Kök mikrobiyomu - Root microbiome - Wikipedia

Yukarıdaki şekilde atmosferden gelen güneş ışığı ve karbondioksit bitkideki yapraklar tarafından emilerek sabit karbona dönüştürülür. Bu karbon, bazılarının yapraklara geri döndüğü bitkinin köklerine doğru ilerler. Köke giden sabit karbon, mikropların onu büyümek için yiyecek olarak kullandıkları çevreleyen toprağa dışarı doğru yayılır. Buna karşılık, mikroplar bitki köküne yapışarak köklerin besin maddelerine erişimini ve çevresel stres ve patojenlere karşı direncini geliştirir. Spesifik bitki / kök simbiyotik ilişkilerinde, bitki kökü, mikroplar tarafından algılanan toprağa flavonoidler salgılar; burada bu mikroplar, bitki kökünde enfeksiyonu teşvik eden düğüm faktörlerini salgılar. Bu benzersiz mikroplar, bitkiye besin sağlayan kök nodüllerinde nitrojen fiksasyonu gerçekleştirir.

kök mikrobiyom (rizosfer mikrobiyomu da denir) dinamiktir topluluk nın-nin mikroorganizmalar bitki ile ilişkili kökler.[1] Bitki kökleri, çeşitli karbon bileşikleri bakımından zengin olduklarından, toprak mikroorganizmalarının çeşitli toplulukları için benzersiz ortamlar sağlar. bakteri, mantarlar ve Archaea. Kök içindeki ve kök içindeki mikrobiyal topluluklar rizosfer birbirinden farklı[2] ve mikrobiyal topluluklardan toprak,[3] bir miktar örtüşme olmasına rağmen Türler kompozisyon.

Hem yararlı hem de zararlı farklı mikroorganizmalar bitkilerin gelişimini ve fizyolojisini etkiler. Yararlı mikroorganizmalar arasında azotu sabitleyen, bitki büyümesini destekleyen bakteriler, mikorizal mantarlar, mikoparazitik mantarlar, protozoa ve belirli biyo-kontrol mikroorganizmaları bulunur.[1] Patojenik mikroorganizmalar ayrıca rizosferi kolonize edebilen belirli bakterileri, patojenik mantarları ve belirli nematodları da kapsar. Patojenler, koruyucu mikroplarla rekabet edebilir ve doğuştan gelen bitki savunma mekanizmalarını kırabilir.[1] Bitki hastalıklarına neden olan mikropların yanı sıra, patojenik olan ve insanlara taşınabilen bazı bakteriler, örneğin Salmonella, enterohaemorhagic Escherichia coli, Burkholedria (ceno) cepacia, Pseudomonas aeruginosa, ve Stenotrophomonas maltophilia ayrıca kökle ilişkili mikrobiyomda ve bitki dokularında da tespit edilebilir.[1]

Kök mikrobiyotası bitkiyi etkiler ev sahibi Fitness ve üretkenlik bir çok yoldan. Kök mikrobiyomunun üyeleri, bitki şekerlerinden veya karbon açısından zengin diğer moleküllerden yararlanır. Kök mikrobiyomunun bireysel üyeleri, farklı bitki konakçılarıyla birlikte farklı şekilde davranabilir,[4] veya etkileşimlerinin doğasını değiştirebilir ( karşılıklı-parazit sürekliliği ) çevresel koşullar veya ev sahibi sağlık değişikliği olarak tek bir ana bilgisayar içinde.[5]

Kök mikrobiyomunun potansiyel önemine rağmen bitkiler ve ekosistemler Kök mikrobiyal toplulukların nasıl bir araya geldiğine dair anlayışımız henüz emekleme aşamasında.[6][7] Bu kısmen, son gelişmelere kadar sıralama teknolojiler, kök mikropların yüksek olması nedeniyle çalışmak zordu türlerin çeşitliliği çok sayıda şifreli türler ve çoğu türün henüz geri kazanılmadığı gerçeği kültür.[8] Kanıt ikisini de gösteriyor biyotik (ev sahibi kimliği ve bitki komşusu gibi) ve abiyotik (gibi toprak yapısı ve besin bulunabilirliği) faktörleri topluluk kompozisyonunu etkiler.[9][10][11][12][13]

Fonksiyon

Ortakyaşam türleri

Kök ilişkili mikroplar şunları içerir: mantarlar, bakteri, ve Archaea. Ek olarak, diğer organizmalar virüsler, yosun, protozoa, nematodlar ve eklembacaklılar kök mikrobiyotasının bir parçasıdır.[1] Symbionts bitki kökleriyle ilişkili fotosentetik bitki ev sahibinden ürünler (karbon açısından zengin moleküller) ve ürünün herhangi bir yerinde bulunabilirler. mutualist / asalak süreklilik.

