Nükleocytoviricota - Nucleocytoviricota

Nükleocytoviricota
Virüs sınıflandırması e
(rütbesiz):Virüs
Diyar:Varidnaviria
Krallık:Bamfordvirae
Şube:Nükleocytoviricota
Sınıflar

Metni gör

Eş anlamlı

Megavirales[1]

Nükleocytoviricota bir filum virüsler.[2] Filumun üyeleri aynı zamanda nükleositoplazmik büyük DNA virüsleri (NCLDV), sonek ile birlikte phlyum adının temeli olarak hizmet eder -Viricota virüs filumu için. Bu virüsler nükleositoplazmik olarak adlandırılır çünkü genellikle her iki konağın içinde çoğalabilirler. hücre çekirdeği ve sitoplazma.[3]

Filum, içerdiği için dikkate değerdir. dev virüsler.[4][1] Hepsi belirli genomik ve yapısal özellikleri paylaşan dokuz NCLDV ailesi vardır; ancak, bu grubun farklı ailelerinin benzerliklerinin ortak bir viral ataya sahip olup olmadığı belirsizdir.[5] Bu grubun bir özelliği büyük genetik şifre ve birçoklarının varlığı genler dahil DNA onarımı, DNA kopyalama, transkripsiyon, ve tercüme. Tipik olarak, daha küçük genomlara sahip virüsler, bu işlemler için genler içermez. Bu ailedeki virüslerin çoğu aynı zamanda her iki ev sahibinde de çoğalır. çekirdek ve sitoplazma, dolayısıyla nükleositoplazmik adı.

Şu anda tanınan 47 NCLDV çekirdek geni vardır. Bunlar, DNA replikasyonu ve onarımında yer alan dört anahtar proteini içerir: enzimler DNA polimeraz B ailesi topoizomeraz II A, KAPAK endonükleaz ve işleme faktörü çoğalan hücre nükleer antijeni. Diğer proteinler arasında DNA'ya bağımlı RNA polimeraz II ve transkripsiyon faktörü II B.

Taksonomi

Bu makalede bahsedilen aileleri içeren emirlerin altında aşağıdaki sınıflar tanınır:

Tanınmayan aileler parantez içine alınır ve en olası konuma yerleştirilir.

Örnekler

Ascoviridae

Ailenin üyeleri Ascoviridae farklı şekillerde gelir. Bazıları çubuk şeklinde olabilirken diğerleri oval olabilir. 130 nm genişliğe ve 400 nm uzunluğa kadar ölçerler. Bu virüsler, yaklaşık 100-200 kilobaz çifti uzunluğunda dairesel çift sarmallı DNA'ya sahiptir. Lepidopteran böcek larvalarını enfekte ederler ve parazitoid eşekarısı yoluyla enfekte edebilirler. Enfekte olduklarında çoğalırlar ve böcek zararlılarında ölüme neden olurlar. Bu, böcek popülasyonlarını kontrol etmelerine izin verir.[6] Ascoviridae, genomunda 180'e kadar gene sahip olabilir. Bu virüsün replikasyonu, konakçı hücrenin çekirdeğinde gerçekleşir. Çoğaldığında, çekirdeğin boyutunun artmasına ve sonunda patlamasına neden olur. Daha sonra virion oluşmaya ve yayılmaya başlar.[7]

Asfarviridae

Ailenin bir üyesi Asfarviridae asfarvirüs olarak bilinir. Bu virüs, Afrika domuz ateşinin sebebidir. Bu gribin semptomlarından bazıları ateş, yüksek nabız, hızlı nefes almayı içerir ve ölüme neden olabilir. Bu semptomlar domuz kolerasından olanlara benzer olabilir, fark Afrika domuz gribinin tedavi edilememesidir. Bu virüsle savaşmak için geliştirilmiş bir aşı yoktur.[8]

Iridoviridae

Iridoviridae 220 kilobaz uzunluğa kadar doğrusal çift sarmallı DNA genomlarına sahiptir ve yaklaşık 211 proteini kodlayabilir. Bu virionun kapsidi ikosahedral şekillidir ve 350 nm genişliğe kadar olabilir. Bu virüsün replikasyon döngüsü, konağın çekirdeğinde başlar ve sitoplazmada sona erer. Bu ailenin bazı virüsleri genellikle amfibileri enfekte ederken, diğerleri böcek ve kabuklularda bulunur.[9]

