Caulimoviridae - Caulimoviridae

Caulimoviridae
Virüs sınıflandırması e
(rütbesiz):Virüs
Diyar:Riboviria
Krallık:Pararnavirae
Şube:Artverviricota
Sınıf:Revtraviricetes
Sipariş:Ortervirales
Aile:Caulimoviridae

Caulimoviridae bir aile virüsler enfekte bitkiler. Şu anda bu ailede 10 cinse bölünmüş 85 tür vardır.[1]Virüsler aileye ait Caulimoviridae çift ​​sarmallı DNA (dsDNA) ters transkripsiyon virüsleri (veya pararetrovirüsler), yani replikasyon döngülerinde bir ters transkripsiyon aşaması içeren virüsler olarak adlandırılır. Bu aile hepsini içerir bitki virüsleri yaşam döngüsünde ters transkripsiyon aşamasına sahip bir dsDNA genomu ile.

Taksonomi

Aşağıdaki cinsler tanınır:

Virüs parçacık yapısı

Bu ailenin tüm virüsleri zarfsızdır. Virüs parçacıkları ya basil biçimindedir ya da izometriktir. Virüs yapısına dahil edilen nükleokapsid türü, viral partiküllerin boyutunu belirler. Basilliform partiküller yaklaşık olarak 35–50 nm çapında ve 900 nm uzunluğundadır. İzometrik parçacıklar ortalama 45–50 nm çapındadır ve ikosahedral simetri gösterirler.

Genom yapısı ve replikasyonu

Genomik haritası CaMV, bu ailenin iyi çalışılmış bir üyesi. ORF'ler: 1 — Hareket Proteini, 2 — Yaprak biti iletim faktörü, 3 — Virion ile ilişkili protein, 4 — gag-Capsid, 5 — pro / pol-A3 Proteaz ve RT / RNase H, 6 — Transaktivatör / viroplazmin. MP, CP, PRO, POL bu ailede yaygındır. Düzenleme değişir.

Bu aileden virüslerin genomları, belirli yerlerde her iki genom dizisinde süreksizliklerle birlikte 7.2–9.3 kbp'lik tek parçalı, kovalent olmayan şekilde kapalı dairesel dsDNA içerir. Bu genomlar, aşağıda görüldüğü gibi bir açık okuma çerçevesi (ORF) içerir. petuvirüsler gibi sekiz ORF'ye soymovirüsler. Viral genomlar tarafından kodlanan proteinler şunları içerir: ters transkriptaz -ribonükleaz H, aspartik proteazlar, nükleokapsidler ve transaktivatörler - henüz belirli bir işlevi atanmamış replikasyon için gerekli olan başka proteinler de vardır.

CinsYapısıSimetriCapsidGenomik düzenlemeGenomik segmentasyon
RosadnavirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
CavemovirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
PetuvirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
CaulimovirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
SoymovirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
BadnavirüsBasilliformT = 3ZarfsızSirkülerMonopartit
SolendovirüsIcosahedralT = 7ZarfsızSirkülerMonopartit
TungrovirüsBasilliformT = 3ZarfsızSirkülerMonopartit

Replikasyon, hem sitoplazmada hem de konakçı hücrelerin çekirdeğinde gerçekleşir. İlk olarak, viral genom sitoplazmaya girer. Viral DNA, konakçı çekirdeğe girdikten sonra süper sargılı mini kromozom yapıları oluşturur ve burada poliadenile edilmiş RNA ki bu terminal olarak fazladır (DNA'nın bazı kısımları için iki kez meydana gelen transkripsiyon nedeniyle). Yeni kopyalanmış RNA, sitoplazmaya girer ve burada viral proteinlere çevrilir veya viral tarafından dsDNA viral genomunun yeni kopyalarına yeniden dönüştürülür. ters transkriptaz. Yeni dsDNA genomları sitoplazmada kapsüllenir ve serbest bırakılır.

Çoğaltma işlemi, bir retro transkripsiyon aşamasını ve bir RNA ara maddesini içerir, bu nedenle aileden virüsler Caulimoviridae doğru sayılmaz dsDNA virüsleri - bunun yerine DNA ters transkripsiyon virüsleri olarak adlandırılırlar. Bu özelliği paylaşıyorlar retrovirüsler. Ancak retrovirüslerden farklı olarak aileden gelen virüsler Caulimoviridae çoğalmak için viral genomun konakçılarının genomuna entegrasyonunu gerektirmez ve bu nedenle genomları enzimatik proteini kodlamaz bütünleştirmek.

