VapBC - vapBC - Wikipedia

Kristalografik bir VapC toksin PIN alanının üçüncül yapısı.

VapBC (virülans ile ilişkili proteinler B ve C), en büyük tip II ailesidir toksin-antitoksin sistemi genetik lokus içinde prokaryotlar.[1] VapBC operonlar iki genden oluşur: VapC toksik kodlar PilT N-terminali (PIN) alanı ve VapB eşleşen bir antitoksini kodlar.[2] Bu ailedeki toksinlerin performans gösterdiği düşünülüyor RNA bir zehir ve panzehire benzer bir şekilde antitoksinin birlikte ekspresyonu ile inhibe edilen bölünme.

İlk olarak 1992'de keşfedilen vapBC lokuslarının artık tüm tip II toksin-antitoksin sistemlerinin yaklaşık% 37-42'sini oluşturduğu düşünülmektedir.[3][4]

Keşif

Diğer iki tip II toksin-antitoksin sisteminin keşfinin ardından,[5][6] karakterize edilecek ilk vapBC sistemi bulundu Salmonella dublin 1992'de G19 suşu.[7] Her şeyin olmasını sağlamak için bir sistem olarak nitelendirildi. kızı hücreler vapBC lokusunu kodlayan plazmidin bir kopyasını içeriyordu. Bu plazmidik sistemin iki bileşeni orijinal olarak adlandırıldı vagC ve vagD sırasıyla toksin ve antitoksin genleri için (virülans ile ilişkili gen). VagC 12 kodlayacağı tahmin edildikDa polipeptid vagD daha küçük bir 10kDa proteini kodladı.[7] Onların açık okuma çerçeveleri tek bir nükleotid; birlikte çevrildiklerini ve sürekli olarak azı dişi oran.[8]

Dağıtım

VapBC operonları, patojenler de dahil olmak üzere uzaktan ilişkili prokaryotlarda bulunmuştur. Leptospira interrogans,[9] Tüberküloz[10] ve Piscirickettsia salmonis.[11] Lokuslar, "özellikle Archaea'da şaşırtıcı derecede bol" olarak tanımlanmıştır.[12]—VapBC aile üyeleri, bir biyoinformatik araştırmasıyla belirlenen tüm TA ailelerinin% 37'sini oluşturuyordu[3] ve başkası tarafından bulunanların% 42'si.[4]

Biyoinformatik aramalar her ikisinde de vapBC homologlarını keşfetti kromozomlar ve plazmitler ve genellikle yüksek kopya numarası hücre başına. Daha az yaygındır, ancak Firmicutes ve siyanobakteriler.[3] Yüksek sayıda vapBC lokusu içeren genomlar şunları içerir: M. tuberculosis 45 öngörülen lokus ile;[10] S.tokodaii 25 ile;[4] S. solfataricus 23 ile[4] ve Sinorhizobium meliloti 21 ile.[10]

Fonksiyon (lar)

VapC toksininin hedefleri için önerilen bir konsensüs ikincil yapısı ve birincil dizisi.[13]

VapC toksinleri, özellikle PIN alanları, ribonükleazlar bölünmede RNA moleküller, böylece çeviri oranını düşürür.[10][14] Bakterilerde Shigella flexneri ve Salmonella enterica, VapC toksinlerinin bir tRNA ancak diğer bakterilerde RNA bölünmesi daha az spesifik olabilir.[15] VapC aracılı RNaz aktivitesinin özgüllüğünün hem hedefin birincil dizisinden hem de ikincil yapısal motiflerden etkilendiği düşünülmektedir.[16]

VapC, aynı kökenli antitoksini olan VapB ile doğrudan protein etkileşimi ile güçlü bir şekilde inhibe edilir. Toksin-antitoksin kompleksinin kendi operonunu otomatik olarak düzenlediği ve her iki bileşenin transkripsiyonunu VapB'de bir DNA bağlama alanı yoluyla bastırdığı düşünülmektedir.[17]