Marseilleviridae

Marseilleviridae virüsler, yaklaşık 372 kilobaz uzunluğunda çift sarmallı DNA genomlarına sahiptir. Ailenin üyeleri yaklaşık 457 açık okuma çerçeveleri (ORF'ler) genomunda. Konakçı organizmalar amip. Enfekte olduktan sonra, sitoplazmada viral replikasyon gerçekleşir.[kaynak belirtilmeli ] Ailenin genomunun Marseilleviridae yaklaşık 28 farklı proteini kodlar.[10] Marsilya virüsünün kapsidi, bir ikosahedral geometri şekline sahip yaklaşık 250 nm genişliğindedir. Bu virüsün replikasyonu, genellikle amipi enfekte ettiğinde çekirdeğin yakınında meydana gelir. Virüs bulaştığında, konakçının çekirdeğinde bir şekil değişikliğine neden olabilir.[11]

Mimiviridae

Megaviridae şimdiye kadar keşfedilmiş en büyük virüslerden bazılarını içerir. Bazı küçük bakterilerden daha büyük olan 1.259.197 baz çifti uzunluğunda doğrusal çift sarmallı DNA genomlarına sahiptirler. Bu genomda 1.100 protein kodlanmıştır. Baz çiftlerinin% 74.76'sı timin ve adenin ile temsil edilir. Megaviridae virüs, acanthamoeba veya diğer protozoan kuşaklarını enfekte ederken bulunabilir. Virüs konakçıya bulaştığında, replikasyon döngüsü sitoplazmada gerçekleşir. Genom içinde DNA onarım enzimleri bulunabilir. Bunlar, iyonlaştırıcı radyasyona veya UV ışığına maruz kaldığında olduğu gibi DNA zarar gördüğünde kullanılır.[12]

Geleneksel olarak bu virüsler bir aile içinde gruplanmıştır Mimiviridae. Daha sonra ortaya çıkan virüslerin Organik Göl Phycodna Grubu (OLPG) Mimivirüslerle daha çok Phycodnavirüsler. Bu nedenle, bunların yeni alt aile olarak eski Mimiviridae'ye eklenmesi önerilmiştir. Mesomimivirinae daha kapsamlı aileyi oluşturmak için Megaviridae. Ancak terim Mimiviridae bugünlerde kullanılıyor sensu lato ile eşanlamlı Megaviridae.[13][14][15][16][17][18]

Pandoraviridae

Pandoraviridae 2013 yılında Şili'de bir kıyı suyu örneğinden keşfedildi. Çoğunlukla amipleri enfekte ederken bulunur. Boyu 1 mikrometre uzunluğunda ve .5 mikrometre genişliğindedir. Genomu 2,5 milyon baz çifti uzunluğunda olabilir.[19] Bu virüsün replikasyonu sitoplazmada gerçekleşir. Diğer dev virüsler gibi, konağın çekirdeğini etkiler ve bulaşmaya başlaması 15 saate kadar sürebilir.[20] Suda bulunmasına rağmen insanları etkilemez, aslında su ortamlarında oksijen üretimini artırarak bize yardımcı olabilir.[21] 

Phycodnaviridae

Phycodnaviridae çift ​​sarmallı bir DNA molekülü ile ikosahedral şekillidir. Bu ailenin bazı üyeleri doğrusal bir çift sarmallı DNA'ya sahipken diğerleri dairesel bir çift sarmallı DNA'ya sahip olabilir. Genomun 560 kilobaza kadar uzunluğa sahip olduğu bulunmuştur. DNA'nın% 50'ye kadarı guanin veya sitozin ile temsil edilebilir. Bu virüsün algleri etkilediği biliniyor, bu da okyanusta bulunduğu anlamına geliyor.[22]

Pithoviridae

Pithoviridae sadece iki bilinen temsilcisi var. Bu virüsler amipleri enfekte eder ve düşük sıcaklıklarda hayatta kalabilir. Yıllarca bu virüsün donduğuna inanılıyordu, ancak iklim değişikliği nedeniyle tekrar ortaya çıkmaya başladı.[23] Bu, boyutu 610 kilobaz uzunluğunda olan çift sarmallı bir DNA virüsüdür. Genomun 476 açık okuma çerçevesi kodladığı tahmin ediliyor. Viron, 1.100 nm uzunluğunda ve 500 nm çapında çubuk şeklindedir.[24]

Poxviridae

Poxviridae 230 kilobaza kadar uzunluğa sahip olabilen doğrusal çift sarmallı bir DNA molekülüne sahip. Bu virüslerin replikasyonu sitoplazmada gerçekleşir. Çiçek hastalığı, sığır çiçeği, ve diğeri çiçek virüsleri bu aileye ait.[25] 

Mininucleoviridae

Yeni bir aile önerildi - Mininucleoviridae - kabuklularda çoğalan büyük bir virüs ailesi için.[26] Önerilen bu ailenin üyeleri şunları içerir: Carcinus maenas virüsü 1, Dikerogammarus haemobaphes virüsü 1 ve Panulirüs argus virüsü 1.

