Tetratricopeptide protein 39B tekrar - Tetratricopeptide repeat protein 39B - Wikipedia

TTC39B
Tanımlayıcılar
Takma adlarTTC39B, C9orf52, tetratrikopeptid tekrar alanı 39B
Harici kimliklerOMIM: 613574 MGI: 1917113 HomoloGene: 25228 GeneCard'lar: TTC39B
Gen konumu (İnsan)
Kromozom 9 (insan)
Chr.Kromozom 9 (insan)[1]
Kromozom 9 (insan)
TTC39B için genomik konum
TTC39B için genomik konum
Grup9p22.3Başlat15,163,622 bp[1]
Son15,307,360 bp[1]
Ortologlar
TürlerİnsanFare
Entrez
Topluluk
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001168339
NM_001168340
NM_001168341
NM_001168342
NM_152574

NM_025782
NM_027238

RefSeq (protein)

NP_001161811
NP_001161812
NP_001161813
NP_001161814
NP_689787

NP_081514

Konum (UCSC)Chr 9: 15.16 - 15.31 MbChr 4: 83.22 - 83.32 Mb
PubMed arama[3][4]
Vikiveri
İnsanı Görüntüle / DüzenleFareyi Görüntüle / Düzenle

Tetratricopeptide protein 39B tekrar bir protein insanlarda kodlanır TTC39B gen. TTC39B, C9orf52 veya FLJ33868 olarak da bilinir. Tetratrikopeptid tekrarı 39B içindeki ana özellik, proteinin çoğunu kapsayan, bilinmeyen işlev 3808 (DUF3808) alanıdır.

Gen

Kromozom 9'da TTC39B Gen Konumu

TTC39B geni, 9p22.3'te dokuzuncu kromozomun kısa kolunda bulunur. Genomik DNA 136.517 baz uzunluğunda, 39 intronlar ve 20 Eksonlar ve eksi şerit üzerindedir. MRNA'nın uzunluğu 3,276 bazdır. TTC39B, gerilime duyarlı bir klorür kanalı olan LOC100419056 ile çevrilidir 3 sözde gen.[5]

Fonksiyon

TTC39B'nin moleküler bir bağlanma fonksiyonunun yanı sıra lipid regülasyonunda bir role sahip olması beklenmektedir; fenotip yanı sıra işlev in vivo bilinmeyen.[6]

Homoloji ve evrim

Paraloglar

Bilinen iki var paraloglar TTC39B için: TTC39A ve TTC39C. TTC39A'nın iki ekleme izoformu ve TTC39C'nin üç ekleme izoformu vardır.

TTC39A gibi hastalıklarla ilişkisi test edilmiştir. meme neoplazileri ve moleküler bağlanma fonksiyonuna sahip olması ve çeşitli bölmelerde lokalize olması beklenir (hücre dışı boşluk, zar, çekirdek ).[7]

TTC39C'nin şurada yerelleştirilmesi bekleniyor: sitoplazma. Hayır fenotip keşfedildi ve genin in vivo işlevi bilinmiyor.[8]

Ortologlar

Cins ve TürlerYaygın isimRNA Yüzde Kimliğiuyuşmazlık
Pan paniscusBonobo99%6,3 MYA
Pan troglodytesŞempanze99%6,3 MYA
Goril goril gorilGoril99%8.8 MYA
Nomascus leucogenysGibbon98%20,4 MYA
Papio anubisBabun97%29.0 MYA
Pongo abeliiOrangutan97%15.7 MYA
Callithrix jacchusMarmoset96%42.6 MYA
Saimiri boliviensis boliviensisSincap maymunu94%42.6 MYA
Canis lupusiliarisKöpek91%94,2 MYA
Otolemur garnettiiÇalı bebek90%74.0 MYA
Felis catusKedi89%94,2 MYA
Bos taurusİnek88%94,2 MYA
Cricetulus griseusHamster87%92.3 MYA
Ovis koçKoyun85%94.2 MYA
Rattus norvegicusSıçan85%92.3 MYA

Uzak homologlar

Cins ve TürlerYaygın isimRNA Yüzde Kimliğiuyuşmazlık
Sarcophilus harrisiiTazmanya Canavarı78%162.6 MYA
Gallus gallusTavuk75%296,0 MYA
Taeniopygia guttataZebra fincanı75%296,0 MYA
Anolis carolinensisKertenkele75%296,0 MYA
Xenopus laevisKurbağa74%371,2 MYA

Filogeni

TTC39B, insandan vücuda organizmalarda korunur. Platyhelminthes maya ve mantarlarda muhafaza edilmez.