Kök ortakyaşamlar, ev sahiplerinin şunlara erişimini artırabilir: besinler,[14][15][16] üretmek bitki büyüme düzenleyicileri,[17] geliştirmek çevresel stres ev sahibinin hoşgörüsü,[18][19][20] ana bilgisayarı teşvik etmek savunma ve sistemik direnç zararlılara veya patojenlere karşı,[21][22][23] veya ol patojenik.[24] Parazitler, herhangi bir fayda sağlamadan tesisten karbon tüketir veya karbonda maliyetlerine göre çok az fayda sağlar ve böylece konakçı uygunluğundan ödün verir. Symbionts biyotrofik (canlı dokudan oluşan) veya nekrotrofik (ölü dokudan oluşan) olabilir.

Karşılıklı-parazit süreklilik

Bazı mikroplar tamamen karşılıklı veya parazit çoğu, ilişkili olduğu konakçı türe, çevresel koşullara ve konakçı sağlığına bağlı olarak şu veya bu şekilde davranabilir.[4] Bir konağın bağışıklık tepkisi ortakyaşam enfeksiyonunu ve büyüme oranlarını kontrol eder.[4] Bir ev sahibinin bağışıklık tepkisi belirli bir mikrobiyal türü kontrol edemiyorsa veya konukçu bağışıklığı tehlikeye atılırsa, mikrop-bitki ilişkisi muhtemelen mutualist-parazit sürekliliğinin parazitik tarafına daha yakın bir yerde olacaktır. Benzer şekilde, yüksek besinler, bazı mikropları parazitik davranışa itebilir ve besin alımına yardımcı olmak için simbiyontlara artık ihtiyaç duyulmadığı bir zamanda kontrolsüz büyümeyi teşvik edebilir.[4]

Kompozisyon

Kökler tarafından kolonize edilir mantarlar, bakteri ve Archaea. Çünkü onlar çok hücreli mantarlar uzayabilir hif konakçı hücrelerdeki besin değişim organlarından çevreleyen rizosfer ve toplu toprağa. Kök yüzeyinin ötesine uzanan ve bitki konukçusuyla besin-karbon alışverişine giren mantarlar, genellikle mikorizal, ancak dış hifler ayrıca diğerlerini de içerebilir endofitik mantarlar. Mikorizal mantarlar, büyük bir mesafeyi toplu toprağa yayabilir,[5] böylelikle kök sisteminin erişimini ve yüzey alanını artırarak mikorizal mantarların ev sahibi bitkinin besinlerinin büyük bir yüzdesini almasını sağlar. Bazı ekosistemlerde, bitki azotunun% 80'i ve bitki fosforunun% 90'ı mikorizal mantarlar tarafından elde edilir.[14] Bunun karşılığında bitkiler karbonlarının ~% 20-40'ını mikorizalara tahsis edebilirler.[25]

Mantarlar

Mikorizalar

Ana makale: Mikoriza

Mikorizal (Yunanca) kelime anlamıyla "mantar kökleri" anlamına gelir ve bitkiler ile mantarlar arasındaki simbiyotik etkileşimi tanımlar. Mantarlar, organik materyalin ayrıştırılması ve geri dönüştürülmesi için önemlidir, ancak mantarların patojenik ve simbiyotik yaşam tarzları arasındaki sınırlar her zaman net değildir. Çoğu zaman bu ilişki, topraktan besin ve su alımını iyileştiren veya bitkinin ürettiği karbonhidratlardan faydalanan mantar ve stres toleransını artıran mantar ile simbiyotiktir.[26] Mikorizalar, kolonizasyon modu ile karakterize edilen çok çeşitli kök-mantar etkileşimleri içerir. Esasen tüm bitkiler mikorizal birlikler oluşturur ve bazı mikorizaların karbon ve diğer besin maddelerini sadece topraktan bitkiye değil, aynı zamanda bir manzaradaki farklı bitkiler arasında taşıdığına dair kanıtlar vardır.[5] Ana gruplar şunları içerir: ektomikorizalar, arbusküler mikorizalar, ericoid mikorizalar, orkide mikorizaları, ve monotropoid mikorizalar. Monotropoid mikorizalar, Monotropaceae eksik olan klorofil. Birçok Orkide ayrıca yaşam döngülerinin en azından bir kısmı boyunca aklorofildir. Dolayısıyla bu mikorizal bitki ilişkileri benzersizdir çünkü mantar konağa karbon ve diğer besinleri sağlar, genellikle diğer bitkileri parazite ederek.[5] Bu tür mikorizal dernekleri oluşturan aklorofilli bitkilere denir. mikoheterotroflar.