Sınıflandırılmamış taksonlar

Filogenetik

Genel fikir birliği şudur: Iridoviridae –Ascoviridae bir sınıfta yakından ilişkili kardeş taksonlardır. Pithovirüs, Iridoviridae –Ascoviridae ve Marsilya virüsü bir PIM veya MAPI sınıfı oluşturun (Pimascovirales[2]) korunmuş proteinlerden yapılan ağaçlarda.[26] PIM / MAPI'ye bağlı olan kardeş, Algavirales[2] (Phycodnaviridae, Pandoraviridae) ve muhtemelen Imitervirales[2]/Mimiviridae (Bundan sonra "P2").[32] Poxviridae sürekli olarak bir bazal dal olarak kabul edilir. Asfarviridae ya kardeş grup Poxviridae (birlikte inşa etmek Pokkesviricetes )[2] veya P2 sınıfının bir üyesi.[33] ICTV sınıflandırması, 2019 itibariyle ağacın genel şekline uygundur.

NCLDV'lerin orijini, ökaryotik konakçılarınınkinden önce gelebilir. RNA polimeraz yapılar.[33]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b Colson P, De Lamballerie X, Yutin N, Asgari S, Bigot Y, Bideshi DK, Cheng XW, Federici BA, Van Etten JL, Koonin EV, La Scola B, Raoult D (2013). ""Megavirales ", ökaryotik nükleositoplazmik büyük DNA virüsleri için önerilen yeni bir sıra". Viroloji Arşivleri. 158 (12): 2517–21. doi:10.1007 / s00705-013-1768-6. PMC  4066373. PMID  23812617.
  2. ^ a b c d e "Virüs Taksonomisi: 2019 Sürümü". talk.ictvonline.org. Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi. Alındı 25 Nisan 2020.
  3. ^ Koonin EV, Dolja VV, Krupovic M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH (Ekim 2019). "Dikey jöle rulo tipi ana kapsid proteinlerini kodlayan DNA virüsleri için tüm temel taksonomik sıraları dolduran bir megateksonomik çerçeve oluşturun". ICTV Önerisi (Taxoprop): 2019.003G. doi:10.13140 / RG.2.2.14886.47684.
  4. ^ Colson P, de Lamballerie X, Fournous G, Raoult D (2012). "Yeni Megavirales düzeninde yaşamın dördüncü alanını oluşturan dev virüslerin yeniden sınıflandırılması". İnterviroloji. 55 (5): 321–332. doi:10.1159/000336562. PMID  22508375.
  5. ^ Iyer, L. M .; Aravind, L .; Koonin, E.V. (Aralık 2001). "Büyük Ökaryotik DNA Virüslerinin Dört Farklı Ailesinin Ortak Kökeni". Journal of Virology. 75 (23): 11720–34. doi:10.1128 / JVI.75.23.11720-11734.2001. PMC  114758. PMID  11689653.
  6. ^ "Ascoviridae — Ascoviridae — dsDNA Virüsleri — Virüslerin Taksonomisi Uluslararası Komitesi (ICTV)". Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV). Alındı 2017-12-07.
  7. ^ Asgari, Sassan; Bideshi, Dennis K; Bigot, Yves; Federici, Brian A; Cheng, Xiao-Wen (2017). "ICTV Virüs Taksonomisi Profili: Ascoviridae". Genel Viroloji Dergisi. 98 (1): 4–5. doi:10.1099 / jgv.0.000677. ISSN  0022-1317. PMC  5370392. PMID  28218573.
  8. ^ "Afrika domuz ateşi (ASF) | hayvan hastalığı". britanika Ansiklopedisi. Alındı 2017-12-07.
  9. ^ "Iridoviridae — Iridoviridae — dsDNA Virüsleri — Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV)". Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV). Alındı 2017-12-07.
  10. ^ Boyer, Mickaël; Yutin, Natalya; Pagnier, Isabelle; Barrassi, Lina; Korkunç, Ghislain; Espinosa, Leon; Robert, Catherine; Azza, Saïd; Güneş, Siyang (2009-12-22). "Dev Marsilya virüsü, kimerik mikroorganizmaların ortaya çıkmasında bir eritme potası olarak amiplerin rolüne dikkat çekiyor". Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri. 106 (51): 21848–21853. Bibcode:2009PNAS..10621848B. doi:10.1073 / pnas.0911354106. ISSN  0027-8424. PMC  2799887. PMID  20007369.