TTC39B Yakın Ortologların Köksüz Filogenik Ağacı
TTC39B Uzak Homologların Köksüz Filogenik Ağacı

Protein

TTC39B geninin, her biri farklı bir proteini kodlayan beş farklı transkript varyantı vardır. Bu makale, tüm proteinlerin en uzunu olan tetratrikopeptid tekrar proteini 39B izoformu 1 üzerine odaklanmaktadır. TTC39B proteini çevrildiğinde 682 amino asitten oluşur ve 76,955,64 kDa'lık bir moleküler ağırlığa sahiptir. izoelektrik nokta protein 7.16 pH'dır.[9]

Koruma

Yakın Ortologlar:

Cins ve TürlerYaygın isimProtein Yüzdesi Kimliğiuyuşmazlık
Pan troglodytesŞempanze99%6,3 MYA
Pan paniscusBonobo99%6,3 MYA
Nomascus leucogenysGibbon98%20,4 MYA
Papio anubisBabun98%29.0 MYA
Callithrix jacchusMarmoset97%42.6 MYA
Saimiri boliviensis boliviensisSincap maymunu96%42.6 MYA
Heterocephalus glaberÇıplak köstebek faresi92%92.3 MYA
Canis lupusiliarisKöpek91%94,2 MYA
Cricetulus griseusHamster90%92.3 MYA
Ovis koçKoyun89%94.2 MYA
Cavia porcellusGine domuzu86%92.3 MYA

Uzak Ortologlar:

Cins ve TürlerYaygın isimProtein Yüzdesi Kimliğiuyuşmazlık
Sarcophilus harrisiiTazmanya Canavarı73%162.6 MYA
Taeniopygia guttataZebra fincanı72%296,0 MYA
Pteropus alectoYarasa55%94,2 MYA
Bos taurusİnek54%94,2 MYA
Rattus norvegicusSıçan54%92.3 MYA
Gallus gallusTavuk54%296,0 MYA
Danio rerioZebra balığı54%400.1 MYA
Crassostrea gigasistiridye50%782,7 MYA
Camponotus floridanusKarınca43%782,7 MYA
Nasonia vitripennisYaban arısı42%782,7 MYA
Ciona intestinalisUrochordata40%722,5 MYA
Clonorchis sinensisKaraciğer şansı35%792,4 MYA

Alanlar ve motifler

Bilinmeyen İşlev Etki Alanı 3808 (DUF3808) etki alanı mantarlardan insanlara korunur ve şu anda bilinmeyen bir işleve sahiptir. Amino asit 142'den 568'e kadar (427 amino asit uzunluğunda) bulunur. Bu ailenin proteinleri ayrıca kendi bölgelerinde bir TPR_2 alanı içerir. C-terminali bilinmeyen bir işlevi de vardır.[10]

TTC39B proteinindeki diğer bir korunmuş alan, TPR_12 tetratrikopeptid tekrarıdır. 600'den 658'e (59 amino asit uzunluğunda) amino asitten bulunur.[11] TPR alanları, bir ortak protein ile spesifik etkileşimleri kolaylaştıran birçok proteinde bulunur. Üç boyutlu yapısal veriler, bir TPR bölgesinin iki antiparalel oluşturduğunu göstermiştir. alfa sarmalları. Birbirinin önüne dizilmiş TPR motifleri, sağ elli sarmal bir yapı oluşturur. amfipatik bir hedef proteinin tamamlayıcı bölgesini muhtemelen barındırabilen kanal. TPR içeren proteinlerin çoğu multiplrotein kompleksleri ile ilişkilidir ve TPR motiflerinin şaperon, hücre döngüsü, transkripsiyon ve protein taşıma komplekslerinin işleyişi için önemli olduğunu gösteren kapsamlı kanıtlar vardır.[12] TTC39B proteininde iki tane daha TPR alanı bulunur: 393 ila 426 amino asitlerden (34 amino asit uzunluğunda) yayılan TPR1 ve 626 ila 659 arası amino asitlerden (ayrıca 34 amino asit uzunluğunda) uzanan TPR2.[13]

TTC39B, tümü DUF3808 bölgesinde bulunan üç transmembran bölge içerir.[14] Üç transmembran bölge olduğu için, N-terminal ve C-terminali Protein, plazma zarının zıt taraflarında olacaktır.

