Pseudomonas stutzeri - Pseudomonas stutzeri

Pseudomonas stutzeri
Pseudomonas stutzeri.jpg
bilimsel sınıflandırma Düzenle
Alan adı:Bakteri
Şube:Proteobakteriler
Sınıf:Gammaproteobacteria
Sipariş:Pseudomonadales
Aile:Pseudomonadaceae
Cins:Pseudomonas
Tür grubu:Pseudomonas stutzeri grup
Türler:
P. stutzeri
Binom adı
Pseudomonas stutzeri
(Lehmann ve Neumann 1896)
Sijderius 1946
Tip suşu
ATCC 17588

CCUG 11256
CFBP 2443
CIP 103022
DSM 5190
JCM 5965
LMG 11199
NBRC 14165
NCCB 76042
VKM B-975

Eş anlamlı

Bacillus denitrificans II Burri ve Stutzer 1895
Bakteri stutzeri Lehmann ve Neumann 1896
Bacillus nitrojenleri Migula 1900
Bacillus stutzeri Chester 1901
Achromobacter sewerinii Bergey, et al. 1923
Achromobacter stutzeri Bergey, et al. 1930
Pseudomonas stanieri Mandel 1966
Pseudomonas perfectomarina corrig. (eski ZoBell ve Upham 1944) Baumann, et al. 1983
Pseudomonas kloritidismutans Wolterink, et al. 2002

Pseudomonas stutzeri bir Gram negatif toprak bakteri hareketli, tek bir polar flagelluma sahiptir ve basil veya çubuk şeklinde sınıflandırılır.[1][2] Bu bakteri ilk olarak insan omurilik sıvısından izole edilirken,[3] o zamandan beri, çeşitli özellikleri ve metabolik yetenekleri nedeniyle birçok farklı ortamda bulunmuştur.[4] P. stutzeri bir fırsatçı patojen klinik ortamlarda enfeksiyonlar nadir olmasına rağmen.[3] 16S'ye göre rRNA analiz, bu bakteri P. stutzeri adını verdiği grup.[5]

Taksonomi

P. stutzeri diğerinden en kolay şekilde ayırt edilir Psuedomonas spp. floresan pigmentler üretmemesi.[6] P. mendocina, P. alcaligenes, P. pseudoalcaligenes, ve P. balearica pseudomonadların aynı dalı içinde sınıflandırılır P. stutzeri 16S rRNA dizilerine ve diğer filogenetik belirteçlere dayanır.[6] Bu grubun P. stutzeri en yakından ilgili P. balearica ve sadece 16S rRNA dizileri ile değil, aynı zamanda yetenekleri ile de ayırt edilebilirler. P. stutzeri 42 ° C'nin üzerinde büyümek.[7] P. stutzeri birçok farklı yerde izole edilmiştir ve her suş izole edildiği yere göre biraz farklı olduğundan, P. stutzeri grup çok içerir genomovarlar.[6] Bu, birçok türün P. stutzeri Sadece nükleik asit bileşimlerine göre ayırt edilebilen organizmalar olan genospesiler olarak düşünülebilir.[8]

Keşif

Burri ve Stutzer ilk tanımlandı P. stutzeri 1895'te bakteri olarak adlandırıldı Bacillus denitrificans II.[9] Yedi yıl sonra 1902'de Itersonion bir zenginleştirme kültürü için P. stutzeri, Bu daha sonra 1952'de van Niel ve Allen tarafından tanımlandı.[10] Zenginleştirme ortamı,% 2'lik bir mineral besiyeridir. nitrat ve tartrat (veya malate, süksinat, malonat, sitrat, etanol veya asetat ) altında büyümüş anaerobik koşullar 37 ° C'de.[10] Organizma, insan omurilik sıvısı, saman, gübre, toprak ve kanal suyu gibi çok çeşitli yerlerden izole edilmiştir.[10]