  11. ^ Aherfi, Sarah (2014-10-01). "Genişleyen Marseilleviridae ailesi". Viroloji. 466–467: 27–37. doi:10.1016 / j.virol.2014.07.014. ISSN  0042-6822. PMID  25104553.
  12. ^ Arslan, Defne; Legendre, Matthieu; Seltzer, Virginie; Abergel, Chantal; Claverie, Jean-Michel (2011-10-18). "Daha büyük bir genoma sahip uzak Mimivirüs, Megaviridae'nin temel özelliklerini vurgular". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 108 (42): 17486–17491. Bibcode:2011PNAS..10817486A. doi:10.1073 / pnas.1110889108. ISSN  0027-8424. PMC  3198346. PMID  21987820.
  13. ^ Schulz, Frederik; Yutin, Natalya; Ivanova, Natalia N .; Ortega, Davi R .; Lee, Tae Kwon; Vierheilig, Julia; Daims, Holger; Boynuz, Matthias; Wagner, Michael (2017/04/07). "Çeviri sistemi bileşenlerinin genişletilmiş tamamlayıcısı olan dev virüsler" (PDF). Bilim. 356 (6333): 82–85. Bibcode:2017Sci ... 356 ... 82S. doi:10.1126 / science.aal4657. ISSN  0036-8075. PMID  28386012. S2CID  206655792., UCPMS Kimliği: 1889607, PDF
  14. ^ Koonin, EV; Krupovic, M; Yutin, N (2015). "Ökaryotların çift sarmallı DNA virüslerinin evrimi: bakteriyofajlardan transpozonlara ve dev virüslere". New York Bilimler Akademisi Yıllıkları. 1341 (1): 10–24. Bibcode:2015NYASA1341 ... 10K. doi:10.1111 / nyas.12728. PMC  4405056. PMID  25727355. Figür 3
  15. ^ Yutin, Natalya; et al. (2013). "Mimiviridae: ortolog gen kümeleri, gen repertuar evriminin yeniden inşası ve dev virüs ailesinin önerilen genişlemesi". Viroloji Dergisi. 10: 106. doi:10.1186 / 1743-422X-10-106. PMC  3620924. PMID  23557328.
  16. ^ Carolina Reyes, Kenneth Stedman'ın Blogu: Phaeocystis globosa virüsleri (OLPG) ve Organic Lake phycodnavirus, Phycodnaviridae veya Mimiviridae'nin bir parçası mı?, ResearchGate, 8 Ocak 2016
  17. ^ Maruyama, Fumito; Shoko (2016). "Büyük DNA Virüslerinin Evrimi ve Filogenisi, Mimiviridae ve Phycodnaviridae Yeni Karakterize Edilmiş Dahil Heterosigma akashiwo Virüs". Mikrobiyolojide Sınırlar. 7: 1942. doi:10.3389 / fmicb.2016.01942. PMC  5127864. PMID  27965659.
  18. ^ Zhang, W; Zhou, J; Liu, T; Yu, Y; Pan, Y; Yan, S; Wang, Y (2015). "Yellowstone Gölü metagenomlarından keşfedilen dört yeni alg virüsü genomu". Bilimsel Raporlar. 5: 15131. Bibcode:2015NatSR ... 515131Z. doi:10.1038 / srep15131. PMC  4602308. PMID  26459929. Şekil 6
  19. ^ Yong, Ed (2013). "Dev virüsler Pandora'nın kutusunu açar". Doğa. doi:10.1038 / doğa.2013.13410. S2CID  88440241.
  20. ^ Aherfi, Sarah; Colson, Philippe; La Scola, Bernard; Raoult, Didier (2016-03-22). "Dev Amip Virüsleri: Bir Güncelleme". Mikrobiyolojide Sınırlar. 7: 349. doi:10.3389 / fmicb.2016.00349. ISSN  1664-302X. PMC  4801854. PMID  27047465.
  21. ^ "Bulunan En Büyük Virüs, Yaşamın Dördüncü Alanı Olabilir mi?". 2013-07-19. Alındı 2017-12-07.
  22. ^ Wilson, W. H .; Van Etten, J. L .; Allen, M.J. (2009). Phycodnaviridae: Küçük Devlerin Dünyayı Nasıl Yönettiğinin Hikayesi. Mikrobiyoloji ve İmmünolojide Güncel Konular. 328. s. 1–42. doi:10.1007/978-3-540-68618-7_1. ISBN  978-3-540-68617-0. ISSN  0070-217X. PMC  2908299. PMID  19216434.
  23. ^ Ornes Stephen (2017-07-31). "Dev zombi virüsünün dönüşü". Öğrenciler için Bilim Haberleri. Alındı 2017-12-07.
