SBP etiketi - SBP-tag

Streptavidin-Bağlayıcı Peptid (SBP) -Tag 38-amino asit mühendislik uygulanabilecek sekans rekombinant proteinler. SBP-Etiketi içeren rekombinant proteinler, Streptavidin ve bu özellik, spesifik saflaştırma, saptama veya hareketsizleştirme stratejilerinde kullanılabilir.[kaynak belirtilmeli ]

SBP etiketinin dizisi MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP şeklindedir.[1]

Keşif

Streptavidin-Bağlama Peptidi, in vitro seçim tekniği kullanılarak yedi trilyon stokastik olarak üretilen peptidden oluşan bir kitaplık içinde keşfedildi. mRNA Ekranı. Seçim, streptavidin-agaroz ile inkübe edildikten sonra, biotin.[2] SBP-Tag'in streptavidine bir denge ile bağlandığı gösterilmiştir. Ayrışma sabiti 2,5 nM[1][2] ve doğal koşullar altında biyotin ile kolaylıkla ayrıştırılır.[1][2]

Başvurular

Protein saflaştırma

Hafif elüsyon koşulları nedeniyle (biyotin artı yıkama tamponu) SBP-Etiketli proteinler, tek bir saflaştırma adımıyla nispeten saf bir durumda üretilebilir.[1][3][4] Doğası gereği ile ilişkili olan nispeten bol birkaç memeli proteini vardır. IMAC daha sık kullanılanlara bağlanan matrisler Polihistidin etiketi (Onun etiketi). Bu nedenle, memeli hücrelerinde ifade edilen proteinler için SBP-Etiketi dahil IMAC olmayan saflaştırma protokolleri sıklıkla tercih edilir.[kaynak belirtilmeli ]

Protein kompleksi saflaştırma

Etkileşen proteinlerin kompleksleri de SBP-Etiketi kullanılarak saflaştırılabilir çünkü biyotin ile elüsyon, istenen komplekslerin bağlantılı kaldığı koşullar altında geri kazanıma izin verir. Örneğin, Kondensin Kompleks, Kim tarafından saflaştırıldı et al. [2010] ve kompleksler TAZ transkripsiyonel ko-aktivatör Zhang tarafından saflaştırıldı et al. [2009]. SBP-Etiketi aynı zamanda birkaç Tandem Affinity Purification Örneğin, birbirini takip eden saflaştırma adımlarının birden çok etiketle kullanıldığı (TAP) sistemleri GFP füzyon proteinleri ve BTK -protein kompleksleri, SBP-Tag ve His-Tag ile bir TAP protokolü kullanılarak saflaştırıldı,[5][6] HDGF -protein kompleksleri, SBP-Etiketi ile bir TAP protokolü kullanılarak ve BAYRAK etiketi[7] ve Wnt kompleksler, SBP-Tag ve [Calmodulin-Tag] ile bir TAP protokolü kullanılarak saflaştırıldı.[8] TAP genellikle protein kompleksleri ile kullanılır ve SBP-Tag TAP sistemleri SBP-Tag olmayan sistemlerle karşılaştırıldığında saflık ve verimde önemli gelişmeler bildiren birkaç çalışma.[9][10][11] SBP-Tag kullanan ticari TAP sistemleri arasında Interplay® Adenoviral ve Mammalian TAP Systems tarafından satılan Agilent Teknolojileri benzer ürünler tarafından satılmaktadır Sigma-Aldrich.[12]

Proteomik

SBP-Tag ile Tandem Affinity Purification (TAP) kullanılarak biyolojik olarak ilgili protein-protein etkileşimleri için taramalar gerçekleştirilmiştir ve Protein A,[10] SBP-Tag ile proteomik ve transkripsiyon faktör kompleksleri etkileşimi için ve Protein G,[10][13] ile etkileşime giren proteinler için Dang Virüsü SBP-Etiketi ve Calmodulin Etiketi ile DENV-2 NS4A proteini.[14] ve etkileşime giren proteinler için protein fosfataz 2A (PP2A) SBP-Tag ve hemaglutinin (HA) -tag ile.[11]

