Zamilon virofajı - Zamilon virophage
| Mimivirüse bağımlı virüs Zamilon | |
|---|---|
 | |
| İki Zamilon virofajlar (inset) ilişkili dev virüsleriyle ölçeklenecek Megavirüs [1] | |
Virüs sınıflandırması  | |
| (rütbesiz): | Virüs |
| Diyar: | Varidnaviria |
| Krallık: | Bamfordvirae |
| Şube: | Preplasmiviricota |
| Sınıf: | Maveriviricetes |
| Sipariş: | Priklausovirales |
| Aile: | Lavidaviridae |
| Cins: | Sputnikvirüs |
| Türler: | Mimivirüse bağımlı virüs Zamilon |
Mimivirüse bağımlı virüs Zamilonveya Zamilon, bir virofaj bir grup küçük DNA virüsleri bu enfekte protistler ve gerektirir yardımcı virüs tekrar etmek; onlar bir çeşit uydu virüsü.[2] 2013 yılında Tunus'ta keşfedildi, enfekte Acanthamoeba polyphaga amip Zamilon en çok benzer Sputnik keşfedilecek ilk virofaj. İsmi Arapça "komşu" için.[3] Onun küresel partikül çapı 50-60 nm'dir ve dairesel çift sarmallı DNA içerir genetik şifre 17 kb civarında olan, 20 kodlayacağı tahmin edilmektedir polipeptitler. İlgili bir tür, Zamilon 2, Kuzey Amerika'da tespit edilmiştir.
Bilinen tüm virofajlar, bölgedeki yardımcılarla ilişkilidir. dev DNA virüsü aile Mimiviridae. Zamilon, yardımcı virüs yelpazesi açısından sınırlandırılmıştır; virüsler tarafından desteklenebilir Mimivirüs -sevmek Mimiviridae B ve C soyları, ancak A soyundan değil. Bu, yardımcı virüsün ilkel bağışıklık sisteminin bir sonucu gibi görünmektedir. MIMIVIRE (mimivirüs virofaj direnç elemanı), benzer şekilde CRISPR-Cas patika.[4] Sputnik virofajından farklı olarak Zamilon, yardımcı virüsünün kopyalanmasına zarar vermiyor gibi görünüyor.
Zamilon, 2013 yılında Acanthamoeba polyphaga amip ile birlikte enfekte dev virüs Mont1, Tunus toprak örneğinden izole edilmiştir.[2][3][5] 2015 itibariyle Zamilon üç virofajlar fiziksel olarak izole edilmiş, diğerleri Sputnik ve Mavirüs; birkaç başka virofaj DNA'sı kullanılarak keşfedilmiştir metagenomik ancak fiziksel olarak karakterize edilmemiştir.[2][6] Zamilon 2 adlı ilgili bir tür, bir Kuzey Amerikalı'nın metagenomik analizi ile keşfedildi. kavak tahta kıymığı biyoreaktör 2015 yılında.[7] Başka bir virofaj, Rio Negro, Sputnik ile de yakından ilgilidir.[2]
Taksonomi
Zamilon virofajı, Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi türlere Mimivirüse bağımlı virüs Zamilon cins içinde Sputnikvirüs ailede Lavidaviridae.[2]
Viroloji
Bir Zamilon virionu küresel 50-60 nm çapında olup, görünüş olarak Sputnik ve Mavirus'unkilere benzer.[3] Dairesel çift sarmallı DNA'sı genetik şifre 17.276baz çiftleri uzunluğunda.[2][3] Virofajlar tipik olarak çapı 40–80 nm aralığında, genomları 17–30 kb aralığında olan partiküllere sahiptir.[2] Zamilon ile en yakından ilişkili virofaj, Zamilon dizisinin bir kısmı Sputnik ile karşılaştırıldığında tersine dönmesine rağmen,% 76 sekans özdeşliğini paylaştığı Sputnik'tir.[2][3] Zamilon'un DNA'sı zengindir adenin ve timin bazlar; guanin ve sitozin bazlarının oranı % 29.7.[3]
Okuma çerçevelerini aç
Zamilon genomunun 20 tane içerdiği tahmin edilmektedir. açık okuma çerçeveleri (ORF'ler), uzunlukları 222 baz ile 2337 baz arasındadır. Tahmin edilen 20 üründen 15'i Sputnik'inkilere benzer ve üçü de benzer Mimiviridae: ikiden Megavirus chilensis ve bir diğeri için Transpoviron nın-nin Moumouvirus monve. Bir Zamilon ORF ek olarak bazı benzerlikler gösterir Mavirüs ve diğeri Organik Göl virofajı ve bir Phaeocystis globosa her ikisi de ilişkili olan virofaj yosun amip yerine. Kalan iki tahmin edilen ürün, bilinen diğer proteinlerle sınırlı benzerlik gösterir. Ürünlerin varsayılan işlevleri şunları içerir: transpozaz, helikaz, bütünleştirmek, sistein proteaz, DNA primazı –polimeraz ve DNA paketleme ATPase enzimler, majör ve minör kapsid proteinler, yapısal bir protein ve bir kolajen protein benzeri.[3] ORF6, bir çift "oranına sahip olan Sputnik majör kapsid proteinine çok benzer.jöle rulo "katla.[3][8]