Karakterizasyon

Pseudomonas stutzeri Gram-negatif, çubuk şeklinde, olmayanspor tipik olarak 1-3 olan oluşturan bakteri mikron uzun ve 0,5–0,8 mikron genişliğinde.[10] Bu bir mikrop her ikisi için de pozitif olan katalaz ve oksidaz testleri.[11][12] P. stutzeri yaklaşık 35 ° C'lik bir sıcaklıkta optimum şekilde büyür, mezofilik organizma, 4 ° C'ye kadar düşük sıcaklıklarda büyüyebilmesine rağmen[6] ve 44 ° C'ye kadar yüksek.[12] Üzerinde büyüdüğünde lizojen et suyu (LB) orta, 32 ° C'de, bu bakteri bir ikiye katlama zamanı yaklaşık 53 dakika.[13] Sıcaklık yaklaşık 28 ° C'ye düşürüldüğünde, iki katına çıkma süresi uzar ve 72 dakikaya kadar çıkabilir.[13] Bir kuşkonmaz (Asn) minimum orta, ancak, P. stutzeri yaklaşık 34 dakikalık tipik bir ikiye katlanma süresine sahiptir.[13] İkisi arasında iki katına çıkma süresindeki farklılıklara rağmen medya, P. stutzeri ulaşır durağan faz her iki besiyerine aşılandıktan veya verildikten yaklaşık 10-11 saat sonra.[13] P. stutzeri % 2 içeren ortamda en iyi şekilde büyür NaCl % 1-5 NaCl arasında değişen bir tuzluluk veya tuz içeriğini tolere edebilmesine rağmen.[14] Bu bakteri nötr bir pH, pH 7'dir, ancak 9 kadar yüksek bir pH'ta büyüyebilir.[10] P. stutzeri ikisine de sahip tip IV pili ve her ikisi de hareketli olmasına yardımcı olan bir kutup kamçısı.[10][15]

İle ilgili olarak metabolizma, herşey Pseudomonas bakterilerin başlangıçta yetersiz olduğu düşünülüyordu nitrojen sabitlemek.[16] Birkaç Pseudomonas dahil türler P. stutzeriBununla birlikte, o zamandan beri nitrojeni sabitleme yeteneğini gösteren keşfedildi.[16] Aslında genetik şifre of P. stutzeri DSM4166 suşu sıralanmış, bazılarını ortaya çıkardı genler bir denitrifikasyon kompleksinin ana parçalarını kodlayan 42 genle birlikte nitrojen fiksasyonu için.[16] Bilim adamları, azotu sabitlemek için gereken genlerin bu spesifik bakteri türleri tarafından elde edildiğini varsayıyorlar. yanal gen transferi.[16]İçindeki diğer bakterilere benzer Pseudomonas cins P. stutzeri suşlar heterotrofik yapabilen organizmalar azaltma metaller ve aşındırıcı bileşikler, örneğin hidrokarbonlar.[17] Bununla birlikte, cins içindeki diğer bakterilerin aksine, P. stutzeri suşlar değil floresan.[18]

Büyüme koşulları

P. stutzeri suşlar farklı ortam türlerinde büyüyebilirler çünkü farklı elektron bağışçıları ve alıcılar metabolizmalarını beslemek için.[17] Bakteri sıklıkla kullanır organik bileşikler elektron vericileri olarak, bazıları şunları içerir: glikoz, laktat, asetat, süksinat, piruvat, sakaroz ve fumarat.[17] Bir elektron alıcısı olarak, P. stutzeri Varsa oksijen kullanacak aerobik koşullar veya nitrat, eğer varsa anaerobik koşullar.[12] Bakterinin katı ortamda (jelatin ve benzeri gibi) büyüdüğü gösterilmiştir. agar ), sıvı ortam (örneğin nitrat veya nitrit -ücretsiz ortam) ve hatta patatesler, peptonda veya Maya agar.[10] Aerobik ortamlarda, P. stutzeri lizojen gibi daha karmaşık ortamlarda bile büyüyebilir ve Aklın 2A (R2A) et suları,[17] ikisinden sonuncusu, bol miktarda besin içermemesi nedeniyle belirli mikropların seçiminde önemli ölçüde faydalıdır.[19] Çeşitli ortamların her biri, kendi küçük varyasyonlarını üretir. fenotipler of P. stutzeri büyümeden kaynaklanan koloniler.[10] Bu varyasyonlardan bazıları, yüzey filmindeki veya mukus üretimindeki değişiklikleri, dokudaki değişiklikleri (çıkıntıların eklenmesi gibi) veya şekildeki değişiklikleri (daireselden çokgene benzer gibi) içerir.[10]

Koloni özellikleri

İken mikrobiyal koloniler nın-nin P. stutzeri Bakterinin hangi ortamda yetiştirildiğine bağlı olarak değişebilir, bu türün hemen hemen her kolonisinde belirgin olan korunmuş, ayırt edilebilir özellikler vardır.[10] Katı ortamda incelendiğinde, bu bakterinin birbirine çok sıkı tutunan kuru, sert kolonileri vardır, gerekirse bir koloninin tamamını çıkarmak, yalnızca bir parça yerine, genellikle daha kolaydır.[10] Ortamda bir değişiklikle farklılaşabilmesine rağmen, kolonilerin rengi genellikle kahverengidir.[12] Her koloninin şekli bir krateri taklit eder, çünkü dış kenarlar yükselir ve merkezde bir çöküntü oluşturur.[10] Her koloninin kenarları dışa doğru çıkıntı yapar ve kolonilerin birbirleriyle temas etmesine izin verir.[10]

