Nükleaz S1 - Nuclease S1 - Wikipedia

Nükleaz S1
Tanımlayıcılar
EC numarası3.1.30.1
CAS numarası37288-25-8
Veritabanları
IntEnzIntEnz görünümü
BRENDABRENDA girişi
ExPASyNiceZyme görünümü
KEGGKEGG girişi
MetaCycmetabolik yol
PRIAMprofil
PDB yapılarRCSB PDB PDBe PDBsum
S1-P1 nükleaz
PDB 1ak0 EBI.jpg
Bir substrat analogu ile kompleks içinde P1 nükleaz
Tanımlayıcılar
SembolS1-P1_nuclease
PfamPF02265
Pfam klanCL0368
InterProIPR003154
SCOP21ak0 / Dürbün / SUPFAM
CDDcd11010

Nükleaz S1 (EC 3.1.30.1 ) bir endonükleaz enzim bu bölünüyor tek iplikli DNA (ssDNA) ve RNA'yı oligo- veya mononükleotidlere dönüştürür. Bu enzim katalizler aşağıdaki Kimyasal reaksiyon

5'-fosfomononükleotid ve 5'-fosfooligonükleotid son ürünlerine Endonükleolitik bölünme

Birincil substratı tek sarmallı olmasına rağmen, bazen çift sarmallı DNA veya RNA veya DNA-RNA melezlerinde tek sarmallı kırılmalar da verebilir. Enzim, döngüler veya boşluklar gibi çift yönlü DNA'daki tek sarmallı bölgeyi hidrolize eder. Aynı zamanda, tamamlayıcı iplikteki bir çentiğin karşısındaki bir ipi keser. Dizi özgüllüğü yoktur.

İyi bilinen sürümler, içinde bulunan S1'i içerir. Aspergillus oryzae (sarı koji kalıbı) ve Nükleaz P1 içinde bulunan Penicillium sitrinum. S1 / P1 ailesinin üyeleri her ikisinde de bulunur prokaryotlar ve ökaryotlar ve programlanmış hücre ölümü ve ayrıca doku farklılaşması ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Dahası, onlar gizli hücre dışı, yani hücrenin dışında. İşlevleri ve ayırt edici özellikleri, sahada sömürülme potansiyeline sahip oldukları anlamına gelir. biyoteknoloji.

İsimlendirme

Alternatif isimler arasında endonükleaz S1 (Aspergillus), tek sarmallı nükleat endonükleaz, deoksiribonükleaz S1, deoksiribonükleaz S1, Aspergillus nükleaz S1, Neurospora crassa tek sarmallı spesifik endonükleaz, S1 nükleaz, tek sarmallı endodeoksiribonükleaz, tek sarmallı endodeoksiribonükleaz, tek sarmallı endodeoksiribonükleaz ipliğe özgü endodeoksiribonükleaz, tek sarmal özgü DNaz ve Aspergillus oryzae S1 nükleaz.

Yapısı

EC 3.1.30.1 aktivitesine sahip çoğu nükleaz, birbiriyle homologdur. protein alanı aile Nuclease S1 / P1.[1]

P1 ve S1 dahil bu ailenin üyeleri glikoproteinler çok ayırt edici özellikleri ile:

Bu gereksinimler ve ayırt edici özellikler, işlev etkinliğinden sorumludur. Bir enzimdir ve bu dört özellik enzim işlevselliği için gereklidir. Üç çinko iyonu kataliz için hayati öneme sahiptir. İlk iki çinko, hidrolizde saldıran suyu aktive ederken, üçüncü çinko iyonu ayrılan Oksiyanyon.[2][3]

Özellikleri

Nükleaz S1
Tanımlayıcılar
OrganizmaAspergillus oryzae
SembolNucS
UniProtP24021
Nükleaz P1
Tanımlayıcılar
OrganizmaPenicillium sitrinum
SembolNuP1
UniProtP24289