Endofitler

Ana makale: Endofit

Endofitler bitki dokularının içinde büyür - kökler, gövdeler, yapraklar - çoğunlukla semptomsuzdur, ancak bitki yaşlandıklarında biraz patojen olabilirler.[26] Hücreler arası boşlukları, kök hücrelerin kendilerini veya her ikisini birden kolonize edebilirler. Rhizobia ve koyu bölmeli endofitler (hangi üretir melanin, bir antioksidan çeşitli çevresel streslere karşı direnç sağlayabilen[27]) ünlü örneklerdir.[kaynak belirtilmeli ]

Bakteri

Kökleri çevreleyen toprak bölgesi, bitkiler tarafından salınan besin maddelerinde ritchtir ve bu nedenle hem faydalı hem de patojenik bakteriler için çekici bir büyüme ortamıdır. Kök ile ilişkili faydalı bakteriler, bitki büyümesini destekler ve patojenlerden koruma sağlar. Çoğunlukla rizobakteriler ait Proteobakteriler ve Firmicutes birçok örnekle Pseudomonas ve Bacillus cins.[1] Rhizobium türler nodül yapılarını oluşturan baklagil köklerini kolonize eder. Kök salgılarına yanıt olarak, rizobi ​​üretir Nod sinyal faktörleri baklagiller tarafından tanınan ve bitki köklerinde nodül oluşumuna neden olan.[28] Bu yapılar içerisinde Rhizobium, bitkiyi azot kaynağı ile kanıtlayan nitrojen fiksasyonu gerçekleştirir. Buna karşılık bitkiler, nitrojen fiksasyonuna enerji vermek için bakterilere karbon kaynağı sağlar.[29][30] Azot fiksasyonuna ek olarak, Azospirillum türler, büyüme üretimi yoluyla bitki büyümesini teşvik eder fitohormonlar (Oksinler, sitokininler, Gibberellins ). Bu fitohormonlar sayesinde kök kılları genişleyerek daha geniş bir alanı kaplar ve su ve besin maddelerini daha iyi alır.[29][31] Bitkileri enfekte eden patojenik bakteriler, bitki köklerini enfekte eder. Pectobacterium, Ralstonia, Dickeya ve Agrobacterium cins. En kötü şöhretli olanlar arasında Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Ralstonia solanacearum, Dickeya dadanthi, Dickeya solani ve Agrobacterium tumefaciens.

Bakteriler, iki aşamalı belirli bir iki fazlı mekanizmada köklere bağlanır - önce zayıf, spesifik olmayan bağlanma ve ardından ikinci - güçlü geri dönüşü olmayan ikamet fazına geçer. Hem yararlı hem de patojenik bakteriler bu şekilde bağlanır. Bakteriler dış yüzeye bağlı kalabilir veya bazı endofitler veya patojenler iç kökü kolonize edebilir.[29] Birincil bağlanma, kimyasal kuvvetler veya pili veya pili gibi belirli hücre dışı yapılar tarafından yönetilir. kamçı. İkincil bağlanma esas olarak senteziyle karakterize edilir selüloz, hücre dışı fibriller ve bakterilerin toplanmasına ve koloniler oluşturmasına yardımcı olan yüzey proteinleri gibi spesifik bağlanma faktörleri.[29]

Archaea

Ana makale: Archaea

Archaea geleneksel olarak şöyle düşünülse de ekstremofiller aşırı ortamlara ait mikroplar, metagenomik ve gen sıralaması Kök mikrobiyomu da dahil olmak üzere hemen hemen her ortamda bulunan arkelerin her yerde bulunduğunu ortaya koymaktadır.[8][32][33][34][35][36] Örneğin, kökte kolonileşen arkealar keşfedilmiştir. mısır,[33] pirinç,[37] buğday,[34] ve mangrovlar.[38] Metanojen ve amonyum oksitleyici arkeler, özellikle kök mikrobiyomunun yaygın üyeleridir. anaerobik topraklar ve sulak alanlar.[32][39][40][41] Archaeal filum kök mikrobiyomunda bulunan Euryarchaeota,[32][40][42] Thaumarchaeota,[32][42] ve Crenarchaeota.[40]

Çeşitli ortamlarda arkelerin varlığı ve görece bolluğu, bunların kök mikrobiyomunda muhtemelen önemli bir rol oynadıklarını göstermektedir.[32] Archaea'nın bitki büyümesini ve gelişimini teşvik ettiği, stres toleransı sağladığı, besin alımını iyileştirdiği ve patojenlere karşı koruduğu bulunmuştur.[32][36][43] Örneğin, Arabidopsis thaliana amonyak oksitleyici toprak arkeleriyle kolonize, Nitrosocosmicus oleophilius, artan sürgün ağırlığı, fotosentetik aktivite ve bağışıklık tepkisi sergiledi.[43]

Topraktaki ve köklerdeki mikrobiyal toplulukların incelenmesi, arkeal organizmaları ve benzer işlevleri işgal eden genleri tespit eder. bakteri ve mantarlar, gibi Oksin sentez, karşı koruma abiyotik stres ve nitrojen fiksasyonu.[36][44] Bazı durumlarda, bitki büyümesi ve gelişimi için anahtar genler, örneğin metabolizma ve hücre çeperi sentez, arkelerde bakterilerden daha yaygındır.[36]

Kök mikrobiyomundaki arkeolojik mevcudiyet, arkael toplulukların çeşitliliğini, varlığını ve sağlığını değiştirebilen bitki konakçılarından da etkilenebilir.[8][38][45]