Metabolizma

P. stutzeri bir Fakültatif anaerob solunum metabolizmasını kullanan terminal elektron alıcıları oksijen ve nitrojen gibi.[6] Anaerobik olarak yetiştirildiğinde, cins içindeki organizmalar Pseudomonas olarak kabul edilir model organizmalar Çalışmak için denitrifikasyon.[20] Stainer ve çalışma arkadaşları tarafından test edilen suşlar, aşağıdaki alt tabakaları büyütebildi ve kullanabildi: glukonat, D-glikoz D-maltoz, nişasta, gliserol asetat bütirat, izobütirat, isovalerate, propiyonatlı, fumarat, glutarate, glikolat, glioksilat DL-3-hidroksibutirat, itaconate DL-laktat, DL-malat, malonat, oksaloasetat, 2-oksoglutarat, piruvat süksinat D-alanin, D-asparagine, L-glutamat, L-glutamin, L-izolösin, ve L-prolin ve L-alanin-para-nitroanilidin hidrolizi.[6] D-maltoz, nişasta ve EtilenGlikol başkaları tarafından yaygın olarak kullanılmayan karbon kaynaklarıdır psödomonadlar Stainer et. tarafından gösterildiği gibi. al.

Tiyosülfat oksidasyonu

Bazı türleri P. stutzeri kullanıldığı bilinmektedir tiyosülfat inorganik bir enerji kaynağı olarak.[6] 1999'da Sorokin ve ark. al izole ve tanımlanmış yedi suş P. stutzeri nitrit, nitrat veya nitröz oksidi elektron alıcıları olarak kullanabilen oksidasyon tiyosülfat tetratiyonat anaerobik koşullar altında.[21] Tiyosülfatın tetratiyonata oksidasyonu destekleyemez ototrofik sadece bir elektron verdiğinden büyüme, bu nedenle bunu yapan suşlar zorunludur heterotroflar.[21]Tiyosülfat oksidasyonu, oksijenin varlığında veya yokluğunda meydana gelebilir, ancak anaerobik koşullar altında çok daha yavaş meydana gelir.[6]

Fosfit ve hipofosfit oksidasyonu

1998 yılında, Metcalf ve Wolfe bir P. stutzeri indirgenmiş fosfor bileşiklerini oksitleyebilen WM88 suşu, örneğin fosfit ve hipofosfit, fosfata.[22] Hipofosfit kullanan bir organizmayı zenginleştirmek için% 0.4 glikozMOPS 0.5 mM hipofosfit içeren besiyeri, çeşitli toprak ve su ortamlarından inokülüm ile tek fosfor kaynağı olarak kullanıldı.[22] Spesifik olarak, WM88 suşu, süksinat-MOPS ortamında büyütüldüğünde tek fosfor kaynağı olarak fosfiti kullanabilir.[22] Anaerobik olarak yetiştirildiğinde, araştırmacılar P. stutzeri elektron alıcısı olarak nitrat ile hipofosfit oksidasyonu yapamaz.[22] Bununla birlikte, fosfit oksidasyonu benzer koşullar altında etkilenmez.[22]

Hidrokarbon bozunması

Alifatik hidrokarbon bozunması

1913'te bir tür P. stutzeri bir ayrıştırıcı olarak tanımlanan ilk mikroorganizmalardan biriydi Alkanlar.[23] Diğerleri hakkında literatürde fazla bilgi yoktur. alifatik hidrokarbon aşağılayıcı suşları P. stutzeri, ancak KC suşu, potansiyel biyoteknolojik uygulamaları nedeniyle kapsamlı bir şekilde çalışılmıştır.[6] KC suşu, bir akifer ve dönüşebilir karbon tetraklorür karbondioksit, format ve diğer daha az tehlikeli ürünler.[6] Karbon tetraklorür toprakta ve yeraltı sularında kirletici olabilir,[6] ve göre Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (CDC) uzun süre maruz kalan kişilerde böbrek hasarına ve hatta ölüme neden olabilir.[24] Biyoteknolojik amaçlar için, KC suşu, karbon tetraklorürü mineralize edebilir; yerinde karbon tetraklorür ile kirlenmiş akiferlerin iyileştirilmesi.[6]