| ORF[a] | Öngörülen boyut (amino asitler) | İlgili ürün | Benzerlik (%) | Öngörülen işlev |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 111 | Yok | – | – |
| 2 | 73 | Yok | – | – |
| 3 | 135 | Megavirus chilensis mg3 gen ürünü | 67 | – |
| 4 | 221 | Sputnik virophage 2 varsayılan IS3 familyası transposaz A proteini | 40 | varsayılan transpozaz |
| 5 | 376 | Sputnik virofaj 2 minör virion proteini | 66 | minör viryon proteini |
| 6 | 609 | Sputnik virofaj kapsid proteini V20 | 86 | kapsid proteini |
| 7 | 442 | Sputnik virofaj V21 | 70 | – |
| 8 | 81 | Moumouvirus monve varsayımsal protein tv_L8 | 72 | – |
| 9 | 778 | Sputnik virofaj V13 | 67 | varsayılan helikaz |
| 10 | 168 | Sputnik virofajı V11 | 53 | – |
| 11 | 247 | Sputnik virofaj V10 | 58 | varsayılan integral |
| 12 | 175 | Sputnik virofaj V9 | 77 | – |
| 13 | 184 | Sputnik virofajı V8 | 71 | yapısal protein |
| 14 | 241 | Sputnik virofaj V7 | 80 | – |
| 15 | 305 | Sputnik virofaj V6 | 75 | kolajen benzeri protein |
| 16 | 121 | Sputnik virofaj V5 | 59 | – |
| 17 | 133 | Sputnik virofaj V4 | 55 | – |
| 18 | 245 | Sputnik virophage V3 | 81 | DNA paketleme ATPase |
| 19 | 147 | Megavirus chilensis mg664 gen ürünü | 50 | – |
| 20 | 147 | Sputnik virofajı V1 | 60 | – |
Yaşam döngüsü ve yardımcı virüs
Diğer tüm virofajlar gibi, Zamilon da sitoplazma, içinde virüs fabrikası ev sahibi olarak hareket eden yardımcısının.[3] Zamilon ilk olarak Mont1, bir Mimivirüs-sevmek Mimiviridae C soyunda polimeraz B gen dizisi ile sınıflandırılmıştır. Virofajın daha sonra aşağıdakilerle bağlantılı olarak çoğalabildiği gösterilmiştir. Moumouvirus ve Monve, iki Mimiviridae B soyundan olduğu gibi Terra1 ve Courdo11 C soyundan; ancak, ikisiyle ilişkili olarak çoğaltılamaz Mimivirüs veya Mamavirüs, soy A olarak sınıflandırılmıştır.[3][9] Bu, Sputnik'ten farklıdır ve herhangi bir Mimivirüsbenzeri üye Mimiviridae.[3]
Zamilon, yardımcı virüsünün önemli ölçüde çoğalma yeteneğini engellemiyor gibi görünmüyor. Lyse ev sahibi amip hücreleri. Yardımcı virüs yüksek oranda anormal Virionlar Zamilon varlığında, bunlar aynı zamanda virofajın yokluğunda da karşılaştırılabilir bir seviyede gözlemlendi.[3] Bu yine yardımcı virüsün bulaşıcılığını azaltan, amipin parçalanmasını engelleyen ve artan oranda anormal oranların oluşmasıyla ilişkilendirilen Sputnik'ten farklıdır. Mimiviridae virionlar.[2][3] Hem Sputnik hem de Zamilon'u izole eden Bernard La Scola ve meslektaşları, doğrulanırsa, bunun yardımcı virüs üzerinde zararlı bir etkiye sahip olması bakımından diğer uydu virüslerinin çoğundan farklı olduğu düşünülen "virofaj kavramını sorgulayacağını" belirtmektedir. .[3]
Elektron mikrografı bir virüs fabrikası içinde amip ile birlikte enfekte Mimivirüse bağımlı virüs Zamilon (küçük parçacıklar) ve Mont1. Oklar anormal Mont1 parçacıkları gösteriyor (ölçek çubuğu: 0,1 μm)
Zamilon ve Mont1 ile ko-enfekte bir amipte virüs fabrikasının elektron mikrografı (ölçek çubuğu: 0,1 μm)
Referanslar
- ^ Duponchel, S. ve Fischer, M.G. (2019) "Viva lavidaviruses! Dev DNA virüslerini parazite eden virofajların beş özelliği". PLoS patojenleri, 15(3). doi:10.1371 / journal.ppat.1007592.