Virüsler

Virüsler ayrıca bitkileri kökler yoluyla da enfekte eder, ancak kök dokulara nüfuz etmek için tipik olarak nematodlar veya mantarlar gibi vektörler kullanırlar.[1]

Montaj mekanizmaları

Tek tek mikropları bir araya getirmekten hangi mekanizmaların sorumlu olduğuna dair devam eden bir tartışma var. topluluklar. Rekabet eden iki temel hipotez vardır. Birincisi, "her şey her yerdedir, ancak çevre seçer" anlamı biyotik ve abiyotik faktörler tek kısıtlamayı oluşturur. Doğal seçilim hangi mikropların neyi kolonize ettiği ortamlar. Bu denir niş hipotez ve muadili, mesafe ve coğrafi engeller gibi tarafsız süreçlerin dağılma mikrobiyal topluluk toplanmasını kontrol edin. takson eşit derecede Uygun bir ortam içinde. Bu hipotezde, farklı ortamlardaki mikrobiyal topluluklardaki farklılıkları, modlardaki ve dağılımdaki bireysel taksonlar arasındaki farklılıklar açıklamaktadır.[7] Büyük olasılıkla, hem doğal seçilim hem de nötr süreçler, mikrobiyal topluluk birleşimini etkiler, ancak bazı mikrobiyal taksonlar, fizyolojik kısıtlamalarına ve dağılım tarzlarına bağlı olarak bir işlem veya diğeri tarafından daha fazla kısıtlanabilir.[7]

Mikrobiyal yayılma mekanizmaları arasında rüzgar, su ve daha hareketli makrolarda otostop yer alır. Mikrobiyal dispersiyonun incelenmesi zordur ve abiyotik ve biyotik montaj mekanizmalarının etkisine göre mikrobiyal topluluk montajı üzerindeki etkisi hakkında çok az şey bilinmektedir.[7] özellikle köklerde. Bu nedenle, yalnızca niş hipotezine uyan montaj mekanizmaları aşağıda tartışılmıştır.

Kök mikrobiyal topluluklar içindeki taksonlar çevreleyen topraktan çekiliyor gibi görünse de, çeşitli taksonların görece bolluğu, benzersiz olması nedeniyle dökme toprakta bulunanlardan büyük ölçüde farklı olabilir. nişler kök ve rizosferde.[8]

Biyotik montaj mekanizmaları

Kökün farklı kısımları, farklı mikrobiyal topluluklarla ilişkilidir. Örneğin, ince kökler, kök ipuçları ve ana kök farklı topluluklarla ilişkilidir,[8][46] ve rizosfer, kök yüzeyi ve kök dokusunun hepsi farklı topluluklarla ilişkilidir,[2][3] muhtemelen bu bölgelerin her birinin benzersiz kimyası ve besin durumu nedeniyle. Ek olarak farklı bitki türleri ve hatta farklı çeşitler, farklı mikrobiyal toplulukları barındırır,[9][10][46] muhtemelen konakçıya özgü bağışıklık tepkileri nedeniyle[4] ve karbon kökü sızıntılarındaki farklılıklar.[47] Konak yaşı, muhtemelen konakçı kimliği ile benzer nedenlerden dolayı kök mikrobiyal topluluk kompozisyonunu etkiler.[8] Komşu bitki örtüsünün kimliğinin, bir konakçı bitkinin kök mikrobiyal topluluk kompozisyonunu etkilediği de gösterilmiştir.[9][10][48][49]

Abiyotik montaj mekanizmaları

Abiyotik mekanizmalar ayrıca kök mikrobiyal topluluk birleşimini de etkiler[9][10][11][12][13] çünkü bireysel taksonlar, çeşitli çevresel gradyanlar, besin konsantrasyonları, pH, nem, sıcaklık vb. gibi kimyasal ve iklimsel faktörlere ek olarak, toprak yapısı ve rahatsızlık kök biyotik birleşimini etkiler.[8]

Halefiyet

Kök mikrobiyomu dinamiktir, biyotik ve abiyotik ortamın getirdiği kısıtlamalar dahilinde akışkandır. De olduğu gibi makroekolojik sistemleri, mikrobiyotik topluluğun tarihsel yörüngesi, mevcut ve gelecekteki topluluğu kısmen belirleyebilir. Mikrobiyal taksonlar arasındaki antagonistik ve karşılıklı etkileşimler nedeniyle, herhangi bir anda bir kökü kolonileştiren taksonların, hangi yeni taksonların elde edildiğini ve dolayısıyla topluluğun konakçı veya ortamdaki değişikliklere nasıl tepki vereceğini etkilemesi beklenebilir.[7] İlk topluluğun mikrobiyal üzerindeki etkisi halefiyet çeşitli çevre örneklerinde çalışılmıştır, insan mikrobiyomu ve laboratuvar ortamları, henüz kökler üzerinde çalışılmamıştır.