Aromatik hidrokarbon bozunması

Gibi aromatik bileşikler benzen doğadaki doğal prevalanslarına rağmen çevresel kirletici olarak kabul edilmektedir.[6] P16 suşu P. stutzeri bir polisiklik aromatik hidrokarbon (PAH) bozunan bakteri[6] kreozotla kirlenmiş topraktan bir fenantren zenginleştirme kültürü.[25] Tek karbon ve enerji kaynağı olarak P16 türü fenantren kullanarak büyüyebilir, floren, naftalin, ve metilnaftalenler.[26] Anyonik yüzey aktif madde Tergitol NP10 ve fenantren ile birlikte, P16 suşunun etkilerine bakmak için bir model olduğu önerilmiştir. yüzey aktif maddeler sulu olmayan hidrokarbon biyoyararlanımı üzerinde.[6]

Genomik

Bu bakterinin dahil edilmesi Pseudomonas cins, DNA-DNA hibridizasyonu ve benzerlik karşılaştırmaları ile doğrulanmıştır. rRNA diziler.[27] Dört rrn operonlar ve çoğaltma sitesinin bir kaynağı, P. stutzeri.[27] Suşları P. stutzeri genomovarlar adı verilen ayrı genomik gruplara bölünmüştür.[27] Genomovar kavramı, P. stutzeri genotipik olarak benzer suşları ayırt etmek için.[6] İki suş P. stutzeri DNA-DNA benzerliği en az% 70 benzer ise tek bir genomovar içinde sınıflandırılabilir.[6] Yedi genomovar karakterize edilmiştir ve genom boyutları 3.75-4.64 Mbp arasında değişmektedir.[27] Genomovar genomlarındaki bu farklılıkların neden olduğuna inanılmaktadır. kromozomal yeniden düzenlemeler evrimi sırasında.[27]

GC içeriği genomlarının P. stutzeri suşlar% 60 - 66 mol arasındadır.[16][28] P. stutzeri suşu DSM4166, üzerinde çalışılmış ve spesifik olarak tam olarak% 61,74 GC içeriğine sahip olduğu gösterilen bir suştur. dairesel kromozom.[16] Bu suşun yok gibi görünmesine rağmen plazmid Kromozomu ile koordineli olarak suşun 59 tRNA genine ve 4 rRNA operonuna sahip olduğu düşünülmektedir.[16] Çoklular arasında global genom karşılaştırmaları yaparken P. stutzeri suşları, bu bakterinin genomunun genomik bölgelerinin çoğunun korunmuş değişen suşlar arasında.[17] Değiştiği bulunan suşlardan biri, RCH2 suşudur.[17] Bu suş, bakteriye yardımcı olduğuna inanılan ekstra 244 gene sahiptir. kemotaksis ve her ikisinin oluşumunda pilus ve piruvat / 2-oksoglutarat kompleksi.[17] Bu suş dizilendiğinde, 4.6 Mb dairesel kromozoma ve üç plazmide sahip olduğu bulundu.[17]

Karşılaştırmalı bir genomik ve filogenomik çalışma, 494 tam genomu analiz etti. Pseudomonas cins, 19 tanesi daha geniş P. stutzeri evrimsel grup [28]. Bunlar 19 P. stutzeri Her biri 3342-4524 (ortalama: 4086) protein arasında kodlanmış genomlar, bunların 2080'i grubun tüm üyeleri arasında paylaşılıyor (çekirdek proteinler) [28].

Ekoloji

Aslında, P. stutzeri suşlar, fenotipik olarak benzer bakterilerin sınırlamaları nedeniyle benzer büyüme ortamlarındaki diğer türlerle yanlış tanımlanmıştır. Pseudomonas.[6] P. stutzeri çevrede yaygın olarak bulunur ve çok çeşitli Ekolojik nişler insanlarda fırsatçı bir patojen olarak bulunması dahil.[6] Yaşam alanları ve ekolojisi P. stutzeri Sadece oksidatif metabolizma kullanarak organotrofik veya anaerobik büyüme kabiliyeti nedeniyle değil, aynı zamanda kemolitotrofik özellikleri, metallere direnci, kullanabileceği geniş nitrojen kaynakları ve büyümesini destekleyen sıcaklık aralığı nedeniyle de çeşitlidir.[6]