Aspergillus nükleaz S1 moleküler ağırlığı 38 kilodalton olan bir monomerik proteindir. Zn gerektirir2+ bir kofaktör olarak ve üre, SDS veya formaldehit gibi denatüre edici maddelere karşı nispeten stabildir. Aktivitesi için optimum pH 4-4.5 arasındadır. Aspergillus nükleaz S1'in bir şekilde 50 μM ATP ve neredeyse tamamen 1 mM ATP tarafından inhibe edildiği bilinmektedir.[4][5] 85 μM dAMP ve 1 μM dATP'de% 50 inhibisyon gösterilmiştir, ancak cAMP tarafından inhibe edilmemiştir.[6]

Mekanizma

Bu çinkoya bağımlı nükleaz protein alanı 5 'üretir nükleotidler ve yarıklar fosfat 3 'nükleotidlerden gruplar. Ek olarak, yan zincir triptofan Aktif bölgedeki boşlukta bulunan ve omurgası çinko iyonlarından birinin hareketini destekler. Bu tür mekanizmalar, enzimin katalitik işlevi için gereklidir.[1]

Kullanımlar

Aspergillus nükleaz S1 laboratuvarda reaktif olarak kullanılır. nükleaz koruma testleri. Moleküler biyolojide, künt uçlu moleküller oluşturmak için DNA moleküllerinden tek sarmallı kuyrukların çıkarılmasında ve çift sarmallı cDNA'nın sentezi sırasında üretilen firkete ilmeklerin açılmasında kullanılır.

Ayrıca bakınız

Referanslar

  1. ^ a b Balabanova LA, Gafurov YM, Pivkin MV, Terentyeva NA, Likhatskaya GN, Rasskazov VA (Şubat 2012). "Deniz mantarı Penicillium melinii'nin hücre dışı bir S1 tipi nükleazı". Deniz Biyoteknolojisi. 14 (1): 87–95. doi:10.1007 / s10126-011-9392-5. PMID  21647618. S2CID  17856850.
  2. ^ Podzimek T, Matoušek J, Lipovová P, Poučková P, Spiwok V, Santrůček J (Şubat 2011). "Antikanser potansiyeli olan üç bitki nükleazının biyokimyasal özellikleri". Bitki Bilimi. 180 (2): 343–51. doi:10.1016 / j.plantsci.2010.10.006. PMID  21421379.
  3. ^ Romier C, Dominguez R, Lahm A, Dahl O, Suck D (Eylül 1998). "Tek sarmallı DNA'nın nükleaz P1 ile tanınması: substrat analogları ile komplekslerin yüksek çözünürlüklü kristal yapıları". Proteinler. 32 (4): 414–24. doi:10.1002 / (sici) 1097-0134 (19980901) 32: 4 <414 :: aid-prot2> 3.0.co; 2-g. PMID  9726413.
  4. ^ Yang X, Pu F, Ren J, Qu X (Temmuz 2011). "Tek sarmallı DNA'nın enzimatik / oksidatif bölünmesinin etiketsiz ve gerçek zamanlı floresan açılma tespiti için DNA şablonlu topluluk". Kimyasal İletişim. 47 (28): 8133–5. doi:10.1039 / c1cc12216a. PMID  21629944.
  5. ^ Wrede P, Rich A (Kasım 1979). "E.coli tRNAfMet'in benzersiz antikodon döngü yapısının kararlılığı". Nükleik Asit Araştırması. 7 (6): 1457–67. doi:10.1093 / nar / 7.6.1457. PMC  342320. PMID  41223.
  6. ^ Wiegand RC, Godson GN, Radding CM (Kasım 1975). "Aspergillus oryzae'den S1 nükleazın özgüllüğü". Biyolojik Kimya Dergisi. 250 (22): 8848–55. PMID  171268.

daha fazla okuma

Bu makale kamu malı metinleri içermektedir Pfam ve InterPro: IPR003154