Referanslar

  1. ^ a b c d e f g Mendes R, Garbeva P, Raaijmakers JM (Eylül 2013). "Rizosfer mikrobiyomu: bitki yararlı, bitki patojenik ve insan patojen mikroorganizmalarının önemi". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 37 (5): 634–63. doi:10.1111/1574-6976.12028. PMID  23790204.
  2. ^ a b Gottel NR, Castro HF, Kerley M, vd. (Eylül 2011). "Populus'un endosferindeki ve rizosferindeki farklı mikrobiyal topluluklar, farklı toprak türleri boyunca kökleri deltoides". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 77 (17): 5934–44. doi:10.1128 / AEM.05255-11. PMC  3165402. PMID  21764952.
  3. ^ a b Nguyen C (2009), "Organik C'nin Bitki Tarafından Köksaplanması: Mekanizmalar ve Kontroller", Sürdürülebilir tarım, s. 97–123, doi:10.1007/978-90-481-2666-8_9, ISBN  978-90-481-2665-1
  4. ^ a b c d e Kogel KH, Franken P, Hückelhoven R (Ağustos 2006). "Endofit veya parazit - ne karar verir?". Bitki Biyolojisinde Güncel Görüş. 9 (4): 358–63. doi:10.1016 / j.pbi.2006.05.001. PMID  16713330.
  5. ^ a b c d Smith SE, DJ'i okuyun (2010). Mikorizal simbiyoz (3. baskı). New York, NY: Academic Press. ISBN  978-0-08-055934-6.[sayfa gerekli ]
  6. ^ Kristin A, Miranda H (2013). "Kök mikrobiyotası - topraktaki parmak izi mi?". Bitki ve Toprak. 370 (1–2): 671–86. doi:10.1007 / s11104-013-1647-7. S2CID  14961515.
  7. ^ a b c d e Nemergut DR, Schmidt SK, Fukami T, O'Neill SP, Bilinski TM, Stanish LF, Knelman JE, Darcy JL, Lynch RC, Wickey P, Ferrenberg S (Eylül 2013). "Mikrobiyal topluluk birleştirme kalıpları ve süreçleri". Mikrobiyoloji ve Moleküler Biyoloji İncelemeleri. 77 (3): 342–56. doi:10.1128 / MMBR.00051-12. PMC  3811611. PMID  24006468.
  8. ^ a b c d e f g Buée M, De Boer W, Martin F, van Overbeek L, Jurkevitch E (2009). "Rizosfer hayvanat bahçesi: Fajlar, bakteriler, arkeler ve mantarlar dahil bitkilerle ilişkili mikroorganizma topluluklarına ve bunların bazı yapılandırma faktörlerine genel bir bakış". Bitki ve Toprak. 321 (1–2): 189–212. doi:10.1007 / s11104-009-9991-3. S2CID  45768977.
  9. ^ a b c d Dean SL, Farrer EC, Taylor DL, Porras-Alfaro A, Suding KN, Sinsabaugh RL (Mart 2014). "Azot birikimi, bitki-mantar ilişkilerini değiştirir: yer altı dinamiklerini yer üstü bitki örtüsü değişimine bağlayarak". Moleküler Ekoloji. 23 (6): 1364–78. doi:10.1111 / mec.12541. PMID  24112704. S2CID  15540300.
  10. ^ a b c d Dean SL, Farrer EC, Porras-Alfaro A, Suding KN, Sinsabaugh RL (2014). "Kök ile ilişkili bakteri topluluklarının birleşmesi: abiyotik ve biyotik faktörler arasındaki etkileşimler". Çevresel Mikrobiyoloji Raporları. 7 (1): 102–110. doi:10.1111/1758-2229.12194. PMID  25870878.
  11. ^ a b Hardoim PR, Andreote FD, Reinhold-Hurek B, Sessitsch A, van Overbeek LS, van Elsas JD (Temmuz 2011). "Pirinç kökü ile ilişkili bakteriler: 10 çeşitte topluluk yapılarına ilişkin bilgiler". FEMS Mikrobiyoloji Ekolojisi. 77 (1): 154–64. doi:10.1111 / j.1574-6941.2011.01092.x. PMC  4339037. PMID  21426364.
  12. ^ a b Egerton-Warburton, Louise M .; Johnson, Nancy Collins; Allen, Edith B. (Kasım 2007). "Azot Gübrelemesini Takip Eden Mikorizal Topluluk Dinamikleri: Beş Çayırda Çapraz Alan Testi". Ekolojik Monograflar. 77 (4): 527–44. doi:10.1890/06-1772.1. JSTOR  27646105.