Bitki genomlarında endojen viral elementlerin (EVE'ler) varlığı yaygındır.[2][3][4] ve en çok bilinen bitki EVE'leri, ailedeki DNA genomlu virüslerden kaynaklanmaktadır. Caulimoviridae. Entegrasyonun, DNA onarım mekanizmaları sırasında homolog olmayan uç birleştirme (yasadışı rekombinasyon) yoluyla gerçekleştiği düşünülmektedir. Çoğu bitki EVE'si bulaşıcı değildir. Ancak bulaşıcı Caulimoviridae Petunya genomunda EVE'ler rapor edilmiştir [5](Petunya damar temizleme virüsü ), muz [6](Muz çizgi OL virüsü, Muz çizgi GF virüsü, Muz çizgi IM virüsü) ve Nicotiana edwardsonii [7](Tütün damarı temizleme virüsü).

CinsAna bilgisayar ayrıntılarıDoku tropizmiÇoğaltma sitesiMontaj sitesiAktarma
RosadnavirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaYaprak bitleri
CavemovirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaYaprak bitleri
PetuvirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaAşılama, bulaşıcı EVE'lerin aktivasyonu
CaulimovirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaYaprak bitleri
SoymovirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaYaprak bitleri
BadnavirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaMealybugs, bulaşıcı EVE'lerin aktivasyonu
SolendovirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaEnfeksiyöz EVE'lerin aktivasyonu
TungrovirüsBitkilerYokÇekirdekSitoplazmaYaprak bitleri

Referanslar

  1. ^ "Virüs taksonomisi". Alındı 25 Haziran 2018.
  2. ^ Bitki virolojisindeki son gelişmeler. Caranta, Carole. Norfolk, İngiltere: Caister Academic Press. 2011. ISBN  9781904455752. OCLC  644654169.CS1 Maint: diğerleri (bağlantı)
  3. ^ Geering, Andrew D. W .; Maumus, Florian; Copetti, Dario; Choisne, Nathalie; Zwickl, Derrick J .; Zytnicki, Matthias; McTaggart, Alistair R .; Scalabrin, Simone; Vezzulli, Silvia (10 Kasım 2014). "Endojen florendovirüsler, bitki genomlarının ana bileşenleri ve virüs evriminin ayırt edici özellikleridir". Doğa İletişimi. 5 (1): 5269. Bibcode:2014NatCo ... 5.5269G. doi:10.1038 / ncomms6269. ISSN  2041-1723. PMC  4241990. PMID  25381880.
  4. ^ Diop, Seydina Issa; Geering, Andrew D. W .; Alfama-Depauw, Françoise; Loaec, Mikaël; Teycheney, Pierre-Yves; Maumus, Florian (12 Ocak 2018). "Trakeofit genomları Caulimoviridae'nin derin evriminin kaydını tutar". Bilimsel Raporlar. 8 (1): 572. Bibcode:2018NatSR ... 8..572D. doi:10.1038 / s41598-017-16399-x. ISSN  2045-2322. PMC  5766536. PMID  29330451.
  5. ^ Richert-Pöggeler, Katja R .; Noreen, Faiza; Schwarzacher, Trude; Harper, Glyn; Hohn, Thomas (15 Eylül 2003). "Petunyadaki endojen provirüsten bulaşıcı petunya damar temizleme (pararetro) virüsünün indüksiyonu". EMBO Dergisi. 22 (18): 4836–4845. doi:10.1093 / emboj / cdg443. ISSN  0261-4189. PMC  212712. PMID  12970195.
  6. ^ Gayral, Philippe; Noa-Carrazana, Juan-Carlos; Lescot, Magali; Lheureux, Fabrice; Lockhart, Benham E. L .; Matsumoto, Takashi; Piffanelli, Pietro; Iskra-Caruana, Marie-Line (1 Temmuz 2008). "Enfeksiyöz Endojen Pararetrovirüsün Kökeni Olarak Muz Genomunda Tek Bir Muz Serisi Virüs Entegrasyon Olayı". Journal of Virology. 82 (13): 6697–6710. doi:10.1128 / JVI.00212-08. ISSN  0022-538X. PMC  2447048. PMID  18417582.
  7. ^ Lockhart, B. E .; Menke, J .; Dahal, G .; Olszewski, N. E. (2000). "Dikey olarak iletilen ve konak genomuna entegre dizilerle ilişkili bir bitki pararetrovirüsü olan tütün damarı temizleme virüsünün karakterizasyonu ve genomik analizi". Genel Viroloji Dergisi. 81 (6): 1579–1585. doi:10.1099/0022-1317-81-6-1579. PMID  10811941.

Dış bağlantılar