P. stutzeri genler bulundu rizosfer Bu bakterinin bir nitrojen sabitleyici olarak alaka düzeyini ifade eden toprak bölgesi.[29] Bu bakteri, yağla kirlenmiş toprak ve deniz suyu / tortu örneklerinden izole edilmiştir.[6] Çoğu iken Pseudomonas Deniz ortamlarından izole edilen suşlar, sınıflandırıldıktan sonra sonunda başka bir cinse aktarılır, P. stutzeri olmayan birkaç suştan biridir.[6] Bu suş, NaCl'yi tolere edebilme gereksinimlerini karşılar ve su sütunları içinde Pasifik Okyanusu ve içindeki tortular Akdeniz.[6] Bu deniz türlerinin, naftalin bozunması, kükürt oksidasyonu ve en önemlisi de dahil olmak üzere birçok ekolojik rolü vardır. denitrifikasyon ve diazotrofi (nitrojen fiksasyonu).[6] Ayrıca kanıt var P. stutzeri atık su arıtma tesislerinde.[6] ZoBell, AN10, NF13, MT-1 ve HTA208, deniz ortamlarından izole edilen en önemli suşlardır ve Pasifik Okyanusu'ndaki su sütunları, kirlenmiş Akdeniz deniz çökeltileri gibi yerlerde bulunmuştur. Galapagos yarıkları 2500 metre derinliklerde hidrotermal menfezin yakınında ve Mariana Çukuru 11000 metrede örnekler.[6] Diğer birkaç P. stutzeri gübre, havuz suyu, saman ve humus numuneleri gibi başka yerlerde bile suşlar bulunmuştur.[11]

Alaka düzeyi

Sağlık

Birkaç suş Pseudomonas stutzeri fırsatçı davrandığı tespit edildi patojenler insanlarda.[3] Ancak 1973 yılına kadar P. stutzeri'enfeksiyona neden olma yeteneği bilimsel literatürde tartışma konusu olmaya başladı.[30]Bilinen ilk enfeksiyon, kalıcı bir enfeksiyonla birlikte gözlendi. tibial ameliyat gerektiren kırık.[30] İlk enfeksiyondan beri, P. stutzeri aşağıdakiler dahil çeşitli hastalıkları olan kişilerde enfeksiyonlara neden olabilir: endokardit kemik, göz, deri enfeksiyonları veya idrar yolu, menenjit, Zatürre, artrit ve diğerleri.[3] Hatta bazı hastaların tümörler, enfekte eklem boşlukları ve çökmüş akciğerler.[11] Enfekte olanlar arasında, P. stutzeri suşlar kandan, dışkıdan izole edilmiştir, beyin omurilik sıvısı kulaklar, gözler ve organ sistemleri (ör. solunum ve idrar).[11] Bu bakterinin suşları enfekte hastalarda keşfedildiğinde, bunlara genellikle diğer patojenik mikroplar eşlik eder.[11]

Süre P. stutzeri keşfedildiğinden beri çok sayıda enfeksiyona neden oldu, çok az ölüme neden oldu ve çok daha düşük şiddet diğerine göre derecelendirme Pseudomonas gibi türler Pseudomonas aeruginosa.[6] Bununla birlikte, büyük virülans olmamasına rağmen, bu bakteri, çeşitli türler içerdiğinden, insan sağlığı için hala bir tehdit oluşturmaktadır. antibiyotik direnci mekanizmalar.[3] Aslında, P. stutzeri o kadar çok direnç mekanizmasına sahiptir ki antibiyotiğe dirençli P. stutzeri dışında hemen hemen her antibiyotik ailesi için suşlar keşfedilmiş ve izole edilmiştir. florokinolonlar.[31] Daha üzerinde çalışılmış bazı direnç mekanizmaları şunları içerir: beta-laktamazlar bölünebilen penisilinler, sefalosporinler ve diğer antibiyotik sınıfları ve değişiklik yapma yeteneği lipopolisakkarit ve dış zar protein bileşenleri.[32] Florokinolonlara direnç kazanmak için, gyrA (girdap gen) ve parC(topoizomeraz IV gen) sıklıkla ihtiyaç duyulur, mutasyonlar o kadar yaygın değildir.[31] Sadece bir tür P. stutzerisuş 13'ün, florokinolonlara dirençli olmasına izin veren mutasyonlara sahip olduğu bulunmuştur.[31] Nedeni P. stutzeri suşlar, diğerlerine kıyasla büyük antibiyotik direnci için daha az endişe kaynağıdır. Pseudomonas gibi suşlar P. aeruginosa, muhtemelen suşların daha az yaygın olmasından kaynaklanmaktadır klinik ayarlar ve dolayısıyla daha az sıklıkla antibiyotiklere maruz kalma.[31]