  13. ^ a b Tedersoo L, Bahram M, Toots M, Diédhiou AG, Henkel TW, Kjøller R, Morris MH, Nara K, Nouhra E, Peay KG, Põlme S, Ryberg M, Smith ME, Kõljalg U (Eylül 2012). "Ektomikorizal mantarların çeşitliliği ve topluluk yapısındaki küresel modellere doğru". Moleküler Ekoloji. 21 (17): 4160–70. doi:10.1111 / j.1365-294X.2012.05602.x. PMID  22568722.
  14. ^ a b van der Heijden MG, Bardgett RD, van Straalen NM (Mart 2008). "Görünmeyen çoğunluk: karasal ekosistemlerde bitki çeşitliliği ve üretkenliğinin itici gücü olarak toprak mikropları". Ekoloji Mektupları. 11 (3): 296–310. doi:10.1111 / j.1461-0248.2007.01139.x. PMID  18047587.
  15. ^ Marschner P, Crowley D, Rengel Z (2011). "Mikroorganizmalar ve bitkiler arasındaki rizosfer etkileşimleri, kök ekseni boyunca demir ve fosfor alımını yönetir - model ve araştırma yöntemleri". Toprak Biyolojisi ve Biyokimyası. 43 (5): 883–94. doi:10.1016 / j.soilbio.2011.01.005.
  16. ^ Green LE, Porras-Alfaro A, Sinsabaugh RL (Eylül 2008). "Azot ve Karbon Translokasyonu Çöl Çayırında Biyotik Kabuk ve Çim Üretimini Entegre Eder". Journal of Ecology. 96 (5): 1076–85. doi:10.1111 / j.1365-2745.2008.01388.x. JSTOR  20143553.
  17. ^ Lugtenberg B, Kamilova F (2009). "Bitki büyümesini destekleyen rizobakteriler". Mikrobiyolojinin Yıllık İncelemesi. 63: 541–56. doi:10.1146 / annurev.micro.62.081307.162918. PMID  19575558.
  18. ^ Mandal, Garrick C.M. (1993). "Endofitik mantarların ve konakçılarının fizyolojik etkileşimleri. Endofitler tarafından otlara verilen biyotik stres toleransı". Tarım, Ekosistemler ve Çevre. 44 (1–4): 143–56. doi:10.1016 / 0167-8809 (93) 90043-O.
  19. ^ Rodriguez R, Redman R (2008). "400 milyon yıldan fazla evrim ve bazı bitkiler hala kendi başlarına yapamazlar: mantar simbiyozu yoluyla bitki stresine tolerans". Deneysel Botanik Dergisi. 59 (5): 1109–14. doi:10.1093 / jxb / erm342. PMID  18267941.
  20. ^ Lau JA, Lennon JT (Ekim 2011). "Bitki-mikrop etkileşimlerinin evrimsel ekolojisi: toprak mikrobiyal yapısı, bitki özellikleri üzerindeki seçimi değiştirir". Yeni Fitolog. 192 (1): 215–24. doi:10.1111 / j.1469-8137.2011.03790.x. PMID  21658184.
  21. ^ Porras-Alfaro A, Bayman P (2011). "Gizli mantarlar, ortaya çıkan özellikler: endofitler ve mikrobiyomlar". Fitopatolojinin Yıllık İncelemesi. 49: 291–315. doi:10.1146 / annurev-fito-080508-081831. PMID  19400639. S2CID  12770904.
  22. ^ Doornbos RF, van Loon LC, Bakker PA (2011). "Kök salgılarının ve bitki savunma sinyallerinin rizosferdeki bakteri toplulukları üzerindeki etkisi. Bir inceleme" (PDF). Sürdürülebilir Kalkınma için Agronomi. 32 (1): 227–43. doi:10.1007 / s13593-011-0028-y. S2CID  26283073.
  23. ^ Bakker AH, Doornbos RF, Zamioudis C, Berendsen RL, Pieterse CM (2013). "İndüklenmiş Sistemik Direnç ve Rizosfer Mikrobiyomu". Bitki Patolojisi Dergisi. 29 (2): 136–43. doi:10.5423 / PPJ.SI.07.2012.0111. PMC  4174772. PMID  25288940.
  24. ^ Packer A, Clay K (Mart 2000). "Ilıman bir ağaçta toprak patojenleri ve fide ölümlerinin uzamsal modelleri". Doğa. 404 (6775): 278–81. Bibcode:2000Natur.404..278P. doi:10.1038/35005072. PMID  10749209. S2CID  23292138.
  25. ^ Smith SE, DJ'i okuyun (1996). Mikorizal Simbiyoz (2. baskı). New York, NY: Academic Press. ISBN  978-0-08-053719-1.[sayfa gerekli ]
  26. ^ a b Zeilinger S, Gupta VK, Dahms TE, Silva RN, Singh HB, Upadhyay RS, Gomes EV, Tsui CK, Nayak SC (Mart 2016). "Arkadaşlar mı yoksa düşmanlar mı? Bitkilerle mantar etkileşimlerinden ortaya çıkan içgörüler". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 40 (2): 182–207. doi:10.1093 / femsre / fuv045. PMC  4778271. PMID  26591004.