Materyal, bir altında bulunan bu kaynaktan kopyalandı. Creative Commons Attribution 4.0 Uluslararası Lisansı. - ^ a b c d e f g h ben Krupovic M, Kuhn JH, Fischer MG (2016), "Virofajlar ve uydu virüsleri için bir sınıflandırma sistemi", Viroloji Arşivleri, 161 (1): 233–47, doi:10.1007 / s00705-015-2622-9, PMID 26446887
- ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö Gaia M, Benamar S, Boughalmi M, Pagnier I, Croce O, Colson P, Raoult D, La Scola B (2014), "Zamilon, Mimiviridae Ana Bilgisayar Özgünlüğü ", PLOS One, 9 (4): e94923, doi:10.1371 / journal.pone.0094923, PMC 3991649, PMID 24747414
- ^ Levasseur A, Bekliz M, Chabrière E, Pontarotti P, La Scola B & Raoult D (2016), "MIMIVIRE, virofajlara direnç kazandıran mimivirüste bir savunma sistemidir", Doğa, 531 (7593): 249–252, doi:10.1038 / nature17146, PMID 26934229CS1 Maint: yazar parametresini kullanır (bağlantı)
- ^ Boughalmi M, Saadi H, Pagnier I, Colson P, Fournous G, Raoult D, La Scola B (2013), "Tunus ortamında Mimiviridae ve Marseilleviridae ailelerinin dev virüslerinin yüksek verimli izolasyonu", Çevresel Mikrobiyoloji, 15 (7): 2000–7, doi:10.1111/1462-2920.12068, PMID 23298151
- ^ Yutin N, Kapitonov VV, Koonin EV (2015), "Bir hayvan bağırsağı metagenomundan yeni bir hibrit virofaj ailesi", Biyoloji Doğrudan, 10: 19, doi:10.1186 / s13062-015-0054-9, PMC 4409740, PMID 25909276
- ^ Bekliz M, Verneau J, Benamar S, Raoult D, La Scola B, Colson P (2015), "Bir Biyoreaktör Metagenomundan Birleştirilmiş Yeni Zamilon Benzeri Virofaj Kısmi Genomu", Mikrobiyolojide Sınırlar, 6: 1308, doi:10.3389 / fmicb.2015.01308, PMC 4661282, PMID 26640459CS1 Maint: yazar parametresini kullanır (bağlantı)
- ^ Zhang X, Sun S, Xiang Y, Wong J, Klose T, Raoult D, Rossmann MG (2012), "3.5 Å çözünürlükte bir virofaj olan Sputnik'in yapısı", Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, 109 (45): 18431–36, doi:10.1073 / pnas.1211702109, PMC 3494952, PMID 23091035
- ^ Aherfia S, La Scola B, Pagniera I, Raoult D, Colson P (2014), "Genişleyen aile Marseilleviridae", Viroloji, 466–467: 27–37, doi:10.1016 / j.virol.2014.07.014, PMID 25104553
Materyal, bir altında bulunan bu kaynaktan kopyalandı. 