Çeviri sonrası değişiklikler

Fosforilasyon Siteler:[15]

Amino asitDurum
Serin (S)28, 32, 42, 51, 61, 62, 72, 91, 93, 94, 96, 101, 102, 107, 120, 123, 124, 125, 126, 127, 134, 148, 165, 173, 194, 215, 217, 218, 221, 224, 229, 270, 279, 305, 313, 329, 344, 347, 350, 365, 393, 421, 454, 461, 464, 477, 500, 509, 524, 526, 548, 551, 557, 573, 578, 580, 614, 634, 638, 660, 663, 680, 681
Treonin (T)89, 100, 110, 121, 128, 152, 174, 183, 202, 211, 250, 269, 356, 362, 370, 467, 487, 493, 512, 563, 628, 651
Tirozin (Y)167, 172, 206, 210, 239, 271, 274, 295, 363, 398, 434, 451, 452, 453, 468, 523, 542, 608, 620, 623, 636, 656, 659

Olasılık Sumolasyon Siteler[16] (kalın):

Hayır.DurumGrupPuan
1619ESEKL LKYD HYLVP0.91
2262NMINF IKGG LKIRT0.77
3302EFEGG VKLG SGAFN0.76
4133STKVD LKSG LEECA0.73

Bir olasılık var N-glikosilasyon Ancak, TTC39B proteini bir sinyal peptidi içermediğinden, bu glikosilasyonun gerçekten meydana gelmesi olası değildir.

İkincil yapı

İkincil protein yapısının bir analizine göre, TTC39B büyük olasılıkla endoplazmik retikulum, mitokondri, ve Golgi cihazı.[14]

Tersiyer ve kuaterner yapı

TTC39B proteini, bir alfa-alfa süper sarmalına katlanır. Yapısının% 40'ı o-bağlantılı GlcNAc transferazın süperhelikal alanı olan d1w3ba ile eşleşir. O-GlcNAc, bir besin sensörü görevi görerek metabolik durumu çok çeşitli hücresel sinyal yollarının düzenlenmesiyle birleştirir.[17]


İfade

Destekleyici ve transkripsiyon başlangıç ​​sitesi

organizatör TTC39B için 15,307,109 baz çiftinde başlar ve 15,307,858 baz çiftinde biter. 750 baz çifti uzunluğundadır. transkripsiyon başlangıç ​​sitesi TTC39B proteini için izoform 1, 15,307,340 ila 15,307,389 baz çiftlerinden bulunur ve 50 bp uzunluğa sahiptir.

İfade profili

TTC39B, kaslarda, iç organlarda, salgı organlarında, üreme organlarında, bağışıklık sisteminde ve sinir sisteminde iyi ifade edilir.[6] TTC39B, çok sayıda dokuda ifade edilir: testis, akciğer, Langerhans adacıkları, pankreas, böbrek, havuzlanmış üreme hücresi tümörler, meme kanseri, vb.[6]


Transkript çeşitleri

TTC39B geni için beş farklı transkript varyantı vardır. İzoform 1 en uzun transkripttir ve en uzun izoformu kodlar. İzoform 2, varyant 1 ile karşılaştırıldığında, merkezi kodlama bölgesinde alternatif bir çerçeve içi ekleme bölgesi kullanır ve bu daha kısa bir protein ile sonuçlanır. İzoform 3 ve 4, merkezi kodlama bölgesinde birçok farklılığa sahiptir, ancak okuma çerçevesi izoform 1 ile karşılaştırıldığında. İzoform 5, 5 'UTR ve varyant 1 ile karşılaştırıldığında birden çok kodlama bölgesi farklılığına sahiptir. Bu farklılıklar, çerçeve içi aşağı akışta çevirinin başlamasına neden olur. AĞU ve daha kısa olan izoform 5 ile sonuçlanır N-terminal izoform 1 ile karşılaştırıldığında.[18]

Etkileşen proteinler

Bağlayıcı transkripsiyon faktörleri

Transkripsiyon Faktörü Bağlama Siteleri:[19]

Matrix AilesiAyrıntılı Aile BilgileriNeredenİçinİplikBenzerlikSıra (BÜYÜK HARFLER: çekirdek sıra)
V $ PLAGPleomorfik adenom gen5173(+)1.000taGGGGgaagtagaggagttcca
V $ TALEMASAL ana alan TG motiflerini tanıyan sınıf157173(+)1.000ggtggtgtGTCAgaggc
V $ ZF02C2H2 çinko parmak transkripsiyon faktörleri 2294316(-)1.000cagcgCCCCacctggggtccgtg
V $ MIZ1Benim C etkileşimli Zn parmak proteini 1417427(-)1.000cacgcCCTCtg
O $ TF2BRNA polimeraz II transkripsiyon faktörü II B517523(-)1.000ccgCGCC