  27. ^ Jumpponen A, Trappe JM (Ekim 1998). "Dark Septate Endophytes: Fakultatif Biyotrofik Kök Kolonize Mantarların İncelenmesi". Yeni Fitolog. 140 (2): 295–310. doi:10.1046 / j.1469-8137.1998.00265.x. JSTOR  2588371.
  28. ^ Downie JA (Mart 2010). "Rizobinin baklagil kökleri ile etkileşiminde hücre dışı proteinlerin, polisakkaritlerin ve sinyallerin rolleri". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 34 (2): 150–70. doi:10.1111 / j.1574-6976.2009.00205.x. PMID  20070373.
  29. ^ a b c d Wheatley RM, Poole PS (Temmuz 2018). "Köklere bakteri bağlanma mekanizmaları". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 42 (4): 448–461. doi:10.1093 / femsre / fuy014. PMID  29672765.
  30. ^ Udvardi M, Poole PS (2013/04/29). "Baklagil-rizobi ​​ortakyaşamlarında taşıma ve metabolizma". Bitki Biyolojisinin Yıllık İncelemesi. 64 (1): 781–805. doi:10.1146 / annurev-arplant-050312-120235. PMID  23451778.
  31. ^ Steenhoudt O, Vanderleyden J (Ekim 2000). "Azospirillum, çimlerle yakından ilişkili, serbest yaşayan nitrojen bağlayıcı bir bakteri: genetik, biyokimyasal ve ekolojik yönler". FEMS Mikrobiyoloji İncelemeleri. 24 (4): 487–506. doi:10.1111 / j.1574-6976.2000.tb00552.x. PMID  10978548.
  32. ^ a b c d e f Moissl-Eichinger, Christine; Pausan, Manuela; Taffner, Julian; Berg, Gabriele; Bang, Corinna; Schmitz Ruth A. (2017/08/18). "Archaea, Karmaşık Mikrobiyomların Etkileşimli Bileşenleridir". Mikrobiyolojideki Eğilimler. 26 (1): 70–85. doi:10.1016 / j.tim.2017.07.004. ISSN  0966-842X. PMID  28826642.
  33. ^ a b Chelius, M.K .; Triplett, E.W. (2001-02-23). "Archaea ve Bakterilerin Çeşitliliği Zea mays L.'nin Kökleriyle İlişkili Olarak" Mikrobiyal Ekoloji. 41 (3): 252–263. doi:10.1007 / s002480000087. ISSN  0095-3628. PMID  11391463. S2CID  20069511.
  34. ^ a b İhtiyat, Samuel M.M .; Worsley, Sarah; Balis, Lucas; Murrell, J. Colin; Lehtovirta-Morley, Laura; Hutchings, Matthew L. (2019-03-01). "Kök ile ilişkili arkeler: buğday kökü mikrobiyomundaki amonyak oksitleyen arkelerin işgal ettiği nişin araştırılması". Mikrobiyolojiye Erişim. 1 (1 A). doi:10.1099 / acmi.ac2019.po0112. ISSN  2516-8290.
  35. ^ Leininger, S .; Urich, T .; Schloter, M .; Schwark, L .; Qi, J .; Nicol, G. W .; Prosser, J. I .; Schuster, S. C .; Schleper, C. (2006-08-17). "Arkeler, toprakta amonyak oksitleyen prokaryotlar arasında baskındır". Doğa. 442 (7104): 806–809. Bibcode:2006Natur.442..806L. doi:10.1038 / nature04983. ISSN  0028-0836. PMID  16915287. S2CID  4380804.
  36. ^ a b c d Taffner, Julian; Erlacher, Armin; Bragina, Anastasia; Berg, Christian; Moissl-Eichinger, Christine; Berg, Gabriele (2018-05-09). "Bitkilerde Archaea'nın Rolü Nedir? Alp Bataklıklarının Bitki Örtüsünden Yeni Görüşler". mSphere. 3 (3). doi:10.1128 / msphere.00122-18. ISSN  2379-5042. PMC  5956146. PMID  29743201.
  37. ^ Pompa, Judith; Pratscher, Jennifer; Conrad, Ralf (2015/01/27). "Pirinç köklerinin metanojenik arke ile kolonizasyonu fotosentez kaynaklı metan emisyonunu kontrol eder". Çevresel Mikrobiyoloji. 17 (7): 2254–2260. doi:10.1111/1462-2920.12675. ISSN  1462-2912. PMID  25367104.
  38. ^ a b Wang, Haitao; Su, Jianqiang; Zheng, Tianling; Yang, Xiaoru (2015/02/04). "Bitkinin mangrov ekosistemindeki amonyak oksitleyen bakteriler ve arkeler üzerindeki rolüne ilişkin bilgiler". Toprak ve Tortu Dergisi. 15 (5): 1212–1223. doi:10.1007 / s11368-015-1074-x. ISSN  1439-0108. S2CID  84753901.