Çevresel

Bazı türleri P. stutzeri ile ilişki kurabilirler kirleticiler ve toksik metaller, örneğin biyositler ve bakterinin bu maddelerin bozunmasını teşvik etmesine izin verecek şekilde yağ türevleri.[6] Bu bakterinin diğer suşları, metal döngüsü gibi temel metallerin korunmasına izin veren metabolik yeteneklere sahiptir. bakır ve Demir ve toksik metallerin bozulması gibi uranyum ve öncülük etmek.[6] Belirli bir suşu P. stutzeri, RCH2 suşu, şu anda potansiyel bir araç olarak incelenmektedir. biyoremediasyon azaltma yeteneği gösterdiği için toprak ve su kaynaklarının altı değerlikli krom bu kirleticinin yüksek olduğu bölgelerde konsantrasyonlar.[17] Diğer birkaç P. stutzeri A15 suşu gibi suşlar, azaltma yeteneği göstermiştir. atmosferik nitrojen bu yüzden bitki büyümesini artırmaya yardımcı olacak ajanlar olarak araştırılıyorlar.[33] Bu suşlar, bu bitkilerin köklerini doğal olarak enfekte ettikleri ve burada yaşadıkları gösterildiğinden, pirinç bitkilerinde kullanılmak üzere özel olarak incelenmektedir.[33] Kökler içinde yaşayarak, P. stutzeri bitkilere ürettikleri indirgenmiş azot bileşiklerini doğrudan tedarik edebilmektedir.[6]

Mikrobiyolojik

Birkaç farklı suş P. stutzeri için yetkin olduğu bulundu doğal genetik dönüşüm.[34] Aynı bireyler arasındaki dönüşüm sıklığı P. stutzeri gerilim tipik olarak yüksektir.[34] Farklı türlerdeki bireyler arasında veya P. stutzeri suşlar ve diğerleri Pseudomonas türler, ancak dönüşüm sıklığı genellikle büyük ölçüde azalır.[34] Son derece dönüştürülebilir bir genom dizisinin tamamı P. stutzeri suş, 28a24 suşu belirlenmiştir ve gözlem için mevcuttur.[35]