Görüntüleme

SBP-Tag, çözelti içindeki streptavidin veya streptavidin reaktiflerine de bağlanacaktır. Bu mühendislik birlikteliklerinin uygulamaları, canlı hücrelerdeki belirli proteinlerin görselleştirilmesini,[15] bir in vitro translasyon sisteminde tek tek proteinlerin translasyonunun kinetiğinin izlenmesi,[16] çok genişleyen bir zar proteininin içine entegrasyonunun kontrolü endoplazmik retikulum SBP-Etiketini N-terminal translokasyon dizisine birleştirerek ve ardından streptavidin ile entegrasyonu durdurarak ve biyotin ile entegrasyonu yeniden başlatarak.[17][18] Floresan streptavidin reaktifleri (örneğin streptavidin-HRP), SDS-PAGE'nin immünoblotlamasıyla SBP-etiketini görselleştirmek için kullanılabilir.[1][19][20] Ek olarak, SBP etiketine yönelik antikorlar ticari olarak mevcuttur.[kaynak belirtilmeli ]

Yüzey plazmon rezonansı

SBP-Tag, rekombinant proteinleri streptavidin ile işlevselleştirilmiş yüzeyler üzerinde tersine çevrilebilir şekilde hareketsiz hale getirmek için kullanılmıştır, böylece aşağıdaki gibi etkileşim değerlendirmesine izin verir. yüzey plazmon rezonansı İşlevselleştirilmiş yüzeyin yeniden kullanımıyla (SPR) teknikleri.[21] SPR ayrıca SBP-Tag'ı diğer streptavidin bağlayıcı peptidlerle karşılaştırmak için kullanılmıştır. Strep etiketi.[22]