  24. ^ "Pithovirus". viralzone.expasy.org. Alındı 2017-12-07.
  25. ^ Moss, Bernard (2013). "Poxvirus DNA Replikasyonu". Biyolojide Cold Spring Harbor Perspektifleri. 5 (9): a010199. doi:10.1101 / cshperspect.a010199. ISSN  1943-0264. PMC  3753712. PMID  23838441.
  26. ^ a b Subramaniam, K (14 Ocak 2020). "Çeşitli Su Biyomlarından Kabuklularda Hastalığa Neden Olan Yeni Bir DNA Virüsü Ailesi". mBio. 11 (1). doi:10.1128 / mBio.02938-19. PMC  6960288. PMID  31937645.
  27. ^ Needham, David M .; Yoshizawa, Susumu; Hosaka, Toshiaki; Poirier, Camille; Choi, Chang Jae; Hehenberger, Elisabeth; Irwin, Nicholas A. T .; Wilken, Susanne; Yung, Cheuk-Man; Bachy, Charles; Kurihara, Rika; Nakajima, Yu; Kojima, Keiichi; Kimura-Someya, Tomomi; Leonard, Guy; Malmstrom, Rex R .; Mende, Daniel R .; Olson, Daniel K .; Sudo, Yuki; Sudek, Sebastian; Richards, Thomas A .; DeLong, Edward F .; Keeling, Patrick J .; Santoro, Alyson E .; Shirouzu, Mikako; Iwasaki, Wataru; Worden, Alexandra Z. (8 Ekim 2019). "Dev virüslerin belirgin bir soy grubu, tek hücreli deniz avcılarına bir rodopsin fotosistemi getiriyor". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 116 (41): 20574–20583. Bibcode:2019PNAS..11620574N. doi:10.1073 / pnas.1907517116. PMC  6789865. PMID  31548428.
  28. ^ https://www.hilarispublisher.com/abstract/serendipitous-discovery-in-a-marine-invertcrib-phylum-chaetognatha-of-the-longest-giant-viruses-reported-to-date-24968.html. Alıntı dergisi gerektirir | günlük = (Yardım); Eksik veya boş | title = (Yardım)
  29. ^ Yoshikawa, Genki; Blanc-Mathieu, Romain; Song, Chihong; Kayama, Yoko; Mochizuki, Tomohiro; Murata, Kazuyoshi; Ogata, Hiroyuki; Takemura, Masaharu (2019). "Medusavirüs, kaplıca suyundan keşfedilen yeni bir büyük DNA virüsü". Journal of Virology. 93 (8). doi:10.1128 / JVI.02130-18. PMC  6450098. PMID  30728258.
  30. ^ Andreani, Julien; Khalil, Jacques Y. B .; Baptiste, Emeline; Hasni, İssam; Michelle, Caroline; Raoult, Didier; Levasseur, Anthony; La Scola, Bernard (22 Ocak 2018). "Orpheovirus IHUMI-LCC2: Dev Virüsler Arasında Yeni Bir Virüs". Mikrobiyolojide Sınırlar. 8: 2643. doi:10.3389 / fmicb.2017.02643. PMC  5786535. PMID  29403444.
  31. ^ . doi:10.1002 / görüntüleme.6224 (etkin olmayan 2020-11-10) https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/imaging.6224/full/. Alıntı dergisi gerektirir | günlük = (Yardım); Eksik veya boş | title = (Yardım)CS1 Maint: DOI Kasım 2020 itibariyle aktif değil (bağlantı)
  32. ^ Bäckström D, Yutin N, Jørgensen SL, Dharamshi J, Homa F, Zaremba-Niedwiedzka K, Spang A, Wolf YI, Koonin EV, Ettema TJ (2019). "Derin deniz çökeltilerinden gelen virüs genomları okyanus megaviromunu genişletir ve viral devliğin bağımsız kökenlerini destekler". mBio. 10 (2): e02497-18. doi:10.1128 / mBio.02497-18. PMC  6401483. PMID  30837339.PDF
  33. ^ a b Guglielmini, Julien; Woo, Anthony C .; Krupovic, Mart; Forterre, Patrick; Gaia, Morgan (2019-09-10). "Dev ve büyük ökaryotik dsDNA virüslerinin çeşitlendirilmesi, modern ökaryotların kökeninden önce geldi". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 116 (39): 19585–19592. doi:10.1073 / pnas.1912006116. ISSN  0027-8424. PMC  6765235. PMID  31506349.

Dış bağlantılar