Referanslar

  1. ^ Lehmann KB, Neumann R (1896). Atlas und Grundriss der Bakteriologie ve Lehrbuch der speziellen bakteriologischen Diagnostik. München: Lehmann. doi:10.5962 / bhl.title.117384.
  2. ^ Sijderius R (1946). Heterotrof bakterileri, thiosulfaat oxydeeren ölür (Doktora tezi). Amsterdam Üniversitesi. s. 1–146.
  3. ^ a b c d e Park SW, Back JH, Lee SW, Song JH, Shin CH, Kim GE, Kim MJ (Haziran 2013). "Sürekli ayaktan periton diyalizinde periton diyalizi kateteri çıkarılmadan Pseudomonas stutzeri kaynaklı peritonitin başarılı antibiyotik tedavisi". Böbrek Araştırma ve Klinik Uygulama. 32 (2): 81–3. doi:10.1016 / j.krcp.2013.04.004. PMC  4713909. PMID  26877919.
  4. ^ Spires AJ, Buckling A, Rainey PB (Ekim 2000). "Pseudomonas çeşitliliğinin nedenleri". Mikrobiyoloji. 146 (Pt 10) (10): 2345–2350. doi:10.1099/00221287-146-10-2345. PMID  11021911.
  5. ^ Anzai Y, Kim H, Park JY, Wakabayashi H, Oyaizu H (Temmuz 2000). "16S rRNA sekansına dayalı psödomonadların filogenetik bağlantısı". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 50 Pt 4 (4): 1563–1589. doi:10.1099/00207713-50-4-1563. PMID  10939664.
  6. ^ a b c d e f g h ben j k l m n Ö p q r s t sen v w x y z aa ab AC reklam Lalucat J, Bennasar A, Bosch R, García-Valdés E, Palleroni NJ (Haziran 2006). "Pseudomonas stutzeri'nin Biyolojisi". Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri. 70 (2): 510–47. doi:10.1128 / MMBR.00047-05. PMC  1489536. PMID  16760312.
  7. ^ Bennasar A, Rosselló-Mora R, Lalucat J, Moore ER (Ocak 1996). "Pseudomonas stutzeri genomovarlarına göre 16S rRNA gen dizisi analizi ve Pseudomonas balearica sp. Nov'un önerisi". Uluslararası Sistematik Bakteriyoloji Dergisi. 46 (1): 200–5. doi:10.1099/00207713-46-1-200. PMID  8573496.
  8. ^ Wayne LG, Brenner DJ, Colwell RR, Grimont PA, Kandler O, Krichevsky MI, ve diğerleri. (1987). "Bakteriyel sistematiğe yaklaşımların uzlaştırılmasına ilişkin ad hoc komite raporu". Uluslararası Sistematik ve Evrimsel Mikrobiyoloji Dergisi. 37 (4): 463–464. doi:10.1099/00207713-37-4-463.
  9. ^ Burri R, Stutzer A (1895). "Ueber Nitrat zerstoürende Bakterien und den durch dieselben bedingten Stickstoffverlust". Zentbl. Bakteriol. Parasitenkd. Abt. II. 1: 257–265, 350–364, 392–398, 422–432.
  10. ^ a b c d e f g h ben j k l m Van Niel CB, Allen MB (1952). "Pseudomonas Stutzeri Üzerine Bir Not". Bakteriyoloji Dergisi. 64 (3): 413–422. doi:10.1128 / jb.64.3.413-422.1952. ISSN  0021-9193.
  11. ^ a b c d e Lapage SP, Hill LR, Reeve JD (Kasım 1968). "Patolojik materyalde Pseudomonas stutzeri". Tıbbi Mikrobiyoloji Dergisi. 1 (2): 195–202. doi:10.1099/00222615-1-2-195. PMID  5747915.
  12. ^ a b c d Stanier RY, Palleroni NJ, Doudoroff M (Mayıs 1966). "Aerobik psödomonadlar: taksonomik bir çalışma". Genel Mikrobiyoloji Dergisi. 43 (2): 159–271. doi:10.1099/00221287-43-2-159. PMID  5963505.
  13. ^ a b c d Sommer M, Xie H, Michel H (Eylül 2017). "Pseudomonas stutzeri, membran proteinleri için alternatif bir konakçı olarak". Mikrobiyal Hücre Fabrikaları. 16 (1): 157. doi:10.1186 / s12934-017-0771-0. PMC  5607611. PMID  28931397.
  14. ^ Seip B, Galinski EA, Kurz M (Şubat 2011). "Pseudomonas stutzeri ectABCD-ask gen kümesine dayalı doğal ve tasarlanmış hidroksektoin üretimi". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 77 (4): 1368–74. doi:10.1128 / AEM.02124-10. PMC  3067233. PMID  21169432.
  15. ^ Graupner S, Wackernagel W (Nisan 2001). "Pseudomonas stutzeri, doğal genetik dönüşüm üzerinde zıt etkilere sahip iki yakından ilişkili pilA genine (Tip IV pilus yapısal proteini) sahiptir". Bakteriyoloji Dergisi. 183 (7): 2359–66. doi:10.1128 / JB.183.7.2359-2366.2001. PMC  95145. PMID  11244078.
  16. ^ a b c d e f g Yu H, Yuan M, Lu W, Yang J, Dai S, Li Q, ve diğerleri. (Temmuz 2011). "Azot sabitleyen ve rizosferle ilişkili bakterinin tam genom dizisi Pseudomonas stutzeri suşu DSM4166". Bakteriyoloji Dergisi. 193 (13): 3422–3. doi:10.1128 / jb.05039-11. PMC  3133286. PMID  21515765.
  17. ^ a b c d e f g h ben Chakraborty R, Woo H, Dehal P, Walker R, Zemla M, Auer M, ve diğerleri. (2017). "Hexavalent Chromium [Cr (VI)] kontamine sahadan izole edilmiş Pseudomonas stutzeri suşu RCH2". Genomik Bilimlerde Standartlar. 12 (1): 23. doi:10.1186 / s40793-017-0233-7. PMC  5299692. PMID  28194258.
  18. ^ Chakraborty R, Braun V, Hantke K, Cornelis P (2013). E. coli ve Pseudomonas ağırlıklı bakterilerde demir alımı. Dordrecht: Springer.