Bazı organizmalarda, vapBC lokuslarına başka potansiyel işlevler atanmıştır. İçinde hipertermofilik arkeolojik Sulfolobus solfataricus Örneğin, bir vapBC gen kasetinin düzenlediği düşünülmektedir ısı şoku tepki.[2]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ Robson, Jennifer; McKenzie, Joanna L .; Cursons, Ray; Cook, Gregory M .; Arcus, Vickery L. (17 Temmuz 2009). "Mycobacterium smegmatis'ten vapBC Operonu, Translasyonun İnhibisyonu Yoluyla Büyümeyi Kontrol Eden Otomatik Düzenlenmiş Toksin-Antitoksin Modülüdür". Moleküler Biyoloji Dergisi. 390 (3): 353–367. doi:10.1016 / j.jmb.2009.05.006. PMID  19445953.
  2. ^ a b Cooper, CR; Daucerty, AJ; Taşcıyan, S; Blum, PH; Kelly, RM (Şubat 2009). "Sulfolobus solfataricus'un termal stres tepkisinde vapBC toksin-antitoksin lokuslarının rolü". Biyokimya Topluluğu İşlemleri. 37 (Pt 1): 123–6. doi:10.1042 / BST0370123. PMC  2919284. PMID  19143615.
  3. ^ a b c Sevin, Emeric W; Barloy-Hubler, Frédérique (1 Ocak 2007). "RASTA-Bacteria: prokaryotlarda toksin-antitoksin lokuslarını tanımlamak için web tabanlı bir araç". Genom Biyolojisi. 8 (8): R155. doi:10.1186 / gb-2007-8-8-r155. PMC  2374986. PMID  17678530.
  4. ^ a b c d Pandey, D. P .; Gerdes, K (18 Şubat 2005). "Toksin-antitoksin lokusları, serbest yaşamda oldukça bol miktarda bulunur, ancak konakçı ile ilişkili prokaryotlardan kaybolur". Nükleik Asit Araştırması. 33 (3): 966–976. doi:10.1093 / nar / gki201. PMC  549392. PMID  15718296.
  5. ^ Ogura, T; Hiraga, S (Ağustos 1983). "Konak hücre bölünmesini plazmit proliferasyonuna bağlayan Mini-F plazmid genleri". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 80 (15): 4784–8. doi:10.1073 / pnas.80.15.4784. PMC  384129. PMID  6308648.
  6. ^ Bravo, A; de Torrontegui, G; Díaz, R (Kasım 1987). "Bu plazmitin replikasyonunun kaynağına yakın olan yeni bir Rl, ParD stabilite sisteminin bileşenlerinin tanımlanması". Moleküler ve Genel Genetik: MGG. 210 (1): 101–10. doi:10.1007 / bf00337764. PMID  3323833.
  7. ^ a b Pullinger, GD; Lax, AJ (Haziran 1992). "Besinle sınırlı koşullar altında bakteriyel büyümeyi etkileyen bir Salmonella dublin virülans plazmit lokusu". Moleküler Mikrobiyoloji. 6 (12): 1631–43. doi:10.1111 / j.1365-2958.1992.tb00888.x. PMID  1495391.
  8. ^ Das, A; Yanofsky, C (1989-11-25). "Translasyonel bir stop-start örtüşmesinin restorasyonu, Escherichia coli triptofan operonunun mutant bir trpB'-trpA gen çiftinde translasyonel eşleşmeyi eski haline getirir". Nükleik Asit Araştırması. 17 (22): 9333–40. doi:10.1093 / nar / 17.22.9333. PMC  335135. PMID  2685759.
  9. ^ Zhang, YX; Li, J; Guo, XK; Wu, C; Bi, B; Ren, SX; Wu, CF; Zhao, GP (Haziran 2004). "Leptospira interrogans kromozomu tarafından kodlanan yeni bir toksin-antitoksin modülü olan VapBC'nin karakterizasyonu". Hücre Araştırması. 14 (3): 208–16. doi:10.1038 / sj.cr.7290221. PMID  15225414.
  10. ^ a b c d Arcus, V. L .; McKenzie, J. L .; Robson, J .; Cook, G.M. (29 Ekim 2010). "PIN alanı ribonükleazları ve prokaryotik VapBC toksin-antitoksin dizisi". Protein Mühendisliği Tasarımı ve Seçimi. 24 (1–2): 33–40. doi:10.1093 / protein / gzq081. PMID  21036780.
  11. ^ Gómez, FA; Cárdenas, C; Henríquez, V; Marshall, SH (Nisan 2011). "Balık patojeni Piscirickettsia salmonis'in genomundaki işlevsel bir toksin-antitoksin modülünün karakterizasyonu". FEMS Mikrobiyoloji Mektupları. 317 (1): 83–92. doi:10.1111 / j.1574-6968.2011.02218.x. PMID  21241361.
  12. ^ Gerdes, K; Christensen, SK; Løbner-Olesen, A (Mayıs 2005). "Prokaryotik toksin-antitoksin stres tepkisi lokusları". Doğa Yorumları. Mikrobiyoloji. 3 (5): 371–82. doi:10.1038 / nrmicro1147. PMID  15864262.
  13. ^ McKenzie, JL; Robson, J; Berney, M; Smith, TC; Ruthe, A; Gardner, PP; Arcus, VL; Cook, GM (Mayıs 2012). "Bir VapBC toksin-antitoksin modülü, mikobakterilerde metabolik akının posttranskripsiyonel düzenleyicisidir". Bakteriyoloji Dergisi. 194 (9): 2189–204. doi:10.1128 / jb.06790-11. PMC  3347065. PMID  22366418.
  14. ^ Van Melderen, Laurence (1 Aralık 2010). "Toksin-antitoksin sistemleri: neden bu kadar çok, ne için?". Mikrobiyolojide Güncel Görüş. 13 (6): 781–785. doi:10.1016 / j.mib.2010.10.006. PMID  21041110.
  15. ^ Winther, K. S .; Gerdes, K. (18 Nisan 2011). "Enterik virülans ile ilişkili protein VapC, başlatıcı tRNA'nın bölünmesiyle çeviriyi inhibe eder". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 108 (18): 7403–7407. doi:10.1073 / pnas.1019587108. PMC  3088637. PMID  21502523.
  16. ^ Sharrock, A.V. (2013) Mycobacterium tuberculosis'ten VapBC Toksin-Antitoksinlerin Karakterizasyonu. Yayınlanmamış Yüksek Lisans Tezi, University of Waikato, Hamilton, Yeni Zelanda http://hdl.handle.net/10289/7935
  17. ^ Miallau, L .; Faller, M .; Chiang, J .; Arbing, M .; Guo, F .; Cascio, D .; Eisenberg, D. (4 Kasım 2008). "VapBC Toksin-Antitoksin Sistemleri Ailesi Üyesinin Yapısı ve Önerilen Aktivitesi: VapBC-5 Tüberküloz". Biyolojik Kimya Dergisi. 284 (1): 276–283. doi:10.1074 / jbc.M805061200. PMC  2610494. PMID  18952600.

daha fazla okuma

Dış bağlantılar