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b c d e Keefe, Anthony D .; Wilson, David S .; Seelig, Burckhard; Szostak, Jack W. (2001). "Bir Nanomolar-Afinite Streptavidin-Bağlama Peptidi, SBP-Etiketi Kullanılarak Rekombinant Proteinlerin Tek Adımlı Saflaştırılması". Protein Ekspresyonu ve Saflaştırma. 23 (3): 440–6. doi:10.1006 / prep.2001.1515. PMID  11722181.
  2. ^ a b c Wilson, David S .; Keefe, Anthony D .; Szostak, Jack W. (2001). "Yüksek afiniteli protein bağlayıcı peptitleri seçmek için mRNA görüntüsünün kullanılması". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 98 (7): 3750–5. Bibcode:2001PNAS ... 98.3750W. doi:10.1073 / pnas.061028198. PMC  31124. PMID  11274392.
  3. ^ Ichikawa, Muneyoshi; Watanabe, Yuta; Murayama, Takashi; Toyoshima, Yoko Yano (2011). "Rekombinant insan sitoplazmik dinein ağır zincir 1 ve 2: Dynein-2 motor aktivitesinin in vitro gözlenmesi". FEBS Mektupları. 585 (15): 2419–23. doi:10.1016 / j.febslet.2011.06.026. PMID  21723285. S2CID  27909093.
  4. ^ Li, Feng; Herrera, Jeremy; Zhou, Sharleen; Maslov, Dmitri A .; Simpson Larry (2011). "Tripanozom REH1, çoklu gRNA kılavuzluğunda üridin ekleme / silme RNA düzenlemesinin 3'-5 'polaritesiyle ilgili bir RNA helikazdır". Ulusal Bilimler Akademisi Bildiriler Kitabı. 108 (9): 3542–7. Bibcode:2011PNAS..108.3542L. doi:10.1073 / pnas.1014152108. PMC  3048136. PMID  21321231.
  5. ^ Li, Yifeng; Franklin, Sarah; Zhang, Michael J .; Vondriska, Thomas M. (2011). "Yeni bir streptavidin bağlayıcı peptit ve heksahistidin tandem etiket sistemi kullanarak memeli hücrelerinden protein komplekslerinin yüksek verimli saflaştırılması: Bruton tirozin kinazına uygulama". Protein Bilimi. 20 (1): 140–9. doi:10.1002 / pro.546. PMC  3047070. PMID  21080425.
  6. ^ Kobayashi, Takuya; Morone, Nobuhiro; Kashiyama, Taku; Oyamada, Hideto; Kurebayashi, Nagomi; Murayama Takashi (2008). Imhof, Axel (ed.). "Çok Çeşitli Protein Araştırmaları İçin Yeni Bir Çok Fonksiyonlu Yeşil Floresan Protein Etiketi Tasarlamak". PLOS ONE. 3 (12): e3822. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3822K. doi:10.1371 / journal.pone.0003822. PMC  2585475. PMID  19048102.
  7. ^ Zhao, Jian; Yu, Hongxiu; Lin, Ling; Sa, Haz; Cai, Lili; Chen, Yanmei; Zhong, Fan; Lin, Chengzhao; et al. (2011). "Interactome çalışması, hepatomdan türetilmiş büyüme faktörünün (HDGF) çoklu hücresel fonksiyonlarını göstermektedir". Proteomik Dergisi. 75 (2): 588–602. doi:10.1016 / j.jprot.2011.08.021. PMID  21907836.
  8. ^ Ahlstrom, Robert; Yu Alan S. L. (2009). "Bir WNK4 protein kompleksinin kinaz aktivitesinin karakterizasyonu". AJP: Renal Fizyoloji. 297 (3): F685–92. doi:10.1152 / ajprenal.00358.2009. PMC  2739714. PMID  19587141.
  9. ^ Kyriakakis, Phillip P .; Bahşiş, Marla; Abed, Louka; Veraksa, Alexey (2008). "Drosophila'da tandem afinite saflaştırma: GS-TAP sisteminin avantajları". Uçmak. 2 (4): 229–35. doi:10.4161 / uç.6669. PMID  18719405.
  10. ^ a b c Bürckstümmer, Tilmann; Bennett, Keiryn L; Preradovic, Adrijana; Schütze, Gregor; Hantschel, Oliver; Superti-Furga, Giulio; Bauch Angela (2006). "Memeli hücrelerinde etkileşim proteomiklerine yönelik verimli bir ardışık afinite saflaştırma prosedürü". Doğa Yöntemleri. 3 (12): 1013–9. doi:10.1038 / nmeth968. PMID  17060908. S2CID  7069058.
  11. ^ a b Glatter, Timo; Wepf, Alexander; Aebersold, Ruedi; Gstaiger, Matthias (2009). "İnsan etkileşimi proteomunun grafiğini çıkarmak için entegre bir iş akışı: PP2A sistemine içgörüler". Moleküler Sistem Biyolojisi. 5 (1): 237. doi:10.1038 / msb.2008.75. PMC  2644174. PMID  19156129.