  19. ^ Reasoner DJ, Geldreich EE (Ocak 1985). "İçme suyundan bakteri sayımı ve alt kültürü için yeni bir ortam". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 49 (1): 1–7. doi:10.1128 / AEM.49.1.1-7.1985. PMC  238333. PMID  3883894.
  20. ^ Zumft WG (1997). "Hücre biyolojisi ve denitrifikasyonun moleküler temeli". Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri. 61 (4): 533–616. doi:10.1128/.61.4.533-616.1997. PMC  232623. PMID  9409151.
  21. ^ a b Sorokin DY, Teske A, Robertson LA, Kuenen JG (Ekim 1999). "Tiyosülfatın Pseudomonas stutzeri grubuna ait zorunlu heterotrofik bakteriler tarafından tetratiyonata anaerobik oksidasyonu". FEMS Mikrobiyoloji Ekolojisi. 30 (2): 113–123. doi:10.1111 / j.1574-6941.1999.tb00640.x. PMID  10508936.
  22. ^ a b c d e Metcalf WW, Wolfe RS (Kasım 1998). "Pseudomonas stutzeri WM88 ile fosfit ve hipofosfit oksidasyonunun moleküler genetik analizi". Bakteriyoloji Dergisi. 180 (21): 5547–58. doi:10.1128 / JB.180.21.5547-5558.1998. PMC  107611. PMID  9791102.
  23. ^ Söhngen NL (1913). "Benzin, petrol, parafinöl ve parafin ve kohlenstoff-und energiequelle für mikroben". Zentralbl. Bakteriol. Parasitenk. 37: 595–609.
  24. ^ "Karbon tetraklorür".
  25. ^ Stringfellow WT, Aitken MD (Haziran 1994). "Kreozotla kontamine olmuş bir topraktan izole edilmiş iki farklı psödomonad tarafından fenantren bozunmasının karşılaştırmalı fizyolojisi". Kanada Mikrobiyoloji Dergisi. 40 (6): 432–8. doi:10.1139 / m94-071. PMID  8050063.
  26. ^ Stringfellow WT, Aitken MD (Ocak 1995). "Fenantren parçalayan psödomonadlar tarafından naftalin, metilnaftalen ve florenin rekabetçi metabolizması". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 61 (1): 357–62. doi:10.1128 / AEM.61.1.357-362.1995. PMC  167289. PMID  7887615.
  27. ^ a b c d e Ginard M, Lalucat J, Tümmler B, Römling U (Ocak 1997). "Pseudomonas stutzeri'nin genom organizasyonu ve bunun sonucunda taksonomik ve evrimsel düşünceler". Uluslararası Sistematik Bakteriyoloji Dergisi. 47 (1): 132–43. doi:10.1099/00207713-47-1-132. PMID  8995815.
  28. ^ a b c Nikolaidis, Marios; Mossialos, Dimitris; Oliver, Stephen G .; Amoutzias, Grigorios D. (2020-07-24). "Pseudomonas Ana Evrim Grupları arasında Çekirdek Proteomların Karşılaştırmalı Analizi, Pseudomonas aeruginosa ve Pseudomonas chlororaphis için Türe Özgü Uyarlamaları Ortaya Çıkarıyor". Çeşitlilik. 12 (8): 289. doi:10.3390 / d12080289. ISSN  1424-2818.
  29. ^ Demba Diallo M, Willems A, Vloemans N, Cousin S, Vandekerckhove TT, de Lajudie P, ve diğerleri. (Nisan 2004). "Polimeraz zincir reaksiyonu denatüre edici gradyan jel elektroforez analizi, Senegal'in kuru kesiminde Acacia tortilis ssp. Raddiana ve Balanites aegyptiaca altında topraktaki N2 sabitleyici bakteri çeşitliliğinin". Çevresel Mikrobiyoloji. 6 (4): 400–15. doi:10.1111 / j.1462-2920.2004.00577.x. PMID  15008817.
  30. ^ a b Gilardi GL, Mankin HJ (Aralık 1973). "Pseudomonas stutzeri'ye bağlı enfeksiyon". New York Eyaleti Tıp Dergisi. 73 (23): 2789–91. PMID  4520361.
  31. ^ a b c d Rodríguez-Martínez JM, Poirel L, Al Naiemi N, Debets-Ossenkopp YJ, Nordmann P (Şubat 2010). "Bir klinik Pseudomonas stutzeri izolatında florokinolon direncinin karakterizasyonu". Antimikrobiyal Kemoterapi Dergisi. 65 (2): 366–7. doi:10.1093 / jac / dkp441. PMID  20008448.
  32. ^ Tattawasart U, Maillard JY, Furr JR, Russell AD (Temmuz 1999). "Pseudomonas stutzeri'de klorheksidin diasetat ve setilpiridinyum klorüre direnç gelişimi ve antibiyotik duyarlılığında değişiklikler". Journal of Hospital Infection. 42 (3): 219–29. doi:10.1053 / jhin.1999.0591. PMID  10439995.
  33. ^ a b Desnoues N, Lin M, Guo X, Ma L, Carreño-Lopez R, Elmerich C (Ağustos 2003). "Pirinçle ilişkili bir Pseudomonas stutzeri suşunda azot fiksasyon genetiği ve regülasyonu". Mikrobiyoloji. 149 (Pt 8): 2251–2262. doi:10.1099 / mic.0.26270-0. PMID  12904565.
  34. ^ a b c Lorenz MG, Sikorski J (Aralık 2000). "Doğal genetik dönüşüm yoluyla tür içi yatay gen değişimi potansiyeli: Pseudomonas stutzeri genomovarları arasında cinsel izolasyon". Mikrobiyoloji. 146 Pt 12: 3081–3090. doi:10.1099/00221287-146-12-3081. PMID  11101666.
  35. ^ Smith BA, Dougherty KM, Baltrus DA (Haziran 2014). "Yüksek Derecede Dönüştürülebilir Pseudomonas stutzeri Suş 28a24'ün Tam Genom Dizisi". Genom Duyuruları. 2 (3). doi:10.1128 / genomea.00543-14. PMC  4047452. PMID  24903873.

Dış bağlantılar