Hücresel Proteinler

TTC39B ile etkileşime girer ubikitin C (UBC), bir poliubikuitin öncüsü. Ubikitinin konjugasyonu monomerler veya polimerler bir hücre içinde farklı etkilere yol açar. Ubiquitination ile ilişkilendirildi protein bozulması, DNA onarımı, Hücre döngüsü düzenleme kinaz değişiklik endositoz ve diğer hücre sinyal yollarının düzenlenmesi.[20]

Klinik önemi

Hastalık derneği

Kromozom 9p22 üzerindeki bir lokusta, yüksek yoğunluklu lipoprotein (HDL-C), TTC39B, lokustaki birkaç genden yalnızca bir tanesidir. eQTL karaciğerde, artmış HDL-C ile ilişkili olarak azalmış ekspresyon ile ilişkili allel ile. Fare ortoloğu TTC39B'nin bir viral vektör aracılığıyla nakavt edilmesi (% 50 nakavt), 4 gün ve 7 günde önemli ölçüde daha yüksek plazma HDL-C seviyeleri ile sonuçlandı. Veriler, TTC39B'nin lipid regülasyonu için nedensel genler olduğunu gösterir.[21]

Referanslar

  1. ^ a b c GRCh38: Topluluk sürümü 89: ENSG00000155158 - Topluluk, Mayıs 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl sürüm 89: ENSMUSG00000038172 - Topluluk, Mayıs 2017
  3. ^ "İnsan PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  4. ^ "Mouse PubMed Referansı:". Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, ABD Ulusal Tıp Kütüphanesi.
  5. ^ "LOC100419056 klorür kanalı, voltaja duyarlı 3 psödogen". NCBI. Alındı 13 Mayıs 2013.
  6. ^ a b c "TTC39B, mRNA'lar veya ESTsAceView ile insan, fare ve solucan genlerinin kapsamlı bir açıklaması". AceView. Alındı 13 Mayıs 2013.
  7. ^ "TTC39A, mRNA'lar veya ESTsAceView ile insan, fare ve solucan genlerinin kapsamlı bir açıklaması". AceView. Alındı 13 Mayıs 2013.
  8. ^ "TTC39C, mRNA'lar veya ESTsAceView ile insan, fare ve solucan genlerinin kapsamlı bir açıklaması". AceView. Alındı 13 Mayıs 2013.
  9. ^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_689787.2
  10. ^ "NCBI". Alındı 9 Mayıs 2013.
  11. ^ "NCBI". Alındı 9 Mayıs 2013.
  12. ^ Blatch GL, Lässle M (Kasım 1999). "Tetratrikopeptid tekrarı: protein-protein etkileşimlerine aracılık eden yapısal bir motif". BioEssays. 21 (11): 932–9. doi:10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199911) 21:11 <932 :: AID-BIES5> 3.0.CO; 2-N. PMID  10517866.
  13. ^ "NP_689787.2: TTC39B gen ürünü [Homo sapiens]". NCBI. Alındı 13 Mayıs 2013.
  14. ^ a b "Biyoloji Tezgahı". SDSC Biyoloji Tezgahı. Alındı 13 Mayıs 2013.
  15. ^ "NetPhos 2.0 Sunucusu". Biyolojik Dizi Analizi Merkezi. Alındı 13 Mayıs 2013.
  16. ^ "SUMOsp 2.0 - SUMOylation Site Tahmini". CUCKOO Çalışma Grubu. Alındı 13 Mayıs 2013.
  17. ^ Lazarus MB, Nam Y, Jiang J, Sliz P, Walker S (Ocak 2011). "İnsan O-GlcNAc transferazının yapısı ve bir peptit substratı ile kompleksi". Doğa. 469 (7331): 564–7. Bibcode:2011Natur.469..564L. doi:10.1038 / nature09638. PMC  3064491. PMID  21240259.
  18. ^ "TTC39B tetratrikopeptid tekrar alanı 39B [Homo sapiens (insan)]". NCBI. Alındı 13 Mayıs 2013.
  19. ^ "GEMS Başlatıcı: Matlnspector: Transkripsiyon faktörü bağlama sitelerini arayın". Genomatix Yazılım Paketi. Alındı 13 Mayıs 2013.
  20. ^ "UBC Gene - GeneCards". GeneCard'lar. Alındı 13 Mayıs 2013.
  21. ^ Teslovich TM, Musunuru K, Smith AV, vd. (Ağustos 2010). "Kan lipidleri için 95 lokusun biyolojik, klinik ve popülasyonla ilgisi". Doğa. 466 (7307): 707–13. Bibcode:2010Natur.466..707T. doi:10.1038 / nature09270. PMC  3039276. PMID  20686565.