  12. ^ Li, Yifeng (2011). "Tandem afinite saflaştırma teknolojisi: Genel bir bakış". Biyoteknoloji Mektupları. 33 (8): 1487–99. doi:10.1007 / s10529-011-0592-x. PMID  21424840. S2CID  157683.
  13. ^ Van Leene, Jelle; Eeckhout, Dominique; Persiau, Geert; Van De Slijke, Eveline; Geerinck, Ocak; Van Isterdael, Gert; Witters, Erwin; De Jaeger, Geert (2011). "Arabidopsis Hücre Süspansiyon Kültürlerinden Tandem Afinite Saflaştırma ile Transkripsiyon Faktör Komplekslerinin İzolasyonu". Yuan'da Ling; Perry, Sharyn E (editörler). Bitki Transkripsiyon Faktörleri. Moleküler Biyolojide Yöntemler. 754. s. 195–218. doi:10.1007/978-1-61779-154-3_11. ISBN  978-1-61779-153-6. PMID  21720954.
  14. ^ Anwar, Azlinda; Leong, K. M .; Ng, Mary L .; Chu, Justin J. H .; Garcia-Blanco, Mariano A. (2009). "Polipirimidin Yolu Bağlayıcı Protein, Etkili Dang Virüsü Yayılımı İçin Gereklidir ve Viral Replikasyon Makineleri ile İlişkilendirilir". Biyolojik Kimya Dergisi. 284 (25): 17021–9. doi:10.1074 / jbc.M109.006239. PMC  2719340. PMID  19380576.
  15. ^ McCann, Corey M .; Bareyre, Florence M .; Lichtman, Jeff W .; Sanes, Joshua R. (2005). "Çoklu floroforlu canlı hücrelerdeki membran proteinlerini etiketlemek için peptit etiketleri". BioTeknikler. 38 (6): 945–52. doi:10.2144 / 05386IT02. PMID  16018556.
  16. ^ Takahashi, Shuntaro; Iida, Masaaki; Furusawa, Hiroyuki; Shimizu, Yoshihiro; Ueda, Takuya; Okahata, Yoshio (2009). "Kuvars Kristal Mikro Terazide Hücresiz Çevirinin Gerçek Zamanlı İzlenmesi". Amerikan Kimya Derneği Dergisi. 131 (26): 9326–32. doi:10.1021 / ja9019947. PMID  19518055.
  17. ^ Kida, Yuichiro; Morimoto, Fumiko; Sakaguchi, Masao (2007). "Oluşmakta olan bir zincirin iki translokasyonlu hidrofilik segmenti, multispanning protein topogenezi sırasında ER membranını kaplar". Hücre Biyolojisi Dergisi. 179 (7): 1441–52. doi:10.1083 / jcb.200707050. PMC  2373506. PMID  18166653.
  18. ^ Kida, Y .; Morimoto, F .; Sakaguchi, M. (2008). "Sinyal Çapa Dizisi Endoplazmik Retikulum Membranı Üzerinden Polipeptit Zincir Translokasyonu için Hareket Gücü Sağlar". Biyolojik Kimya Dergisi. 284 (5): 2861–6. doi:10.1074 / jbc.M808020200. PMID  19010775.
  19. ^ Edelmann, Mariola J .; Iphöfer, Alexander; Akutsu, Masato; Altun, Mikael; Di Gleria, Katalin; Kramer, Holger B .; Fiebiger, Edda; Dhe-Paganon, Sirano; Kessler, Benedikt M. (2009). "İnsan otubain 1 aracılı deubikitinasyonun yapısal temeli ve özgüllüğü". Biyokimyasal Dergisi. 418 (2): 379–90. doi:10.1042 / BJ20081318. PMID  18954305.
  20. ^ Hoer, Simon; Smith, Lorraine; Lehner, Paul J. (2007). "MARCH-IX, ICAM-1'in her yerde bulunmasına ve alt düzenlemesine aracılık eder". FEBS Mektupları. 581 (1): 45–51. doi:10.1016 / j.febslet.2006.11.075. PMID  17174307. S2CID  22461058.
  21. ^ Li, Yong-Jin; Bi, Li-Jun; Zhang, Xian-En; Zhou, Ya-Feng; Zhang, Ji-Bin; Chen, Yuan-Yuan; Li, Wei; Zhang, Zhi-Ping (2006). "Proteinlerin bir yüzey plazmon rezonans biyosensör çipi üzerinde streptavidin afinite etiketleri ile tersine çevrilebilir immobilizasyonu". Analitik ve Biyoanalitik Kimya. 386 (5): 1321–6. doi:10.1007 / s00216-006-0794-6. PMID  17006676. S2CID  6074268.
  22. ^ Huang, Xu; Zhang, Xian-En; Zhou, Ya-Feng; Zhang, Zhi-Ping; Cass, Anthony E.G. (2007). "Afinite peptitlerini taramak için yüksek duyarlı bir Escherichia coli alkalin fosfataz raportör sisteminin oluşturulması". Biyokimyasal ve Biyofiziksel Yöntemler Dergisi. 70 (3): 435–9. doi:10.1016 / j.jbbm.2006.10.006. PMID  17156847.

daha fazla okuma