  39. ^ Herrmann, M .; Saunders, A. M .; Schramm, A. (2008-03-14). "Archaea, Tatlı Su Makrofiti Littorella uniflora'nın Rizosferindeki Amonyak Oksitleyen Topluluğa Hakimdir". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 74 (10): 3279–3283. doi:10.1128 / aem.02802-07. ISSN  0099-2240. PMC  2394948. PMID  18344332.
  40. ^ a b c Liu, Yin; Li, Hong; Liu, Qun Fang; Li, Yan Hong (2015/03/05). "Pekin Cuihu Sulak Alanındaki ortak sazın (Phragmites australis) kökleriyle ilişkili arkeal topluluklar". Dünya Mikrobiyoloji ve Biyoteknoloji Dergisi. 31 (5): 823–832. doi:10.1007 / s11274-015-1836-z. ISSN  0959-3993. PMID  25739566. S2CID  19039050.
  41. ^ Chen, Xue-Ping; Zhu, Yong-Guan; Xia, Yue; Shen, Ju-Pei; O, Ji-Zheng (2008-07-08). "Amonyak oksitleyen arkeler: çeltik rizosfer toprağında önemli oyuncular?". Çevresel Mikrobiyoloji. 10 (8): 1978–1987. doi:10.1111 / j.1462-2920.2008.01613.x. ISSN  1462-2912. PMID  18430011.
  42. ^ a b Ke, Xiubin; Lu, Yahai; Conrad, Ralf (2013-08-28). "Metanojenik arkelerin ve Thaumarkeotain pirinç tarlası mikrokozmoslarının farklı davranışları". FEMS Mikrobiyoloji Ekolojisi. 87 (1): 18–29. doi:10.1111/1574-6941.12188. ISSN  0168-6496. PMID  23909555.
  43. ^ a b Şarkı, Geun Cheol; Im, Hyunjoo; Jung, Cihye; Lee, Soohyun; Jung, Man-Young; Rhee, Sung-Keun; Ryu, Choong ‐ Min (2019-01-21). "Bitki büyümesini teşvik eden arkeler, Arabidopsis thaliana'da Pectobacterium carotovorum ve Pseudomonas syringae'ye karşı indüklenmiş sistemik direnci tetikler". Çevresel Mikrobiyoloji. 21 (3): 940–948. doi:10.1111/1462-2920.14486. ISSN  1462-2912. PMID  30461142. S2CID  53944018.
  44. ^ Cheung, Man Kit; Wong, Chong Kim; Chu, Ka Hou; Kwan, Hoi Shan (2018/09/26). "Subtropikal Kıyı Sulak Alan Sedimanlarında Bakteri, Arkeler ve Mantarların Topluluk Yapısı, Dinamikleri ve Etkileşimleri". Bilimsel Raporlar. 8 (1): 14397. Bibcode:2018NatSR ... 814397C. doi:10.1038 / s41598-018-32529-5. ISSN  2045-2322. PMC  6158284. PMID  30258074.
  45. ^ Cadillo-Quiroz, Hinsby; Yavitt, Joseph B .; Zinder, Stephen H .; Thies, Janice E. (2009-12-22). "Bir Asidik Bataklıktan İki Zıt Bitkinin Rhizoplanında Yaşayan Archaea'nın Çeşitliliği ve Topluluk Yapısı". Mikrobiyal Ekoloji. 59 (4): 757–767. doi:10.1007 / s00248-009-9628-3. ISSN  0095-3628. PMID  20024684. S2CID  22134029.
  46. ^ a b Marschner P, Yang CH, Lieberei R, Crowley DE (2001). "Rizosferdeki bakteri topluluğu kompozisyonu üzerindeki toprak ve bitkiye özgü etkiler". Toprak Biyolojisi ve Biyokimyası. 33 (11): 1437–45. doi:10.1016 / S0038-0717 (01) 00052-9.
  47. ^ Broeckling CD, Broz AK, Bergelson J, Manter DK, Vivanco JM (Şubat 2008). "Kök salgıları topraktaki mantar topluluğu kompozisyonunu ve çeşitliliğini düzenler". Uygulamalı ve Çevresel Mikrobiyoloji. 74 (3): 738–44. doi:10.1128 / AEM.02188-07. PMC  2227741. PMID  18083870.
  48. ^ Bogar LM, Kennedy PG (Mart 2013). "Eski bir paradigmadaki yeni kırışıklıklar: komşuluk etkileri, Alnus ile ilişkili ektomikorizal mantar topluluklarının yapısını ve özgünlüğünü değiştirebilir". FEMS Mikrobiyoloji Ekolojisi. 83 (3): 767–77. doi:10.1111/1574-6941.12032. PMID  23078526.
  49. ^ Meinhardt KA, Gehring CA (Mart 2012). "Mikorizal mutualizmleri bozmak: egzotik ılgınların yerli pamuk ağaçlarını geride bıraktığı potansiyel bir mekanizma". Ekolojik Uygulamalar. 22 (2): 532–49. doi:10.1890/11-1247.1. PMID  22611852.