genet. 6 (3): 236–44. doi:10.1038 / ng0394-236. PMID 8012384.
Wilson KF, Fortes P, Singh US, vd. (1999). "Nükleer başlık bağlama kompleksi, büyüme faktörü reseptörüne bağlı sinyal iletiminde yeni bir hedeftir". J. Biol. Kimya. 274 (7): 4166–73. doi:10.1074 / jbc.274.7.4166. PMID 9933612.
Kim VN, Kataoka N, Dreyfuss G (2001). "Ekson-ekson bağlantı kompleksinde saçma-aracılı bozunma faktörü hUpf3'ün rolü". Bilim. 293 (5536): 1832–6. doi:10.1126 / science.1062829. PMID 11546873.
Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). "Ekson-ekson bağlantılarının pozisyonunun mRNA gözetim mekanizmasına RNPS1 proteini tarafından iletilmesi". Bilim. 293 (5536): 1836–9. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874.
Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). "Ekson bağlantı kompleksi, memeli hücrelerinde CBP80'e bağlı ancak eIF4E'ye bağlı mRNA'da tespit edilmedi: mRNP yeniden modellemesinin dinamikleri". EMBO J. 21 (13): 3536–45. doi:10.1093 / emboj / cdf345. PMC 126094. PMID 12093754.
Lykke-Andersen J (2003). "Saçma sapan bozunmada hUpf proteinleriyle ilişkili bir insan dekapaj kompleksinin tanımlanması". Mol. Hücre. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. PMC 134073. PMID 12417715.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, vd. (2003). "15.000'den fazla tam uzunlukta insan ve fare cDNA dizisinin üretimi ve ilk analizi". Proc. Natl. Acad. Sci. AMERİKA BİRLEŞİK DEVLETLERİ. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Chiu SY, Serin G, Ohara O, Maquat LE (2003). "İnsan Smg5 / 7a'nın karakterizasyonu: Upf1'in defosforilasyonunda işlev gören Caenorhabditis elegans SMG5 ve SMG7'ye benzerlik gösteren bir protein". RNA. 9 (1): 77–87. doi:10.1261 / rna.2137903. PMC 1370372. PMID 12554878.
Gehring NH, Neu-Yilik G, Schell T, vd. (2003). "Y14 ve hUpf3b, NMD'yi aktive eden bir kompleks oluşturur". Mol. Hücre. 11 (4): 939–49. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00142-4. PMID 12718880.
Schell T, Köcher T, Wilm M, vd. (2003). "Saçma aracılı mRNA bozunma yolu faktörü insan upf1 (yukarı çerçeve kaydırma proteini 1) ve HeLa hücrelerinde temel anlamsız aracılı mRNA bozunma faktörleri arasındaki kompleksler". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. PMC 1223536. PMID 12723973.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). "Memeli hücrelerinde anlamsız aracılı mRNA bozunması, kapak açma, ölüenile etme ve eksonükleolitik aktiviteleri içerir". Mol. Hücre. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID 14527413.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, vd. (2004). "21.243 tam uzunlukta insan cDNA'sının eksiksiz dizilemesi ve karakterizasyonu". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Kadlec J, Izaurralde E, Cusack S (2004). "Anlamsız aracılı mRNA bozunma faktörleri UPF2 ve UPF3 arasındaki etkileşimin yapısal temeli". Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (4): 330–7. doi:10.1038 / nsmb741. PMID 15004547.
Lehner B, Sanderson CM (2004). "İnsan mRNA bozulması için bir protein etkileşim çerçevesi". Genom Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101 / gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
Andersen JS, Lam YW, Leung AK, vd. (2005). "Nükleolar proteom dinamikleri". Doğa. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413.
Kim YK, Furic L, Desgroseillers L, Maquat LE (2005). "Memeli Staufen1, mRNA bozulmasını ortaya çıkarmak için Upf1'i belirli mRNA 3'UTR'lere toplar". Hücre. 120 (2): 195–208. doi:10.1016 / j.cell.2004.11.050. PMID 15680326.
Gehring NH, Kunz JB, Neu-Yilik G, vd. (2005). "Ekson-bağlantı kompleks bileşenleri, farklı kofaktör gereksinimleri ile anlamsız aracılı mRNA bozunmasının farklı yollarını belirtir". Mol. Hücre. 20 (1): 65–75. doi:10.1016 / j.molcel.2005.08.012. PMID 16209946.
Kunz JB, Neu-Yilik G, Hentze MW, vd. (2006). "Anlamsız aracılı mRNA bozunması ve çevirisinde hUpf3a ve hUpf3b'nin işlevleri". RNA. 12 (6): 1015–22. doi:10.1261 / rna.12506. PMC 1464862. PMID 16601204.

Bu makale bir gen insan üzerinde X kromozomu ve / veya ilişkili protein bir Taslak. Wikipedia'ya şu yolla yardım edebilirsiniz: genişletmek.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Topluluk sürümü 89: ENSG00000125351 - Topluluk, Mayıs 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Topluluk sürümü 89: ENSMUSG00000036572 - Topluluk, Mayıs 2017

[3] "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[4] "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.

[pmid11113196-5] Serin G, Gersappe A, Black JD, Aronoff R, Maquat LE (Ocak 2001). "Saccharomyces cerevisiae Upf2 proteini ve Upf3 proteinine (Caenorhabditis elegans SMG-4) insan ortologlarının tanımlanması ve karakterizasyonu". Mol Cell Biol. 21 (1): 209–23. doi:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196.

[pmid11163187-6] Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (Şubat 2001). "İnsan Upf proteinleri, bir sonlandırma kodonunun aşağı akışına bağlandıklarında anlamsız aracılı bozunma için bir mRNA'yı hedefler". Hücre. 103 (7): 1121–31. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID 11163187.

[entrez-7] "Entrez Gene: UPF3B UPF3 homolog B homologu (maya) saçma transkript düzenleyicisi".

[pmid15231747-8] Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (Temmuz 2004). "İnsan mRNA bozulması için bir protein etkileşim çerçevesi". Genom Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101 / gr.2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747.

[pmid14527413-9] Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (Eylül 2003). "Memeli hücrelerinde anlamsız aracılı mRNA bozunması, kapak açma, ölüenile etme ve eksonükleolitik aktiviteleri içerir". Mol. Hücre. 12 (3): 675–87. doi:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. ISSN 1097-2765. PMID 14527413.

[pmid12417715-10] Lykke-Andersen, Jens (Aralık 2002). "Saçma sapan bozunmada hUpf proteinleriyle ilişkili bir insan dekapaj kompleksinin tanımlanması". Mol. Hücre. Biol. 22 (23): 8114–21. doi:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. PMC 134073. PMID 12417715.

[pmid12723973-11] Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (Ağu 2003). "Saçma aracılı mRNA bozunma yolu faktörü insan upf1 (yukarı çerçeve kaydırma proteini 1) ve HeLa hücrelerinde temel anlamsız aracılı mRNA bozunma faktörleri arasındaki kompleksler". Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. doi:10.1042 / BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]